简介：摘要：目的探讨肺泡灌洗液二代测序在重症肺炎患者中的应用效果。方法选取2022年1月至2022年6月在我院急诊科收治的30例重症肺炎并行肺泡灌洗液二代测序的患者为研究对象，按照检测方法分常规组和观察组，各15例。常规组患者进行普通微生物培养，观察组在对照组的基础上采用肺泡灌洗液mNGS检测。比较两组患者检测的病原菌的数量和分布情况、灵敏度、特异度及准确率。结果：常规组G－菌(17株)              、G＋菌(11株) 、病毒(9株)、真菌(2株)、检出均低于观察组G－菌(33株)、G＋菌(25株)、病毒(17株)、真菌(3株)；常规组患者检测的灵敏度为（83.67%）、特异度为（53.33%）、准确率（60.00%），低于观察组患者检测的灵敏度为（100.00%）、特异度为（100.00%）、准确率（93.33%），两组检测方法相比，差异有统计学意义（P

简介：摘要：感染性疾病是人类发病及死亡的主要原因之一。目前全球流行的新冠疫情就是感染性疾病中的一种，其给人类带来的死亡及直接或间接经济损害有目共睹。病原学的快速精准判断对感染性疾病的治疗起到关键性作用。然而传统病原学检测技术却有着诸如病原检测单一、精确度低、检测周期长、病毒及特殊病原体难以得到阳性结果等局限，因而导致临床治疗中常常出现在延误治疗时机或者抗菌药物滥用等情况。二代测序技术（Next-generation sequencing,NGS）以其高通量、覆盖度广、精确度高等优势，通过对样本所含基因进行测序，进一步明确细菌、真菌、病毒、寄生虫等病原体，为临床出现的新发、多重及疑难感染性疾病的确诊提供帮助。本文通过综述NGS的基本原理、临床应用，认识其现阶段存在的优缺点，使广大医疗工作者对NGS这一种新型的感染性疾病诊断工具有一定了解。

简介：<正>本文是ISPD(国际产前诊断学会)发表在2012年32卷《PrenatalDiagnosis》上的即时评论(2011—10—24),关注点是当前正走向临床的基于孕妇外周血中胎儿游离DNA的唐氏综合征MPS产前筛查技术。该技术应用前景广阔,但在进入临床的过程中应认真制订技术应用规范。主要观点如下:1.需要更多证据明确MPS能否用于产前人群筛查,这些证据包括:在低危人群中的检测效果;能

简介：乙型肝炎（以下简称＂乙肝＂）,是由乙型肝炎病毒（HBV）引起的一种传染性疾病,在发展中国家发病率很高。乙肝治疗的关键是抗病毒治疗。核苷类药物抗HBV在临床上已得到广泛应用,但相应的HBV耐药问题也逐渐显现出来,并成为制约其抗病毒疗效的首要因素。本研究对109例乙肝患者的核苷类药物耐药性变异进行分析,旨在观察耐药相关的基因位点是否存在变异,为临床合理用药及耐药机制研究提供参考。

简介：摘要目的基于16SrRNA测序分析肾结石患者结石及尿液微生态结构。方法选取2016年3月至2020年3月本院收治的肾结石患者102例为研究对象，均行经皮肾镜取石术。采用16SrRNA测序技术检测结石标本和尿液标本中的微生物信息，根据结石成分将标本分为碳酸磷灰石组、草酸钙组、磷酸铵镁组、尿酸组，分析各组样本菌群的多样性和丰富度。结果结石标本中菌群门水平以变形菌门、厚壁菌门、放线菌门为主，科水平以肠杆菌科、黄单胞菌科、假单胞菌科为主，属水平以寡养单胞菌属、假单胞菌属、短波单胞菌属为主；变形菌门是四组结石标本中的优势菌门(>55%)，磷酸铵镁组中放线菌门和无壁菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>8%)，碳酸磷灰石组、草酸钙组中厚壁菌门和放线菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>8%)，尿酸组中拟杆菌门和放线菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>5%)；在属水平中，磷酸铵镁组中的优势菌是奇异变形杆菌、寡养单胞菌属、棒状杆菌属，碳酸磷灰石组是假单胞菌属、寡养单胞菌属、金黄杆菌属，草酸钙组是假单胞菌属、寡养单胞菌属、短波单胞菌属，尿酸组是寡养单胞菌属、假单胞菌属、金黄杆菌属。尿液标本中菌群门水平以变形菌门、厚壁菌门、无壁菌门为优势菌(>13%)，属水平以假单胞菌属、支原体属、克雷伯氏菌属为优势菌(>8%)；结石标本和尿液标本α多样性指标比较，差异无统计学意义(P>0.05)。结论肾结石患者结石标本中寡养单胞菌、金黄杆菌和短波单胞菌含量较高，而尿液中则以假单胞菌属、支原体菌属、乳酸杆菌属为优势菌。

简介：摘要高通量测序（next-generation sequencing，NGS）技术经过十余年的飞速发展，衍生出无创产前筛查（noninvasive prenatal testing，NIPT）、扩展性无创产前筛查（noninvasive prenatal testing-plus，NIPT Plus）、低深度全基因组测序（copy number variation sequencing，CNV-seq）和外显子测序（exome sequencing，ES）等一系列被临床广泛采用的新技术，并在出生缺陷防控工作中发挥着重要作用。随着NGS技术的深入开展，其优越性逐渐被临床医生认可，但在实际应用过程中同样面临着诸多挑战。本文针对NGS技术在国内外产前筛查和产前诊断领域的发展现状、技术突破和未来展望等方面进行阐述。

简介：摘要Y连锁遗传性耳聋家系的发现，使遗传性耳聋的遗传方式涵盖了全部孟德尔单基因病的遗传方式，为Y染色体的结构和功能研究展开了一个新的画面。作为男性性别决定的染色体，Y染色体大部分区域可以逃脱基因交换作用，从而存在大量的重复序列。这使得研究Y连锁遗传性耳聋的致病机制、重复序列的存在意义、Y染色体的生物学功能，困难重重。本文回顾了Y连锁遗传性耳聋家系的研究进展、Y染色体的功能以及长读长测序技术对Y染色体测序的可能发现，以期为Y连锁遗传性耳聋的研究提供思路与参考。

简介：摘要下呼吸道感染在我国所致的社会和经济负担巨大，针对下呼吸道感染的病原体进行早期快速检测，是提高患者救治成功率的重要途径。经典的微生物分离和培养等传统的病原学检测方法存在如操作复杂、耗时长、阳性率低等诸多局限，因此，临床实践中迫切需求呼吸道病原体的新型快速精准检测方法。近年来，纳米孔基因测序技术飞速发展，其具备长读长、设备便携、可进行实时测序和直接分析等技术优势，使其在呼吸系统感染中的病原学诊断方面展示出了巨大的潜力。本文将从纳米孔测序技术的进展及其在呼吸系统感染性疾病中的应用做一综述，以期为临床病原学快检提供新思路，更好的为临床服务。

简介：摘要新兴的单细胞测序技术联合空间转录组技术，可以从细胞层面分析细胞的基因组、转录组和空间信息，这有助于人们探究细胞的基因表达水平和三维重建，了解细胞间的联系，进而促进探讨疾病的发生和发展机制。近年来，单细胞测序和空间转录组技术的联合运用已促进细胞和多种疾病研究，其在肝脏生理和疾病方面已取得部分成果。本文综述了单细胞测序和空间转录组技术联合运用在肝病研究中的应用进展。

简介：摘要目的观察髓质海绵肾(MSK)患者基因特点，探讨遗传因素在MSK发生中的作用。方法采用全基因组测序，对7例髓质海绵肾结石患者进行基因检测，并与正常人基因组进行差异分析，基因型频率差异倍数在10倍以上，认为在患者和对照之间差异有统计学意义，可能与疾病发生明显相关。通过基因本体(GO)分析出其与髓质海绵肾发生存在的关系，筛选出在中国人群中该疾病发生相关的因素，为进一步的筛查诊断及治疗提供依据。结果髓质海绵肾患者存在两类出现频率较高的基因，分子功能方面(GO：0005488 Gene 1003，GO：0003674 Gene 1138，GO：0005515 Gene 795，GO：0005509 Gene 86，GO：0043167 Gene 470)，生物过程方面(GO：0007275 Gene 440，GO：0048856 Gene 463，GO：0032502 Gene 487，GO：0009653 Gene 232，GO：0032501 Gene 566)，可能导致髓质海绵肾的易感性。结论MSK患者存在基因水平的结石易感性。

简介：摘要目的用基于多重PCR（multiplex PCR，mPCR）扩增子的二代测序（next-generation sequencing，NGS）技术（mPCR-NGS）检测MTB的耐药基因突变，并评估其检测石蜡包埋组织标本诊断耐药结核病的临床应用价值。方法选取北京市昌平区结核病防治所2013年4月至2015年10月常规进行了利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星和氧氟沙星比例法检测且具有药敏试验结果的50株MTB临床分离株，包括42株耐药MTB和8株敏感MTB菌株。参考耐药基因数据库及相关文献，针对以上8种抗结核药物主要耐药基因及常见位点设计耐药基因组合，建立有效的检测方案。收集首都医科大学附属北京胸科医院病理科2017年11月至2018年9月耐药结核病患者55例的石蜡包埋组织标本，探针熔解曲线法检测结果为利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类至少存在一种耐药相关基因突变。首先对已知表型药敏试验结果的MTB临床分离株进行mPCR-NGS检测，验证该方法检测纯菌样本的有效性，再进一步检测结核病患者石蜡包埋组织标本进行临床验证。主要评价指标为敏感度和特异度以及一致性。结果以比例法为金标准，mPCR-NGS检测利福平、异烟肼、链霉素和乙胺丁醇的敏感度分别为95%（38/40）、93%（27/29）、93%（27/29）和72%（13/18），特异度分别为100%（10/10）、95%（20/21）、100%（21/21）和94%（30/32）；二线注射类药物卷曲霉素、卡那霉素和阿米卡星敏感度均为100%（2/2，3/3，3/3），特异度分别为98%（47/48）、100%（33/33）和100%（47/47）；氧氟沙星的敏感度为70%（7/10），特异度为100%（40/40）。总符合率为94%，一致性检验Kappa值为0.87。纳入的55例石蜡包埋组织标本经探针熔解曲线法检测，28例利福平耐药，37例异烟肼耐药，13例乙胺丁醇耐药，17例氟喹诺酮类耐药。mPCR-NGS与探针熔解曲线法比较，利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类的敏感度分别为100%（28/28）、95%（35/37）、100%（13/13）和100%（17/17）；特异度均为100%（27/27，18/18，42/42，38/38）。两种方法总符合率为99%，一致性检验Kappa值为0.98。结论mPCR-NGS检测MTB临床分离株及结核病患者石蜡包埋组织标本耐药基因突变的敏感度、特异度和符合率较高，有望成为耐药结核病准确、快速的分子病理诊断新技术。

简介：摘要胃癌是一种发病率和死亡率都很高的恶性肿瘤，严重威胁着当今人类的生命健康。目前，胃癌的诊断和病程监测主要依靠胃镜活检和影像学检查，但侵入性和迟滞性限制了它们的临床价值，胃癌患者急需一种实时、精确、非侵入的诊断和病程监测方法。循环肿瘤DNA（ctDNA）是由肿瘤细胞释放到体液中的单链或双链DNA，含有与原始肿瘤细胞相同的基因突变，也是新近出现的生物学标志物之一。随着下一代测序（NGS）技术的出现和发展，ctDNA检测的敏感度和特异度不断提升，正逐渐成为肿瘤诊断和病程监测的新选择。本文就目前下一代测序技术检测ctDNA在胃癌诊断和治疗中的应用进行阐述。

简介：

简介：摘要侵袭性曲霉病通常发生在免疫功能缺陷的患者中，骨关节部位的曲霉病比较少见，由于感染的部位深，培养阳性率低，诊断往往比较困难。现报道1例天然关节曲霉病病例，患者反复腰痛2年余，通过关节腔积液的第二代测序技术检测确诊，予有效的抗真菌治疗后患者病情缓解。

简介：摘要鹦鹉热衣原体的主要宿主为鹦鹉及鸟类，人类通过直接接触或呼吸道吸入感染。临床上对鹦鹉热衣原体肺部感染较为重视而对于病原体的血行播散缺乏关注。本文报道2例通过二代测序检测出下呼吸道分泌物及血液中高核酸序列数鹦鹉热衣原体的病例，考虑病原体吸入致肺炎，并入血造成血流感染。对传统培养无法明确的少见、复杂病原体感染以及经验性抗感染治疗无效的重症感染，二代测序技术是有效的补充手段。

简介：<正>记者从国家兰科植物种质资源保护中心获悉,由中国科学家领衔的研究团队完成了小兰屿蝴蝶兰基因组测序和分析,研究成果在《自然遗传学》作为本期封面文章发表。这是世界上第一个完成测序和分析的兰科植物基因组图谱。国家兰科植物种质资源保护中心暨深圳市兰科

简介：高通量测序技术（high-throughputsequencing）又称＂下一代＂测序技术,具有高准确性、高灵敏性以及高性价比的绝对优势,对于传统医学和疾病研究而言是一次革命性的改变,对遗传性疾病的诊断和筛查起着非常关键的作用。本文介绍了高通量测序技术的作用原理,回顾新一代测序在遗传性疾病临床分子诊断实验室中的应用。随着高通量测序技术的继续发展和个性化医疗的不断普及,不但会给生命科学研究带来更多的资源和便利,而且将对改善人类健康及生活质量起到巨大的作用。

简介：摘要目的通过与细菌培养及血清生物学标志对比，探讨二代测序技术(NGS)对人工关节置换术后假体周围感染(PJI)的诊断价值。方法选取2017年7月到2019年12月在聊城市人民医院关节外科因假体周围感染或无菌性松动行关节翻修手术，排除初始关节液无法采集到，通过关节内注射生理盐水获得样本的患者及其他部位存在感染病灶的患者，共纳入患者35人(35例)根据美国肌骨骼感染协会(MSIS)的诊断标准，15例患者纳入感染组，20例患者纳入非感染组。术前两组患者常规检查血沉(ESR)、C反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)、白介素6(IL-6)及D-二聚体(D-Dimer)。所有患者术前均行关节穿刺，穿刺液检测白细胞计数、白细胞分类、细菌培养及NGS。计算ESR、CRP、PCT、IL-6及D-Dimer的受试者操作特性曲线(ROC)的曲线下面积(AUC)。计算NGS、细菌培养及各项血清学标志物的诊断精确度、敏感性及特异性。结果髋关节19例(54.3%)，膝关节16例(45.7%)。男性21例(60.0%)，女性14例(40.0%)，年龄67.0(62.0，74.0)岁。感染组15例患者中NGS结果阳性14例(93.3%)，细菌培养结果阳性7例(46.7%)。非感染组NGS结果阴18例(90.0%)。ESR及D二聚体的AUC分别为0.667和0.572(均为P>0.05)。CRP、IL-6及PCT的AUC分别为0.827、0.767及0.808(均为P<0.01)。NGS、细菌培养、CRP、IL-6及PCT的精确度分别为0.91、0.74、0.77、0.74及0.83。NGS与CRP、IL-6、PCT、细菌培养两两比较，总体检测结果差异有统计学意义(P<0.01)。NGS与CRP、IL-6、PCT、细菌培养两两比较，NGS敏感性更高(P<0.05)。NGS与CRP比较特异性更好(P<0.05)。NGS与IL-6、PCT及细菌培养比较，特异性差异无统计学意义(P>0.05)。结论NGS比细菌培养及常用的血清学标志物有更高的精确度及敏感性，在PJI的诊断中具有更大的价值。

简介：摘要目的应用纳米孔三代测序技术检测人类染色体非整倍体样本，并探讨其性能及应用前景。方法使用MinION三代测序仪对从分别携带X染色体单体和7q11.23-q21.3区22.5 Mb缺失的两种人类细胞系样本中提取的DNA进行检测，并对测序结果进行数据统计和序列分析。结果两例样本在24小时内分别获得了555 872和2 679 882条Reads，基因组覆盖度分别为53.75%和88.63%。在测序深度分别为0.81×和2.40×的条件下，通过Minimap2比对分析可以检出染色体异常区域。结论在低深度全基因组测序的条件下，使用纳米孔三代测序技术有望在24小时内完成对染色体整倍性异常样本的快速检测与分析，但进一步应用推广尚需克服成本的限制。

简介：近年来,测序技术在肿瘤研究及治疗中应用越来越多,采用该方法可以对肿瘤进行分子特征分析,并试图通过这一过程寻找针对性更强,存在潜在治疗收益的药物,以提高肿瘤治疗效果,特别是对于常规治疗失败的肿瘤。这种方法在一些肿瘤如肺癌、乳腺癌、结直肠癌等领域取得了一些突破性进展,但在异质性很强的肉瘤治疗中,目前尚未得到令人满意的结果,然而对于骨与软组织肿瘤,分子水平检测能否反映出肿瘤生物行为特性,判断预后,指导治疗有待进一步研究。本文旨在通过回顾文献明确二代测序技术在骨与软组织肿瘤基础研究及临床治疗方面的应用现状。