简介:目前大多数商品化的DNA测序仪的信号检测系统是基于CCD或PMT。基于CCD的系统需要对CCD进行制冷,其造价相对较高且灵敏度相对较低;基于PMT的系统使用机械扫描来实现多通道检测,其工作稳定性相对较低且工作的机械噪音大。本文提出了新型的DNA测序仪,它采用PMT共焦荧光系统,通过f-θ透镜和光学扫描来实现多通道并行检测。在此新系统中采用标准双链DNA样品:pBR322/HaeIII(使用TO染料)进行了毛细管电泳实验,测得系统的检测限可达:1.1841×10-11mol/L。新型DNA测序仪的工作机械噪声相比基于机械扫描的系统要低得多,且工作稳定性和灵敏度也很高。此系统可应用于基于激光诱导荧光的毛细管阵列和多通道微芯片的电泳检测。
简介:摘要目的分析并焦磷酸测序法与Sanger测序法检测在丙型肝炎病毒基因分型中的应用情况。方法选取2018年3月——2018年11月期间100例丙型肝炎患者,收集其血浆标本,分成相等的2份,其中1份采用焦磷酸测序法进行检测,另外1份采用Sanger测序法检测,对2种检测方法在丙型肝炎病毒基因分型结果进行对比。结果通过焦磷酸测序法和Sanger测序法对HCV-RNA进行基因分型,100例标本共有93例结果一致,其余7例结果不一致,一致率达到93.0%;焦磷酸测序法和Sanger测序法在高病毒载量检出率对比上无明显差异(P>0.05);焦磷酸测序法和Sanger测序法在低病毒载量检出率对比上存在明显差异性(P<0.05)。结论焦磷酸测序法对丙型肝炎患者开展病毒基因分型,检测结果可靠、准确,与Sanger测序法相比,焦磷酸测序法敏感度更高。
简介:摘要目的以基因组最大RNA病毒(冠状病毒)为代表,研究不同测序前样本处理模式对高通量测序获得病毒全基因组序列信息质量的影响。方法以细胞培养的人冠状病毒HCoV-OC43样本为代表,分为4种测序前样本处理模式,即:未处理组、核酸提取前DNase和RNase处理组、核酸提取后DNase处理组、核酸提取前DNase和RNase处理且核酸提取后DNase处理组。不同模式处理后的核酸分为两份,一份直接RNA测序(未扩增),另一份经序列非依赖的单引物扩增(SISPA)后DNA测序。结果尽管不同处理方式下获得的病毒基因组覆盖率差别不大,但是样本核酸提取后经DNase处理组直接测序获得了最高的基因覆盖度和测序准确性,而SISPA扩增可有效提高病毒测序读长(reads)比例与基因组各位点的测序深度。结论本研究为优化冠状病毒等RNA病毒全基因组测序策略提供了技术参考。
简介:摘要视网膜由多类细胞组成,每类细胞都有着独特的生物学功能。即使是同类细胞,也会因遗传异质性导致细胞功能出现差异。以往传统的研究手段无法分辨这些差异,有些细胞由于缺乏特异性分子标记或数量稀缺也难以定义,阻碍了人们对这些细胞的认识及研究。随着生物技术的发展,单细胞转录组测序技术可以获得单个细胞转录组表达谱、识别细胞间异质性、鉴别细胞亚类及稀有细胞群,揭示每个细胞的转录组表达谱特征和功能差异,剖析细胞的起源、功能及变异特征。可获得与疾病相关的特征性细胞亚类及特异性差异表达基因,加深我们对疾病起因、发展的理解,也为临床诊断及靶向治疗提供帮助。