简介:摘要目的建立一种实时荧光逆转录重组酶介导的等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)技术检测寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)的方法,以实现ZIKV的现场快速筛查及诊断。方法通过基因组序列比对,选择ZIKV保守序列设计RT-RAA特异性引物和探针,并用系列稀释的ZIKV重组质粒与毒株核酸验证方法的灵敏性与重复性,通过检测登革病毒、基孔肯雅病毒、西尼罗病毒等其他虫媒病毒验证方法的特异性。结果建立的RT-RAA方法可在39 ℃恒温条件下30 min内对ZIKV进行高效扩增,检测系列稀释的ZIKV重组质粒,其95%检测限可达到15拷贝/反应,特异性强,与登革病毒、基孔肯雅病毒、西尼罗病毒虫媒病毒无交叉反应,且重复性好。结论本研究建立的ZIKV的RT-RAA等温扩增方法,具有反应迅速,无需精密仪器,操作简单等优点,适合于应急快速检测。
简介:摘要目的基于重组酶介导的扩增技术(recombinase aided amplification,RAA)和CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas13a(CRISPR-associated protein 13a)检测,建立一种快速、灵敏且特异的重要境外输入性病毒检测方法。方法以流行性乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)、黄热病毒(Yellow fever virus,YEV)、西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)、中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)、埃博拉病毒(Ebola virus,EBOV)、登革病毒(Dengue virus,DENV)、裂谷热病毒(Rift Valley fever virus,RVFV)、寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)为检测对象,设计特异性RAA扩增引物和CRISPR RNA(crRNA),建立RAA扩增结合CRISPR-Cas13a蛋白检测反应,评价方法的灵敏度和特异性,使用登革热疑似临床样本进行检测,并与荧光RT-PCR技术进行比较,同时检测其余7种病毒临床模拟样本。结果RAA扩增结合CRISPR-Cas13a蛋白检测方法能在39 ℃条件下,40~52 min内检测出8种输入性传染病病原体,灵敏度达到1~10拷贝/μl,并且这8种病原体之间无交叉反应,临床样本均可100%检测出。结论建立的RAA扩增结合CRISPR-Cas13a蛋白检测方法能够灵敏、特异且快速地检测出8种境外输入性传染病病原体。
简介:摘要目的基于逆转录重组酶介导的恒温扩增(reverse transcriptional recombinase aided amplification,RT-RAA)技术,建立一种快速,灵敏,简便的SARS-CoV-2棘突蛋白(S)H146Y突变检测方法。方法针对SARS-CoV-2棘突蛋白H146Y突变区域设计RT-RAA特异性引物和荧光探针,使用优化的RT-RAA方法进行恒温扩增检测,评价方法的灵敏度和特异性,并与二代测序技术进行比较。结果基于荧光信号的RT-RAA方法能在39 ℃,30 min完成检测,SARS-CoV-2 S蛋白H146(S-H146)野生株和Y146(S-Y146)突变株检测限均为10 copies/μL,能够依据荧光值明显区分S-H146毒株与S-Y146毒株的重组质粒或临床样本,且和五种常见呼吸道感染病毒无交叉反应,与二代测序技术方法一致性高。结论建立的RT-RAA荧光检测方法具有灵敏度高,特异性强,适用于SARS-CoV-2 S蛋白H146Y突变株的快速检测,为基层医疗机构提供了新的鉴定方法。
简介:摘要目的通过罗氏固体培养法,对环介导等温扩增技术(LAMP)和实时聚合酶链反应(RT-PCR)检测痰结核分枝杆菌的优劣评价。方法选择临床经罗氏固体培养为阳性痰标本68份,阴性标本68份,分别采用LAMP和RT-PCR方法进行结核分枝杆菌检测结果,两者阳性检出率分别为88.2%.85.3%,两者差异没有统计学意义(P>0.05);培养阳性标本经LAMP、RT—PCR检测结果灵敏度分别为91.2%和82.4%,两者差异没有统计学意义(P>0.05);培养阴性标本经LAMP、RT—PCR检测结果的特异性分别为85.3%和88.2%,两者差异没有统计学意义(P>0.05)。结论LAMP检测法阳性率高于RT-PCR法,但两者之间的差别尚无统计学意义,LAMP具有简单快速、准确,LAMP检测阳性标本灵敏度比RT-PCR好,LAMP检测阴性标本特异性稍低,LAMP具有简单、快速、准确,不需要昂贵的检验设备和严格的实验室设置,更适合基层结核病的实验诊断推广应用。
简介:摘要目的探究应用环介导等温扩增技术诊断菌阴性肺结核的临床价值。方法选取我院2017年1月至2017年12月期间收治的120例疑似菌阴性肺结核患者作为研究对象。对所有患者留取痰标本(357份),应用直接涂片抗酸染色法、改良罗氏培养基培养法、TB-LAMP等温扩增法进行检测,并根据敏感性及特异性进行临床统计分析及随访观察。结果在检测的357例痰标本中,直接涂片抗酸染色法检出阳性标本75份,阳性率21.01%(75/357);培养检出阳性标本98份,阳性率27.45%(98/357);LAMP检出阳性标本96份,阳性率26.89%(96/357)。以改良罗氏培养基培养法检测结果为标准,涂片法灵敏度为72.45%(71/98),特异性为97.9%;LAMP灵敏度为92.86%(91/98),特异性为98.2%,P<0.05,差异有统计学意义。结论LAMP在诊断菌阴性肺结核患者时灵敏度、特异性均较高,具有较高的菌阴性肺结核诊断价值,值得临床大力推广及应用。
简介:摘要目的采用环介导恒温扩增技术建立快速检测儿童呼吸道合胞病毒的方法。方法收集福建省立医院2011—2012年儿科疑似急性呼吸道感染患儿的呼吸道分泌物标本137份,同时采用环介导恒温扩增技术(LAMP)和荧光定量PCR技术检测儿童呼吸道分泌物中呼吸道合胞病毒特异性RNA,分析两者的灵敏性和特异性。结果LAMP法在恒温条件下进行,特异性好,其灵敏度和可靠性与荧光定量PCR方法相当。结论LAMP方法具有灵敏度高、特异性强等优点,仅需简易设备就能快速、高效、简便地对病原微生物进行鉴定,是一种快速检测呼吸道合胞病毒的新方法。
简介:摘要目的建立一种快速、灵敏、可视化的H7亚型禽流感病毒等温核酸扩增检测方法。方法针对H7N9禽流感病毒的HA片段保守区序列设计引物、探针,优化反应温度,建立H7亚型禽流感病毒的重组酶聚合酶扩增结合侧流层析试纸条检测技术,评价其特异性和敏感性,并与Real time PCR方法进行比较。结果该方法检测H7亚型禽流感病毒的最低检出限为20拷贝/μL,与其他流感/禽流感病毒无交叉反应,反应可在20~50℃温度范围内进行,临床样本检测结果与Real time PCR法一致性为100.0%。结论该检测方法具有快速、特异及灵敏的特点,为在基层和现场快速检测H7亚型禽流感病毒提供了新的方法。
简介:摘要:目的 探讨环介导等温扩增法( LAMP)检测结核分枝杆菌的应用价值。方法 选取我中心 2019年 1月到 2020年 1月期间临床诊断为肺结核的 70例患者的痰标本,分别运用 LAMP法与荧光染色法涂片法进行检测,分析检验结果。结果 70例标本中, LAMP法与荧光染色法涂片法的阳性检出率分别为 45.71%( 32/70)、 28.57%( 20/70),与荧光染色法涂片法对比, LAMP法的灵敏度为 95%( 19/20)、特异度为 76%( 38/50),总体一致率为 81.43%( 57/70)。两种方法一致性对比差异具有统计学意义( P<0.05),两者一致性良好。在检测时间上,与涂片法相比,大批量标本检测中 LAMP法所用时间较短。结论 痰标本检测中, LAMP法阳性检出率优于荧光染色法涂片法,批量检测性好,具有较好的临床应用前景。
简介:目的:研究环介导等温扩增法在不同临床样本中的结核病诊断价值。方法使用环介导等温扩增法检测肺泡灌洗液、局部穿刺液、腹水和脑脊液中的结核分枝杆菌复合群的特异性基因IS1081,并与实时荧光定量PCR进行比较。结果在荷菌量较高的肺泡灌洗液和局部穿刺液中,环介导等温扩增法敏感性比实时荧光定量PCR低(80%vs92%);在荷菌量极低的腹水和脑脊液中,环介导等温扩增法敏感性比实时荧光定量PCR高(34.6%vs15.4%),但特异性略有下降(80%vs93.3%);综合计算所有样本的敏感性,环介导等温扩增法与实时荧光定量PCR无显著差别(56.9%vs52.9%)。结论环介导等温扩增法具有较高敏感性和特异性,可以用于结核病诊断。
简介:摘要目的建立实时荧光环介导等温扩增(Real-time Loop-mediated Isothermal Amplification,LAMP)技术检测皮肤癣的方法,实现皮肤癣菌病的快速实验室诊断。方法通过在NCBI官网查找下载皮肤癣菌中毛癣菌属、小孢子菌属和表皮癣菌属临床分离率较高的菌种rRNA序列(18S rRNA, ITS1, 5.8S rRNA, ITS2和28S rRNA),运用DNASTAR Lasergene软件进行分析比对,寻找出毛癣菌属内高度保守的靶序列,且该段靶序列要与其他属存在差异,运用Primer Explorer V5设计LAMP引物。提取须癣毛癣菌NBRC6202基因组DNA作为模板筛选引物以及建立LAMP检测毛癣菌属的反应体系,以红色毛癣菌ATCC28188基因组DNA作为模板测试其敏感性和稳定性,以毛癣菌属以外的其他真菌、细菌基因组DNA验证LAMP反应体系的特异性。结果筛选的4套引物里,primer2的扩增效果较好,可在22 min检测出须癣毛癣菌,且可以特异地检测出红色毛癣菌、指间毛癣菌、疣状毛癣菌、许兰毛癣菌、紫色毛癣菌。本研究建立的毛癣菌属RT-LAMP检测方法的最低检测限为1 pg/μL;在10 000 pg/μL、100 pg/μL和1 pg/μL三个浓度的分别10次重复检测实验中平均CT值和CV%分别为9.24±0.30,3.29%、10.57±0.54,5.12%、15.95±0.52,3.24%。结论实验建立的毛癣菌属LAMP检测方法在特异性、敏感性和稳定性三方面均表现出优越的性能,能快速准确地检测出毛癣菌属常见菌种,具有良好的临床应用前景。
简介:摘要目的建立基于SYBR Green I颜色判定的检测新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)ORF1ab基因的逆转录环介导等温扩增方法(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP),为诊断SARS-CoV-2提供简便、快速和准确可靠的工具。方法基于GenBank中SARS-CoV-2 ORF1ab基因序列保守区设计引物,经引物筛选和RT-LAMP反应体系优化后进行灵敏度和特异性评价,并与实时荧光定量RT-PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)方法进行比较。结果基于颜色判定的RT-LAMP方法可在65℃45 min内完成SARS-CoV-2的快速检测,检测限为3 copies/reaction,与qRT-PCR的敏感度一致。RT-LAMP检测人冠状病毒OC43、人冠状病毒NL63和乙型流感病毒核酸样本结果为阴性,具有较好的特异性。经SARS-CoV-2临床样本验证,RT-LAMP与qRT-PCR的检测符合率达100%。结论基于颜色判定的RT-LAMP方法灵敏度高、特异性强,适用于SARS-CoV-2的快速可视化检测,具有应用于SARS-CoV-2样本的初筛及基层卫生医疗机构和现场推广的潜力。
简介:摘要目的建立环介导等温扩增技术(LAMP)用于检测B7-H3基因,以评价肿瘤患者的预后转归。方法收集临床病理阳性样本并用荧光定量PCR检测,然后根据B7-H3基因序列设计LAMP引物并优化反应条件。用LAMP方法检测收集的临床样本,计算阳性率,并比较LAMP和荧光定量PCR的统计学差异。结果建立的LAMP体系特异性和灵敏性良好。通过对临床样本的检测,B7-H3阳性样本的LAMP检测结果和荧光定量PCR差异有统计学意义(P<0.05)。结论LAMP对B7-H3基因的检测具有较好的特异性,操作简便,适合在基层医院应用。
简介:目的通过箱体图法及峰度法对同一数据进行离群值检验,探寻适合转录介导的扩增法使用的室内质控方法。方法使用外部阳性标准物质,每日随当日血液筛查标本一同进行核酸单人份联检,对检测结果分别进行峰度法和箱体图法离群值检验。结果HBVDNA、HCVRNA、HIVRNA外部标准物质经检测185次结果,采用峰度法离群值检验分别发生1次、6次和3次离群;采用箱体图法离群值检验分别发生2次、8次和3次离群;外部标准物质检测值离群时诺华内部质控系统未表现出异常。结论使用外部标准物质进行室内质控,可以增强当批次实验结果的可靠性;且根据检测结果是否离群进行分析,推断实验过程是否发生微小变化,对实验室质量体系的建立与提高具有重要的意义。