简介：摘要目的建立快速鉴定本院血液病患者感染真菌菌种的方法。方法收集本院2009年1月-2013年1月住院血液病患者血液样本，经BacT/ALERT3D血培养仪培养血琼脂培养基及沙保弱培养基分离培养真菌，对其进行总基因组DNA提取，并在真菌ITS保守区设计引物，对血液样本中的真菌DNA测序，建立真菌感染DNA测序检测方法。结论初步建立了本院血液真菌感染标本DNA测序检测方法，并可对个性化用药提供指导。

简介：近几年,无创产前检测（noninvasiveprenataltest,NIPT）已被大家所熟知,一些试点单位也在逐步开展此项技术。从世界范围来看,已经有多个国家都出台了相应的NIPT指南,我国也于2015年出台了NIPT相关的政策法规。基于段院长提出的＂制度先行,培训先行＂理念,我们在第五届胎儿医学大会上特邀了来自北京协和医院的刘俊涛教授,

简介：调控血小板生成的血小板生成素(Thrombopoi-erin,TPO)基因序列最近被阐明,这为人们了解血小板的发育调节打开了缺口,同时也为临床治疗血小板贫血提供了一种极有潜力的候选蛋白因子。为了研究TPO的结构与功能的关系,探索其体外高效表达的途径,同比较不同人种TPOcDNA序列的多态性,我们参照文献发表的西方人TPOcDNA序列,用聚合酶

简介：摘要感染是儿童常见的疾病谱，精准、快速的病原体诊断能帮助临床医师有的放矢地进行治疗，改善患儿预后。传统的病原体诊断方法存在耗时长、灵敏度低等缺陷，近些年来二代测序技术不断发展并应用于临床，成为病原学诊断的新方法。其中宏基因二代测序技术应用最多，它可以无偏移地将标本中所有病原体的核酸都检测出来，此技术包括了样本采集、核酸提取、文库制备、高通量测序、生物信息分析和报告解读几个基本步骤。由于整个流程涉及临床、微生物、生物信息多个领域，故对于报告结果的判读需要临床医生结合患者及其他辅助诊断手段仔细斟酌反复求证。临床医生需要了解二代测序的优势和局限性，才能更好地利用这项技术服务于患者。

简介：摘要近年来，随着抗菌药物的滥用，全球范围内的多重耐药菌逐年增加。对细菌进化规律的探究可能是解决这一问题的关键。高通量测序，又称为下一代测序（NGS），可以合理利用细菌全基因组所蕴含的强大信息，在细菌进化规律的探索中展现出前所未有的分辨能力。本文主要就NGS的概述及其在细菌进化分析方面的研究与进展进行简要综述。

简介：

简介：摘要单细胞转录组测序是采用新一代基因测序技术对细胞群体中每一个细胞的转录组进行高分辨率检测，以揭示生物组织中细胞的异质性。该技术在鉴定特定细胞标志物、发现细胞亚群和稀有细胞以及分析微环境中细胞间关系方面具有独特优势，目前在肿瘤、发育、干细胞、微生物、神经科学等研究领域被广泛应用。

简介：摘要近年来，随着单细胞技术的不断更新和发展，以单细胞转录组测序为代表的测序技术在世界范围内快速普及，该技术极大促进了我们对生物体内细胞异质性的理解。单细胞测序则是指在单个细胞水平上对其携带的遗传信息进行测序，旨在深层次了解同类细胞的不同亚群的分布及状态、相互作用等。单细胞测序技术的研究成果涉及肿瘤分型、靶向用药、免疫治疗，动植物胚胎发育，心血管疾病的发生发展机制等众多研究领域。同时，单细胞测序在微量检测技术方面的优势，包括新物种鉴定、病原筛查、病原进化、耐药监测和临床诊断等；还包括宿主层面的免疫应答，靶点评估及抗体筛查等。本文从单细胞测序技术在肠道研究中的应用现状进行详细综述，以期为后续研究提供参考。

简介：目的建立可用于舌癌耐药蛋白1（TCRP1）基因启动子区CpG岛测序检测的反应体系。方法采用人肺癌A549细胞作为待测样品,以TCRP1启动子区CpG岛为靶片段设计特异扩增、测序引物,建立TCRP1启动子区CpG岛测序检测反应体系,并检测H1299、H460、Huh-7细胞株和2例患者肿瘤组织标本。结果建立了以P2-1[二甲基亚砜（DMSO）终浓度0%,降落聚合酶链反应（PCR）条件]联合P1-2（DMSO终浓度1%,常规PCR反应条件）为优选方案的TCRP1启动子区CpG岛测序检测体系,并成功检测了A549、H1299、H460、Huh-7细胞株和2例患者肿瘤组织标本。结论成功建立可用于TCRP1启动子区CpG岛测序的反应体系。

简介：摘要近年来转录组测序技术实现了从低通量到高通量的快速发展。但传统的转录组测序技术局限于群体细胞基因表达平均水平，忽视了细胞间的异质性，而单细胞转录组测序可在单个细胞水平得到基因表达图谱，在分析细胞异质性、寻找心血管疾病新的诊断和治疗靶点以及促进心脏再生中发挥重要作用。该文综述了单细胞转录组测序在心血管疾病领域应用的研究进展。

简介：摘要目的探讨核型分析及基于二代测序技术的基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-Seq)对于超声异常胎儿的诊断价值。方法采用CNV-Seq及核型分析技术检测201例超声异常胎儿的羊水标本。结果在201例样本中，染色体核型分析检出17例异常核型(8.46%)，包括非整倍体异常15例(7.46%)，其中21三体7例、18三体4例、其他4例。71.43%的21三体胎儿超声表现为不同程度的脑室扩张或合并其他超声异常，75%的18三体胎儿超声表现为脉络丛囊肿；两种检测方法有17.64%(3/17)的染色体异常结果存在差异，均为非整倍体的嵌合体。在184例核型分析正常的标本中，CNV-Seq额外检出了11例CNVs(5.98%)，包含6例明确致病性CNVs，5例致病性未知(variants of unknown significance，VOUS)CNVs。结论不论是胎儿超声软指标高风险还是结构异常，核型分析及CNV-Seq技术相结合的方法进行产前诊断是准确且有效的方法。

简介：摘要单细胞测序是指在单细胞分辨率上对DNA或RNA进行扩增和测序，获取并分析特定细胞类型的基因序列、转录组、蛋白质和表观遗传表达谱信息。免疫细胞的复杂网络相互作用及抗原受体的遗传多样性导致了免疫系统的复杂性，这种固有的复杂性需要以单细胞分辨率进行研究。而免疫系统活化是川崎病发生的主要特征。本文对单细胞转录组测序及单细胞多组学技术在免疫系统研究中的优势及其在川崎病中的应用进行综述。

简介：摘要目的利用全外显子测序技术研究先天性巨指(趾)症的突变基因和位点。方法将2018年6月至2020年5月在我院手术的12例先天性巨指(趾)症患者分为单纯巨指、单纯巨趾、巨指并指、巨趾并趾4组，对患者的病变组织和外周血进行全外显子检测，将4组检测到的突变基因进行交集，对交集结果进行Phenolyzer分析，筛选巨指(趾)症的致病基因，并对外显子测序结果进一步行Sanger测序验证，明确先天性巨指(趾)症的突变基因和位点，对突变基因所编码的蛋白信号通路进行单克隆抗体免疫组化分析，以多指患儿脂肪细胞作为对照组进行比较，观察目标蛋白表达情况。结果根据全外显子测序综合生物信息分析及Sanger验证结果，筛选出PIK3CA基因突变为巨指(趾)症的致病基因，突变位点为10号外显子c.G1624A(p.E542K)、c.G1633A(p.E545K)；21号外显子c.A3140G(p.H1047R)、c.G3145C(p.G1049R)，其中c.G3145C(p.G1049R)位点是首次发现，病变组织的AKT单克隆抗体免疫组化分析显示巨指的AKT蛋白表达较多指明显增强。结论PIK3CA基因突变所导致的PI3k-AKT信号通路过度表达是导致先天性巨指(趾)症的原因。

简介：摘要遗传学检测技术的更新迭代不断推动着人类对遗传病的理解，但由于现有技术的局限性，无法识别部分变异或尚未构建部分变异与表型之间的联系，故仍有约半数的遗传病未得到明确诊断。近十余年来，以纳米孔测序和单分子实时测序为代表的三代测序技术，弥补了二代测序的技术盲区，在串联重复序列分析、结构变异、单倍型分析等遗传学检测的各方面展示出其优势。本文就测序技术的发展、三代测序技术的原理和技术特点、在遗传病诊断中的应用进行阐述。

简介：摘要患儿 男，5小时龄，因“胎龄35+2周早产、全身水肿5 h”于2021年6月入复旦大学附属儿科医院新生儿重症监护病房。患儿出生后表现为全身水肿、窒息，体重和头围均大于P97，存在低血糖、呼吸衰竭、心功能不全、持续性肺动脉高压和隐睾等。住院期间患儿临床症状呈进行性加重，入院第4天应用极速家系全基因组测序流程，用时23.5 h检测到HRAS基因1个新发杂合致病变异：c.35G>A，p.Gly12Asp，确诊Costello综合征，及时调整了治疗决策。

简介：摘要肺癌是世界各地癌症死亡的主要原因。尽管在过去的几十年里生存率有所提高，但肺癌的生存率还没有达到其他常见恶性肿瘤的水平。近年来，免疫检查点抑制剂（ICIs）在临床试验中已显示出巨大的前景，并迅速被纳入晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者的标准治疗方案中，然而许多患者并未从治疗中受益。研究结果表明，肿瘤微环境（TME）的异质性与ICIs疗效密切相关。单细胞测序是一种能够在单细胞水平上对细胞群体从基因组和转录组层面进行特异性分析的技术，该技术为探究ICIs疗效的影响因素进而找到ICIs的适用人群提供了保障。对单细胞测序技术在预测肺癌免疫疗效中的潜在价值进行了综述。

简介：摘要动脉粥样硬化是最常见的心脑血管系统疾病之一，也是导致卒中发生的重要原因。目前关于动脉粥样硬化发病机制的研究尚未完善。单细胞技术作为细胞生物学差异研究的新兴技术成为了动脉粥样硬化病因研究的新手段，为此提供了新的思路。文中对近年来单细胞测序技术在动脉粥样硬化中的研究进展进行综述。

简介：摘要传统转录组测序（bulk RNA-seq）可以获得基因在群体细胞中的平均表达水平，但忽略了细胞反应存在差异性，很难发现敏感效应细胞，导致毒性通路识别不准确。单细胞转录组测序（scRNA-seq）解离组织单细胞并对其测序，通过细胞分群进行细胞亚群特异性转录组分析。该技术可获取化合物暴露后组织微环境中的细胞异质性反应特征，从而有助于准确判别敏感效应细胞及关键分子事件，为探索毒性机制和毒作用模式提供强大工具和崭新视角。本文概述了单细胞转录组测序的发展、原理、方法以及在毒理学机制中的应用和局限性，并展望了其未来多方向的应用前景。

简介：摘要目的探究与扩张型心肌病(DCM)发生相关的突变基因位点。方法2019年12月至2021年6月，通过"儿童DCM易感基因研究项目"招募DCM患儿6例和健康儿童3例进行前瞻性研究。6例患儿，年龄4个月~14岁，其中女5例，男1例；3例健康儿童，年龄3~13岁，其中女2例，男1例。对研究对象进行全外显子测序，应用生物信息学方法筛选致病基因，同时采集对应患儿一级亲属静脉血，对基因突变所在区域进行一代测序。结果共筛选出4个可能与DCM相关的突变基因位点，患儿1发现亲联蛋白2(JPH2)基因c.2011-3C>G突变，受检者为纯合突变(GG)，受检者父母为杂合突变(CG)。患儿1同时发现肌联蛋白(TTN)基因c.G49415A突变，受检者为纯合突变(AA)，受检者父母为杂合突变(GA)。患儿4发现TTN基因c.G23033A突变，受检者及受检者父亲为杂合突变(GA)，其母为野生型(GG)。患儿5发现TTN基因c.16975_16978del突变，受检者及受检者父亲为杂合突变(TCTTC/T)，其母为野生型(TCTTC/TCTTC)。结论本研究共发现4个与DCM发病相关的致病基因位点，丰富了DCM疾病基因谱，为精准医疗的实施提供了靶点。

简介：摘要由于症状的隐匿性和肿瘤异质性，头颈鳞状细胞癌（head and neck squamous cell carcinoma，HNSCC）的诊断和治疗具有很大的挑战性。突变基因的检测可为HNSCC的诊断、治疗和预后提供极具参考价值的信息，而目前的基因诊断工具存在程序繁杂等局限性，二代测序（next generation sequencing，NGS）是一项新兴的基因测序技术，具有高通量、自动化等优点，在HNSCC的个体化治疗中日益发展成熟的NGS扮演着越来越重要的角色。本文就NGS在HNSCC的驱动基因检测、预后研究和治疗中所取得的进展做一综述。