简介：摘要单细胞RNA测序技术(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)从单个细胞水平分析细胞转录组，能够发现细胞中基因突变引起的差异表达。基于胰岛的发育图谱和异质性特征描绘是目前scRNA-seq在糖尿病中的主要应用；还可用于标记和纯化胰岛成体干细胞中功能性β细胞，有望改善1型糖尿病患者β细胞移植成功率；该技术帮助研究糖尿病β细胞去分化和免疫调节，应用于糖尿病治疗。同时，scRNA-seq在糖尿病性视网膜病变、糖尿病肾病、糖尿病动脉粥样硬化和糖尿病周围神经病变中运用已经起步，即将迎来多样化的使用场景和广阔的应用前景。

简介：摘要川崎病是一种急性、自限性系统性血管炎，好发于5岁以下儿童，常见并发症为冠状动脉病变。目前认为川崎病的发病机制涉及多种因素，包括遗传易感性、免疫应答紊乱、炎症损伤等。近十年，单细胞RNA测序技术通过解析组织中单个细胞的基因表达谱，可识别新的或罕见的细胞亚群，构建细胞轨迹，广泛应用于心血管疾病研究。该文将回顾单细胞RNA测序技术，对其在川崎病动物模型和急性期川崎病的病理生理机制等研究中的应用进行综述。

简介：摘要：通过高通量测序技术对及鸡输卵管细胞外囊泡中的总RNA样品进行测序，并通过生物信息学分析测序结果进行分析，结果共鉴定出265个已知miRNA，并预测出14个新miRNA；此外，针对miRNA预测分析共发现4089个靶基因，其中3801个有效靶基因。经过对表达量降序排序的前50位miRNA靶基因进行GO富集预测发现，细胞外囊泡miRNA靶基因除细胞组分有显著富集点外，分子功能等无显著富集。通过KEGG预测发现目标基因参与多种生化反应，对细胞的生长、发育、分裂等方面具有潜在重要作用。

简介：

简介：摘要目的使用RNA测序技术比较原发性开角型青光眼(POAG)与正常人小梁网组织基因表达谱的差异，探讨POAG可能的基因学病因。方法实验组小梁网组织来自汕头国际眼科中心行小梁切除术的3例POAG患者，对照组小梁网组织来自汕头眼库的2例非POAG供体眼球。提取2个组小梁网组织RNA进行测序获得基因表达谱，用R软件包edgeR分析实验组与对照组基因表达的差异，用DAVID生物信息分析网站对差异基因进行基因本体(GO)及功能注释聚类分析。采用KOBAS 3.0进行PANTHER富集通路分析，揭示POAG可能的基因学病因。结果(1)RNA测序共得到28 821条基因，2个组间有统计学差异的基因22条[错误发现率(FDR)<0.05]，其中转录表达上升的基因1条，转录表达下降的基因21条；(2)表达差异的基因功能集中，生物学过程涉及角化、表皮发育、中间丝细胞骨架组织等，细胞成分涉及角蛋白丝、中间丝、细胞外泌体、触珠蛋白－血红蛋白复合体等，分子功能涉及结构分子活性、细胞骨架结构组成等；(3)与差异基因相关的PANTHER富集通路主要包括纤溶酶原激活级联反应、p38 MAPK、氧化应激反应及p53通路等。结论角蛋白表达异常、中间丝细胞骨架结构改变、血纤维蛋白溶酶原激活级联反应以及p38 MAPK等通路调控改变引起的小梁网及细胞外基质重塑可能是POAG发病的原因。其中，与发病机制相关的差异基因主要包括细胞骨架相关基因及细胞外基质重塑相关基因，细胞骨架及细胞外基质可作为青光眼治疗的靶组织。

简介：摘要目的通过RNA测序(RNA sequencing，RNA-Seq)对先天性马蹄内翻足(congenital talipes equinovarus，CTEV)患儿血浆中游离的总RNA行全转录组测序，比较CTEV患儿与正常儿童血浆的mRNA、长链非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA)、环状RNA(circular RNA，circRNA)以及微小RNA(microRNA，miRNA)的差异表达，揭示CTEV的可能致病机制。方法选取3例CTEV患儿(试验组)及3例正常儿童(对照组)血浆样品，应用RNA-Seq技术分析3对血浆样品的转录组，筛选出CTEV患儿与正常儿童的差异表达基因与转录本。应用基因本体论方法对差异表达基因进行功能显著性富集分析，基于基因与基因组京都百科全书对差异基因进行显著性信号通路富集分析。结果成功构建样品的基因表达谱：试验组和对照组共有181个差异表达基因，其中58个上调基因，123个下调基因。差异表达lncRNA 23个，上调12个，下调11个。差异表达miRNA 23个，上调11个，下调12个。未筛选出差异表达circRNA。其中分泌磷酸蛋白1(secreted phosphoprotein 1，SPP1)和核糖体蛋白S27(ribosomal protein S27，RPS27)在试验组和对照组中基因表达量差异明显，差异倍数分别是82.24和0.01。结论RNA测序可对CTEV患儿和正常儿童的血浆中差异表达基因进行筛选。SPP1和RPS27可能与CTEV的发病相关。

简介：摘要目的分析肺腺癌合并肺栓塞患者的差异表达基因，探讨肺腺癌合并肺栓塞可能的发病机制。方法前瞻性研究。采用RNA测序技术检测新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1～12月肺腺癌合并肺栓塞患者、肺腺癌患者及肺栓塞患者(每组均4例)外周血中RNA表达，使用生物信息学分析肺腺癌合并肺栓塞组对比肺腺癌组及肺栓塞组的差异表达基因。经Excel软件取交集，筛选两对比组共同差异基因，利用Metascape在线工具对共同差异基因进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果从两对比组差异基因中筛选出147个共同差异基因，其中80个上调差异基因，67个下调差异基因，其中P值最小的前5个共同差异基因分别为：CD177、S100P、HP、EPHA4、PRTN3。GO分析显示共同差异基因主要富集于中性粒细胞活化、轴突发育、白细胞分化、防御反应的负调控等过程，KEGG富集分析显示共同差异基因主要参与代谢途径、肺结核、癌症途径、血小板活化等通路。结论CD177、S100P、HP、EPHA4、PRTN3等基因可能参与肺腺癌合并肺栓塞的发生，中性粒细胞活化、血小板活化等生物学过程及通路也可能与肺腺癌合并肺栓塞相关。

简介：摘要自2016年首次对人类胰岛进行单细胞水平RNA测序后，涌现了大量关于小鼠及人类胰岛的测序分析结果，为胰岛细胞生物学的研究带来了新的进展。研究证明，单细胞RNA测序技术能够表征罕见类型内分泌细胞，观察到典型内分泌细胞的异质性和新的细胞亚型，更好地分析内分泌细胞的种属间差异，以及更精准地描述胰岛各类型细胞在发育和代谢性疾病中的不同状态。目前，单细胞RNA测序技术对低丰度转录本的检测效能尚较低，但随着技术的改善和分析方法的进步，该技术无疑将成为探索胰岛细胞异质性、发育及代谢性疾病生物学特征的重要工具。

简介：摘要目的研究血清中微小核糖核酸(miRNA)的特异性表达与儿童扩张型心肌病(DCM)发生的相关性。方法收集2013年11月至2016年3月就诊于北京安贞医院小儿心脏中心且被确诊为DCM的儿童血清(DCM组，16例)及同期于北京安贞医院体检的年龄性别匹配的健康儿童血清(健康对照组，12例)，并进行miRNA测序。后期扩大样本量(DCM组扩大为30例，对照组扩大为16例)，对测序结果中有统计学意义的11种miRNAs行实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)验证。结果血清miRNA测序结果，DCM组患儿较健康对照组儿童有172个miRNAs上调(fold change>2，P<0.001)，未发现下调的miRNAs。选择显著上调的top11miRNAs进行qRT-PCR试验验证，发现DCM组患儿血清中8个miRNAs(let-7f、let-7g、miR142-5p、miR143-3p、miR26a、miR27a-3p、miR27b-3p、miR126-3p)显著上调，差异均有统计学意义(均P<0.05)。在诊断DCM的受试者工作特征(ROC)曲线中，血清miR142-5p、miR143-3p、miR27b-3p、miR126-3p的曲线下面积分别为0.983、0.992、0.915、0.950，差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论本研究发现4个血清miRNAs(miR-142-5p、miR-126-3p、miR-143-3p和miR-27b-3p)可用来区分DCM患儿和健康儿童。循环miRNAs可作为有效的儿童DCM筛查工具。

简介：摘要目的探讨核型分析及基于二代测序技术的基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-Seq)对于超声异常胎儿的诊断价值。方法采用CNV-Seq及核型分析技术检测201例超声异常胎儿的羊水标本。结果在201例样本中，染色体核型分析检出17例异常核型(8.46%)，包括非整倍体异常15例(7.46%)，其中21三体7例、18三体4例、其他4例。71.43%的21三体胎儿超声表现为不同程度的脑室扩张或合并其他超声异常，75%的18三体胎儿超声表现为脉络丛囊肿；两种检测方法有17.64%(3/17)的染色体异常结果存在差异，均为非整倍体的嵌合体。在184例核型分析正常的标本中，CNV-Seq额外检出了11例CNVs(5.98%)，包含6例明确致病性CNVs，5例致病性未知(variants of unknown significance，VOUS)CNVs。结论不论是胎儿超声软指标高风险还是结构异常，核型分析及CNV-Seq技术相结合的方法进行产前诊断是准确且有效的方法。

简介：摘要目的阐明高频重复经颅磁刺激（rTMS）对脑梗死大鼠认知功能的影响，通过RNA测序探索其潜在机制。方法选择30只SD雄性大鼠进行短暂性大脑中动脉闭塞（tMCAO）造模，根据Bederson评分排除10只不在1~3分的大鼠，剩余20只模型大鼠用随机数字表法分为tMCAO组（n=10）和rTMS组（n=10），另设假手术组（n=10）。rTMS组大鼠于术后第7~28天接受20 Hz rTMS干预治疗。术后第28~33天进行Morris水迷宫实验检测各组大鼠认知功能，在rTMS组和tMCAO组各取3只大鼠的梗死灶周围皮质组织进行RNA测序。结果rTMS组［（53±4）s］和假手术组［（51±5）s］的逃避潜伏期明显短于tMCAO组［（58±4）s，P<0.05］；rTMS组［2.5（1.5~3.0）次］和假手术组［3.0（1.5~3.0）次］大鼠在60 s内穿越原平台的次数多于tMCAO组［1.0（0.5~1.5）次，P<0.05］。RNA测序共发现16个显著差异表达基因，包括9个上调基因和7个下调基因。GO分析结果显示，上调基因的功能主要集中于化学和金属离子稳态等过程，而下调基因的功能则主要集中于炎症反应。结论20 Hz rTMS能够显著改善脑梗死大鼠的认知功能，其机制可能与维持化学和金属离子稳态及调控小胶质细胞的极化减轻神经炎症相关。

简介：摘要目的探讨低深度高通量基因测序检测染色体拷贝数变异(copy number variation, CNV)在早期流产组织中遗传学诊断的应用价值。方法收集2017年1月至2019年8月在枣庄市妇幼保健院产前诊断中心就诊的332例在孕早期(6～13周)自然流产标本进行拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-seq)。结果332例孕早期自然流产样本均成功检测。共检出致病性明确染色体异常210例(63.25%，210/332)，其中染色体数目异常195例(92.86%，195/210)，染色体结构异常15例(7.14%，15/210)。染色体数目异常中单体29例，三体134例，双重三体10例，三重三体2例，三倍体20例。结论胚胎染色体异常是孕早期自然流产的主要原因。CNV-seq具有检测通量高，覆盖度高，分辨率高，稳定性好等技术优势，可以很好的全面发现胚胎流产组织染色体异常改变，为再次妊娠和临床咨询提供合理咨询建议。

简介：摘要目的筛选血浆外泌体微小核糖核苷酸(microRNA)作为肝细胞癌(HCC)的诊断标志物，并分析候选miRNA在HCC进展中可能发挥的作用。方法2018年10月至2019年2月收集12例于广州市第一人民医院初诊为"HCC"的患者及12例健康志愿者血浆样本，利用超速离心法收集血浆外泌体，经动态光散射法及蛋白质免疫印迹法鉴定后，提取RNA进行测序。通过定量聚合酶链反应(qPCR)验证候选外泌体miRNA差异表达量，使用t检验分析各miRNA表达量差异。通过生物信息学方法预测候选miRNA的靶基因及可能调控的通路，分析其在HCC进展过程中发挥的作用，组间比较采用t检验。结果以差异表达倍数2倍以上(Fold change>2.0或<0.5，且P<0.05)作为标准，分别比较HCC患者术前、术后及健康志愿者血浆外泌体miRNA的差异表达结果，结合两次结果，筛选表达同时上/下调miRNA共12个。其中，表达上调6个(miR-2115-3p、miR-214-3p、miR-511-5p、miR-1299、miR-10a-5p、miR-375-3p)，表达下调6个(miR-219a-2-3p、miR-127-3p、miR-9-5p、miR-383-5p、miR-212-5p、miR-1248)。qPCR验证候选miRNA在HCC患者及健康志愿者血浆外泌体中的表达差异，HCC组miR-1248表达低于健康志愿者组(9.046 ΔCt比7.597 ΔCt，t＝2.849，P<0.05)。结论血浆外泌体miR-1248有作为HCC的诊断标志物的潜力。血浆外泌体miR-1248可通过调控受体细胞的细胞外基质受体相互作用、介导代谢重编程抑制HCC进展。

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简介：核酸序列测定是基因研究的重要手段,本世纪60年代和70年代,科学家们一直致力于研究测定核酸序列的方法.

简介：无

简介：摘要目的基于单细胞RNA测序探讨小鼠全层皮肤缺损创面中真皮成纤维细胞（dFb）的异质性与生长因子调控网络。方法采用实验研究方法。取5只8周龄雄性健康C57BL/6小鼠（鼠龄、性别、品系下同）正常皮肤组织，另取5只背部全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织，用胶原酶D和DNA酶Ⅰ消化组织获得细胞悬液，用10x Genomics平台构建测序文库，用Illumina Novaseq6000测序仪进行单细胞RNA测序。采用R4.1.1软件的Seurat 3.0程序分析获得2种组织细胞的基因表达矩阵，采用按细胞群、细胞来源、标记皮肤中主要细胞基因分类的二维tSNE云图进行可视化展示。根据已有文献报道和CellMarker数据库检索情况，分析2种组织细胞的基因表达矩阵中标志基因表达情况，对各细胞群进行编号和定义。将基因表达矩阵和细胞分群信息导入R4.1.1软件的CellChat 1.1.3程序，分析2种组织中细胞间通信以及创面组织血管内皮生长因子（VEGF）、血小板衍生生长因子（PDGF）、表皮生长因子（EGF）、成纤维细胞生长因子（FGF）信号通路中的细胞间通信，2种组织中FGF的各亚型与FGF受体（FGFR）各亚型的两两配对（以下简称FGF配受体对）对FGF信号网络的相对贡献，2种组织中相对贡献排名前2的FGF配受体对信号通路中的细胞间通信。取1只健康小鼠正常皮肤组织和1只全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织，行多重免疫荧光染色，检测FGF7蛋白的表达与分布及其与二肽基肽酶4（DPP4）、干细胞抗原1（SCA1）、平滑肌肌动蛋白（SMA）和PDGF受体α（PDGFRα）的蛋白共定位表达。结果健康小鼠正常皮肤组织和全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织中均包含25个细胞群，但2种组织中各细胞群中细胞数不一致。PDGFRα、血小板内皮细胞黏附分子1、淋巴管内皮透明质酸受体1、受体型蛋白酪氨酸磷酸酶C、角蛋白10和角蛋白79基因在二维tSNE云图上均有各自明确的分布，分别指示特定的细胞群。将25个细胞群按C0~C24编号，分为9个dFb亚群和16个非dFb群，dFb亚群包括C0间质祖细胞、C5脂肪前体细胞、C13具有收缩能力的肌肉细胞相关成纤维细胞等，非dFb群包括C3中性粒细胞、C8 T细胞、C18红细胞等。与健康小鼠正常皮肤组织比较，全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织中细胞间通信更多更密集，其中细胞间通信强度排前3位的细胞群为dFb亚群C0、C1、C2，这3个dFb亚群与创面组织中其他细胞群之间均有通信。在全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织中，VEGF信号主要由dFb亚群C0发送、脉管相关细胞群C19和C21接收，PDGF信号主要由周细胞C14发送、多个dFb亚群接收，EGF信号主要由角质形成细胞亚群C9和C11发送、dFb亚群C0接收，FGF信号的主要发送者和接收者均为dFb亚群C6。健康小鼠正常皮肤组织和全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织FGF信号网络中的FGF配受体对相对贡献，均是FGF7-FGFR1排在首位，排名第2的分别是FGF7-FGFR2、FGF10-FGFR1；与正常皮肤组织比较，创面组织FGF7-FGFR1信号通路中的细胞间通信更多，而FGF7-FGFR2和FGF10-FGFR1信号通路中的细胞间通信稍有减少或无明显变化；创面组织FGF7-FGFR1信号通路中的细胞间通信强于FGF7-FGFR2、FGF10-FGFR1信号通路；在2种组织中，FGF7信号均主要由dFb亚群C0与C1和C2发送、dFb亚群C6和C7接收。与健康小鼠正常皮肤组织比较，全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织中FGF7蛋白表达更多；在正常皮肤组织中，FGF7蛋白主要表达于皮肤间质层且在靠近真皮白色脂肪组织附近也有表达；在2种组织中，FGF7蛋白与DPP4、SCA1蛋白共定位表达于皮肤间质层中，与PDGFRα蛋白共定位表达于dFb中，与SMA蛋白无共定位表达，其中创面组织中的共定位表达多于正常皮肤组织。结论小鼠全层皮肤缺损创面愈合过程中的dFb存在高异质性，为多种生长因子潜在的主要分泌或接收细胞群落，与生长因子信号通路之间存在紧密、复杂的联系；FGF7-FGFR1信号通路是创面愈合过程中的主要FGF信号通路，靶向调控多个dFb亚群。

简介：摘要目的基于16S核糖体RNA(rRNA)高通量测序分析特重度烧伤患者肠道菌群的动态变化规律。方法本前瞻性观察性研究纳入2017年2—6月中国科学院大学宁波华美医院收治的符合入选标准的5例男性特重度烧伤患者(年龄32～48岁)，采集其休克期(伤后3 d内)、急性感染早期(伤后4～14 d)、急性感染中期(伤后15～28 d)、急性感染后期(伤后29 d至出院前1周)及出院前1周内的粪便样本，各时期样本数均为5。使用pH计测定粪便样本的pH值，高通量测序技术对粪便样本的16S rRNA V3、V4区进行测序。QIIME分析软件分析肠道菌群操作分类单元(OTU)数目、α多样性(Chao1指数、Shannon指数)和门、科的相对丰度，非加权组平均法聚类分析肠道菌群β多样性，Tax4Fun预测肠道菌群功能变化。对数据行单因素重复测量方差分析、Bonferroni法、配对样本Wilcoxon秩和检验及Bonferroni校正。结果(1)本组特重度烧伤患者急性感染早、中期粪便pH值分别为7.40±0.45、7.56±0.45，明显高于休克期的6.68±0.36(P<0.05或P<0.01)。(2)共获得2 333 584条有效高质量序列，序列长度为415 bp左右，共获得1 209个OTU，所有标本测序覆盖度均达99.0%以上。本组特重度烧伤患者急性感染早、中、后期OTU数目、Chao1指数明显低于休克期(Z值均为2.023，P<0.05)；出院前1周内OTU数目、Chao1指数明显高于急性感染早、中、后期，Shannon指数明显高于急性感染早、中期(Z值均为2.023，P<0.05)。(3)本组特重度烧伤患者休克期样本菌群结构与出院前1周内相似度高，与急性感染早、中、后期相似度低。各个单独样本的分析显示，大部分样本聚类规律与分期样本一致。休克期肠道菌群加权Unifrac距离明显短于急性感染早、中、后期(Z＝3.326、2.570、2.690，P<0.05或P<0.01)，其他时期肠道菌群加权Unifrac距离相近。(4)门水平上，与休克期比较，急性感染早、中、后期厚壁菌门细菌相对丰度降低，变形菌门和拟杆菌门细菌相对丰度升高；上述3个菌门细菌相对丰度在出院前1周内与休克期相近。伤后不同时期科水平上相对丰度前5的优势菌有较大差异，休克期的前5优势科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期降低。休克期的非优势科如肠杆菌科、链球菌科、拟杆菌科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期大幅升高，成为这些时期新的优势科；出院前1周内部分产酸菌科细菌相对丰度恢复至接近休克期水平。(5)急性感染早、中期肠道菌群的某些氨基酸代谢、糖酵解和糖异生、丙酮酸代谢等功能较休克期减弱，急性感染后期肠道菌群某些氨基酸和糖类代谢较休克期增强，休克期与出院前1周内肠道菌群功能基因分布相似。结论特重度烧伤患者肠道内环境及菌群结构在急性感染早、中期发生了明显变化，pH值升高，菌群种类及多样性减少，尤其是产酸菌科细菌的相对丰度明显降低，但随着患者治疗结束而恢复。可考虑将粪便pH值和肠道变形菌门及产酸菌科细菌变化作为反映特重度烧伤患者肠道菌群紊乱水平的指标。

简介：基因测序技术的突破及成本的大幅下降，使其向个性化医疗时代更进一步，商业化前景可期。处于产业链上游的基因测序仪公司在海外资本市场已率先试水。

简介：摘要目的探讨CUEDC1基因对急性单核细胞白血病THP-1细胞基因表达谱的影响。方法构建CUEDC1基因干扰的THP-1细胞差异表达基因库。基于RNA测序技术比较CUEDC1基因干扰的THP-1细胞与阴性对照THP-1细胞基因表达谱的差异性表达。采用实时荧光定量聚合酶链反应验证差异表达的部分基因。将表达上调和下调的基因分别导入DAVID软件，进行基因本体（GO）功能富集分析。结果成功构建CUEDC1基因干扰的THP-1细胞差异表达基因库。CUEDC1干扰组与阴性对照组间共检测到161个差异表达基因（P<0.05），其中显著上调基因85个，显著下调基因76个；与细胞增殖相关的基因9个，与细胞凋亡相关的基因10个，与p53基因有关的基因2个，与转录调控有关的基因3个，与泛素化有关的基因8个；其中SMAD5、SG15、CBLL1、FANCF等基因与急性白血病的发生发展密切相关。结论CUEDC1基因可能影响SMAD5、SG15、CBLL1、FANCF等基因的表达，进而参与了急性单核细胞白血病的发生发展。