简介:摘要目的了解东南亚十二节段双链RNA病毒(South-East Asian dodeca RNA viruses,Seadornavirus)的分子进化规律及遗传差异。方法基于Seadornavirus衣壳蛋白基因组序列进行同源性、系统进化、理化性质、抗原表位预测以及三级结构和表面电荷分布的分析。结果Seadornavirus的最近共同祖先大约于2 359年前,分为3个进化簇,其进化时间分别为约距今1 338、499、253年前,其平均核苷酸替换率为3.6×10-4n/s/y。Seadornavirus 3种病毒之间的核苷酸与氨基酸同源性分别是31.3%~100%(μ=68.0%)和11.9%~100%(μ=56.0%)。理化性质和抗原表位分析显示,版纳病毒(Banna virus, BAV)衣壳蛋白为酸性疏水性蛋白质,存在6个B细胞表位和2个Th抗原表位,而辽宁病毒(Liaoning virus, LNV)和卡迪皮诺病毒(Kadipiro virus, KDV)为碱性亲水性蛋白质,分别存在3和5个B细胞抗原表位,其中LNV仅有1个Th抗原表位,KDV病毒则不存在。三级结构以及蛋白表面电荷分析显示,Seadornavirus的α螺旋和β折叠各不相同,并且BAV有2个明显的带正电荷区域和2个带负电荷的区域,LNV只有1个带正电荷区域,KDV则有2个带正电荷区域。结论Seadornavirus进化速率快,并且其基因组、衣壳蛋白抗原表位、理化性质、三级结构等具有较大的差异。
简介:摘要:胶质瘤是中枢神经系统最常见的恶性肿瘤,尽管进行了手术联合同步放化疗的多模式治疗,但是胶质瘤患者的预后依然很差,因此,深入挖掘胶质瘤发生和进展的分子机制,并以此为基础开发新型靶向治疗药物显得尤为重要。LncRNA是指长度超过200个核苷酸的非编码RNA,序列上保守性差,功能上具有一定保守性[1]。根据lncRNA在基因组上的位置,可以分为如下五类:1、基因间区长链非编码(large intergenic lncRNA),2、内含子区长链非编码RNA(intronic transcript),3、正义链长链非编码RNA(sense lncRNA),4、反义链长链非编码RNA(antisense lncRNA),5、双向长链非编码RNA(bidirectional lncRNA)。LncRNA的功能机制主要包括五个方面:1、介导染色质重塑和组蛋白修饰,调控其下游基因的表达;2、通过碱基互补配对,与编码蛋白质的基因的转录本形成双链结构,干扰编码基因转录本的剪接或者形成内源性小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA);3、与特定的蛋白质结合,调控该蛋白的活性或者组成核酸-蛋白质复合体;4、与特定蛋白质锚定后,改变该蛋白质的亚细胞定位;
简介:摘要目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)HOXA末端转录本反义RNA(HOTTIP)对胰腺癌诊断的临床价值。方法收集2017年6月至2018年12月间徐州市中心医院18例行手术切除并经病理证实的胰腺癌组织及癌旁正常胰腺组织(距癌组织>1 cm);收集78例临床确诊的胰腺癌患者血浆,选取78例健康体检者作为健康对照组,同时收集原发性肝癌、结直肠癌及胃癌各50例作为疾病对照组。实时荧光定量PCR法检测胰腺癌组组织及血浆、健康对照组和疾病对照组血浆HOTTIP的表达水平,化学发光法检测胰腺癌患者血浆CA19-9水平。分析胰腺癌患者血浆HOTTIP与癌组织HOTTIP及血浆CA19-9相关性,分析血浆HOTTIP水平与肿瘤临床病理特征之间的关系。绘制高表达HOTTIP组和低表达HOTTIP组患者的生存曲线,log-rank检验比较两组间的生存率差异。绘制受试者工作特征曲线(ROC),计算曲线下面积(AUC),评估血浆HOTTIP水平对胰腺癌的诊断效能。结果胰腺癌患者癌组织HOTTIP表达量显著高于癌旁正常胰腺组织(2.24±0.25比0.62±0.11,P<0.001);胰腺癌、肝癌、结直肠癌、胃癌患者及健康对照者血浆HOTTIP水平分别为1.33±0.32、0.57±0.17、0.51±0.10、0.41±0.09、0.54±0.05,胰腺癌组显著高于肝癌、结直肠癌、胃癌患者及健康对照者,差异均有统计学意义(P值均<0.05),但肝癌、结直肠癌、胃癌患者血浆HOTTIP水平与健康对照者的差异均无统计学意义。胰腺癌患者血浆HOTTIP表达与CA19-9及癌组织中HOTTIP表达均呈正相关(P值均<0.001),且血浆HOTTIP表达水平与TNM分期有关(P=0.029),而与患者性别、年龄及淋巴结转移、肿瘤大小无关。HOTTIP高表达患者生存率明显低于HOTTIP低表达患者(15.9个月比30.6个月,P<0.05)。血浆HOTTIP水平诊断胰腺癌的AUC值为0.81(95% CI 0.74~0.87),诊断临界值为1.14,灵敏度为62%,特异度为94%,准确性为74%。血浆HOTTIP联合CA19-9诊断胰腺癌的灵敏度提高到81%,特异度提高到97%,准确性提高到84%。结论胰腺癌患者血浆HOTTIP水平对胰腺癌的诊断具有一定的临床价值。
简介:摘要:目的 通过TCGA数据库找出在胃癌中差异表达的LncRNA,建立能可靠预测胃癌OS的预后诺模图。方法 通过生物信息技术找出胃癌中差异表达的lncRNA,进一步筛选出与OS明显相关的lncRNA,联合年龄、TNM分期等临床特征,得出预测胃癌OS可靠的预后诺模图。结果 通过生物信息学分析的出四个与胃癌患者OS明显相关的lncRNA,其中 AL034397.3对患者有保护作用,FAM83A-AS1,LINC00519和IER3-AS1与年龄、TNM分期等临床特征联合,的出一个可靠的预后诺模图。三个lncRNA的联合检测的准确性高于TNM分期,AUC=0.809。结论 利用临床危险因素,我们开发了基于lncRNA特征的列线图,其表现优于单独的分子特征或临床因素来进行预后预测。
简介:摘要目的探讨长链非编码RNA(lncRNA) HOX转录反义RNA(HOTAIR)对乳腺癌细胞增殖的影响及其机制。方法收集2013年8月到2018年1月新乡市中心医院120例乳腺癌和癌旁组织,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析lncRNA HOTAIR表达水平。在乳腺癌细胞株MCF-7细胞株中建立lncRNA HOTAIR敲降细胞株(lnc HOTAIR KD组)和对照细胞株(lncRNA对照组),采用细胞计数试剂盒(CCK-8)试剂盒和5-乙炔基-2’脱氧尿嘧啶核苷(EdU)染色分析两组细胞的增殖能力;采用异种移植瘤模型分析细胞在体内的增殖能力。采用生物信息学分和双荧光素酶报告基因分析lncRNA HOTAIR作用靶点。组间数据比较采用t检验。结果与癌旁组织(1.09±0.19)比较,乳腺癌组织中lncRNA HOTAIR表达水平(2.98±0.21)显著升高,差异有统计学意义(t=3.011,P<0.05)。与lncRNA对照组(1.10±0.10)比较,Lnc HOTAIR KD组乳腺癌细胞增殖能力(0.25±0.05)明显下降,差异有统计学意义(t=2.510,P<0.05)。与lncRNA对照组EdU阳性率[(87.34±9.12)%]比较,Lnc HOTAIR KD组乳腺癌细胞EdU阳性率[(28.13±7.10)%]增殖能力明显下降,差异有统计学意义(t=3.918,P<0.05)。体内异种成瘤模型显示lnc HOTAIR KD组乳腺癌细胞增殖能力较LncRNA对照组显著下降,差异有统计学意义(F=2.109,P<0.05)。生物信息学研究显示lncRNA HOTAIR能与微小RNA(miRNA,miR)-126结合,进而调节CXC趋化因子受体4(CXCR4)表达水平。结论lncRNA HOTAIR通过靶向作用于miR-126/CXCR4轴进而调节着乳腺癌细胞增殖。
简介:摘要目的探讨长链非编码RNA小核仁RNA宿主基因1(lncRNA SNHG1)靶向微小RNA-16(miR-16)对人骨髓间充质干细胞(BMSCs)成骨分化的影响。方法将BMSCs(购自上海泽叶生物科技有限公司)进行体外培养,实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测BMSCs成骨诱导前后SNHG1和miR-16的表达水平。将BMSCs分为正常组、诱导分化组、si-con组、si-SNHG1组、miR-con组、miR-16组、si-SNHG1+anti-miR-con组和si-SNHG1+anti-miR-16组。蛋白质印记(Western blot)检测碱性磷酸酶(ALP)、Runt相关转录因子2(Runx2)、骨桥蛋白(OPN)的表达水平。双荧光素酶报告基因实验和RT-qPCR验证SNHG1和miR-16的靶向调控关系。两组间数据比较采用独立样本t检验,多组间数据比较采用单因素方差分析和LSD-t检验。结果与正常组比较,诱导分化组BMSCs细胞SNHG1(0.64±0.12比1.00±0.08,t=1.323,P<0.05)的表达水平显著降低,miR-16(4.54±0.84比1.00±0.11,t=7.238,P<0.01)的表达水平显著升高。与si-con组比较,si-SNHG1组BMSCs中ALP(0.61±0.06比0.41±0.05,t=4.435,P<0.05)、Runx2(1.25±0.13比0.79±0.09,t=5.039,P<0.01)、OPN(0.94±0.08比0.41±0.06,t=9.180,P<0.01)蛋白表达显著升高。与miR-con组比较,miR-16组BMSCs中ALP(0.63±0.06比0.40±0.04,t=5.524,P<0.01)、Runx2(1.04±0.09比0.69±0.07,t=5.317,P<0.01)、OPN(0.98±0.11比0.51±0.08,t=5.985,P<0.01)蛋白表达显著升高。与si-SNHG1+anti-miR-con组比较,si-SNHG1+anti-miR-16组BMSCs中ALP(0.52±0.04比0.66±0.06,t=3.363,P<0.05)、Runx2(0.89±0.07比1.08±0.09,t=2.886,P<0.05)、OPN(0.71±0.08比0.98±0.11,t=3.438,P<0.05)蛋白表达显著降低。miR-16是SNHG1的靶基因,SNHG1可负性调控miR-16表达。结论lncRNA SNHG1通过靶向miR-16可抑制BMSCs成骨分化。
简介:摘要目的观察双链RNA依赖的蛋白激酶(PKR)抑制剂2-氨基嘌呤(2-AP)对盲肠结扎穿刺(CLP)的脓毒症模型小鼠器官损伤血浆炎症因子表达及死亡率的影响。方法无特异病原体(SPF)级C57BL/6小鼠40只,随机分为假手术(Sham)组、CLP组、2-AP组和CLP+2-AP组(n=10)。术后24 h收集外周血血清,进行丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)、血肌酐(Cr)、血尿素氮(BUN)及炎症因子(IL-1β、IL-10和TNF-α)的检测;取肺组织进行病理检测;取外周血和腹腔灌洗液进行细菌清除率检测。另外取60只C57BL/6小鼠,按照上述分组(n=15)进行7 d生存率观察。组间计量资料比较采用独立样本t检验。结果CLP组和CLP+2-AP组小鼠肝损伤指标(ALT和AST水平)和肾损伤指标(Cr和BUN)均较Sham组显著升高(均P<0.001)。CLP+2-AP组ALT和AST水平均显著低于CLP组(t=27.88、11.33,均P<0.001);肾功能损伤指标方面,CLP+2-AP组Cr和BUN水平均较CLP组显著下降(t=11.02、7.15,均P<0.001)。与Sham组相比,CLP组血浆中促炎(IL-1β和TNF-α)及抑炎(IL-10)细胞因子水平均显著升高(均P<0.001);CLP+2-AP组小鼠血浆IL-1β和IL-10水平均显著降低(均P<0.001),而血浆TNF-α水平下降不明显(P=0.33)。Sham组小鼠7 d生存率为100%,CLP+2-AP组为13.3%,2-AP组为86.7%,CLP+2-AP组为20.0%。抑制PKR活化可轻微改善CLP模型小鼠7 d生存率趋势(Mantel-Cox检验分析,χ2=0.0012,P=0.97)。结论在脓毒症小鼠模型中,抑制PKR活性可对降低血浆中炎症因子表达,减少血液和腹腔中细菌负荷,对器官损伤具有保护作用,提示抑制PKR活性在脓毒症治疗中具有应用潜力。
简介:摘要目的检测三阴乳腺癌(TNBC)中长链非编码RNA-HOX转录反义RNA(HOTAIR)表达,并探讨HOTAIR对TNBC发生发展的分子调控机制。方法收集64例2016年1月至2019年7月东莞市人民医院乳腺科手术治疗TNBC癌及癌旁腺体组织,以实时定量荧光聚合酶链反应(qPCR)检测HOTAIR表达,比较其在癌及癌旁中表达差异,并分析其与病理分期的相关性。在TNBC MDA-MB231细胞株中以小干扰RNA下调HOTAIR表达,以siControl为对照组检测对细胞增殖能力和凋亡的影响。进一步研究下调HOTAIR表达对于多梳蛋白复合体2(PRC2)核心亚基Zeste基因增强子同源物2(EZH2)表达的影响,应用SPSS 19.0统计软件分析,组间差异采用t检验。结果与癌旁组织比较,HOTAIR在TNBC中表达明显上调(0.71±0.10比0.50±0.06,t= 20.286,P<0.01),差异有统计学意义。且HOTAIR在晚期TNBC组织中的表达明显高于早中期(0.78±0.05比0.64±0.07,t=8.625,P<0.01),差异有统计学意义。MDA-MB231细胞中以小干扰RNA(siRNA)沉默HOTAIR或EZH2的表达均引起细胞增殖能力下降、细胞凋亡增加。HOTAIR沉默表达后,EZH2表达明显下调,而下调EZH2 RNA对HOTAIR表达无影响。结论TNBC中HOTAIR表达明显上调,与不良预后相关。TNBC中HOTAIR可能通过调节PRC2复合物核心蛋白EZH2表达发挥生物效应。