简介：无

简介：摘要目的采用加权基因共表达网络分析法，筛选影响脓毒症预后的关键基因。方法从美国生物技术信息中心的基因表达数据库中，获取脓毒症患者和健康志愿者外周血基因芯片数据GSE54514，采用R语言加权基因共表达网络分析包构建脓毒症患者与健康志愿者差异基因的共表达网络，筛选与脓毒症预后相关的模块与枢纽基因，并对与脓毒症预后相关性最高的模块中的基因进行富集分析。结果通过对脓毒症患者与健康志愿者的622个差异表达基因构建共表达网络，筛选得到与脓毒症预后相关性最高的模块。GO富集分析显示该模块中的基因与髓系细胞的激活、中性粒细胞的激活相关；而KEGG通路富集分析显示这些基因在病毒感染过程中具有重要作用。最后通过构建蛋白质互相作用网络在与脓毒症预后相关性最高的模块中筛选得到15个枢纽基因。结论通过生物信息学方法挖掘出与脓毒症预后高度相关的15个关键基因，这些基因与调节机体对感染的免疫应答有关。

简介：摘要目的采用高通量测序检测卵巢子宫内膜异位症微小RNA(microRNA，miRNA)及mRNA的表达，分析miRNA-mRNA调控网络关系，探索卵巢子宫内膜异位症的发生机制。方法回顾性分析2017年3月至2018年3月在中南大学湘雅医院因卵巢子宫内膜异位症行手术的患者20例，取异位内膜及配对在位内膜组织，提取总RNA，分别进行miRNA测序及mRNA测序，获得差异miRNA及mRNA表达谱。运用Targetscan、miRDB数据库预测差异miRNA可能结合的mRNA，并与差异mRNA取交集，获得候选mRNA，采用Cytoscape软件进行miRNA-mRNA调控网络分析，采用DAVID数据库进行基因功能富集(GO)分析和信号通路(pathway)分析。结果与在位内膜比较，异位内膜差异表达的miRNA有369个(197个上调，172个下调)，差异表达的mRNA 3 765个(1 975个上调，1 790个下调)。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)证实miR-202-5p、miR-514a-5p在异位内膜表达高于在位内膜(P<0.05)，而miR-375-3p、miR-449b-5p在异位内膜表达低于在位内膜(P<0.05)，与测序结果相符合。生物信息学发现与这4个miRNA相关的候选mRNA主要富集于核内甾体激素受体结合、跨膜受体及蛋白激酶激活等生物学过程。KEGG通路富集显示其参与了多种信号通路，如TGFβ信号通路、细胞黏附分子信号通路、Wnt信号通路、Rap1信号通路。结论miRNA及mRNA在子宫内膜异位症差异表达，二者相互作用通过多种通路参与子宫内膜异位症的发生发展。

简介：无

简介：摘要目的探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱，为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据，根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组，每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析，应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析，应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络，筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法，通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分，根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT－qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果TCGA数据分析显示，AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因，其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调，451个基因表达下调。GO功能分析显示，AFP高表达组织中高表达的基因主要与附属肢体发育、肢体发育、骨架系统发育等过程有关，而低表达基因则与异源物代谢、类固醇代谢、细胞对异生物刺激反应等代谢相关过程有关。KEGG通路分析显示，AFP高表达组织中高表达的基因主要参与原发性免疫缺陷、神经活性配体－受体相互作用、细胞因子－细胞因子受体相互作用通路，而低表达基因主要与视黄醇代谢、化学致癌作用、类固醇激素的生物合成等通路相关。鉴定出1个预后相关特征基因集，该基因集包括AURKB、TTK、CENPA、UBE2C、HJURP、KIF15，其高表达与HCC患者的无复发生存和总生存有关，且特征基因集富集分数与AFP表达呈正相关(r＝0.475，P<0.001)。RNAseq数据验证结果与TCGA数据分析结果基本一致。RT－qPCR检测结果显示，特征基因集中AURKB、KIF15和UBE2C在AFP高表达HCC组织中显著高表达，其表达虽然与HCC患者的无病生存、总生存无关，但AFP低表达组患者的无病生存曲线和总生存曲线均在AFP高表达组患者之上。结论AFP高表达和AFP低表达HCC在基因表达谱上存在较大差异。筛选出的特征基因集可能协同AFP共同促进HCC的发生发展，其对解释不同水平AFP HCC的作用机制有一定作用，并为HCC的预后判断提供了新的思路和依据。

简介：摘要目的通过整合癌症基因组图谱中肝细胞癌DNA甲基化谱和基因表达谱，分析肝细胞癌中miR-1180-3p表达水平并构建其相关ceRNA调控网络。方法用癌症基因组图谱数据库分析肝细胞癌及癌旁组织中miR-1180-3p的表达水平，并筛选出差异表达长链非编码RNA（lncRNA）和mRNA。分别用LncBase数据库和TargetScan数据库预测miR-1180-3p与lncRNA和mRNA的靶向作用关系，并通过lncRNA的DNA甲基化谱筛选出DNA甲基化介导的lncRNA。用Cytoscape软件构建miR-1180-3p相关ceRNA网络，并用WebGestalt网站对ceRNA中相关mRNA进行GO分析和KEGG分析。结果相比于低表达miR-1180-3p的患者[总生存时间（5.69±0.35）年]，高表达miR-1180-3p患者的总生存时间较短[总生存时间（3.99±0.47）年]，提示miR-1180-3p高表达是影响肝细胞癌预后的危险因素（风险比= 1.28, 95%可信区间为1.1～1.5, P < 0.01）。研究中构建的miR-1180-3p相关ceRNA调控网络包含2个lncRNA（F11-AS1和LINC01511）以及37个mRNA。结论成功构建了miR-1180-3p相关ceRNA调控网络，其中DNA甲基化介导的F11-AS1及F11-AS1/miR-1180-3p/C11of54 ceRNA调控轴在肝细胞癌的发生和发展中起重要作用。

简介：摘要目的通过构建过表达IL-35的慢病毒载体，转染鼻咽癌细胞，建立稳定表达IL-35的鼻咽癌细胞株，为进一步研究IL-35对鼻咽癌细胞的影响奠定基础。方法根据GenBank中的EBI3和IL-l2p35基因序列，设计引物克隆EBI3和IL-l2p35基因。PCR产物和pLVX-IRES-ZsGreenl质粒（命名为H145）经过经酶切、转化、筛选、测序鉴定等后获得重组质粒pLVX-mIL-35-IRES-ZsGreenl，命名为H11864。将重组质粒H11864和H145经过慢病毒包装后转染HEK-293T细胞，收取病毒浓缩液并检测其滴度。用病毒浓缩液感染CNE细胞，用Real-time PCR和ELISA检测IL-35的表达情况。检测IL-35过表达对鼻咽癌细胞增殖能力的影响。结果测序结果显示，本研究成功构建重组质粒pLVX-mIL-35-IRES-ZsGreenl。pCDH-GFP组及pCDH-IL-35-GFP组的慢病毒滴度分别为5.10×108 TU·ml-1和1.03×109 TU·ml-1。Real-time PCR检测结果显示，与CNE-H11864（4 626 159.23±246 221.40）相比，CNE-H145（1.22±0.77）和CNE（0.80±0.65）中IL-35的mRNA表达量显著较低（均P<0.01）。ELISA检测显示，CNE-H11864中IL-35的蛋白含量为344.84 pg/ml，与CNE-H145的33.00 pg/ml相比，显著增高（P<0.01）。CCK-8检测结果表明，与空白组和质粒对照组相比，CNE-H11864组在转染72 h后吸光度值明显升高（均P<0.05），并且在96 h进一步升高（均P<0.01）。结论本研究成功构建稳定表达IL-35的鼻咽癌细胞株，IL-35蛋白能够促进人鼻咽癌细胞的增殖能力。

简介：摘要目的了解SARS-CoV-2受体血管紧张素转化酶2（angiotensin-converting enzyme 2，ACE2）在小鼠呼吸道及口腔（包括舌头和颊黏膜上皮）的分布。方法利用单细胞公共数据库和最新的单细胞RNASeq技术，对小鼠气管，肺脏进行单细胞数据可视化分析，对颊黏膜上皮进行重新聚类分析。结果小鼠肺脏少量II型肺泡上皮细胞（AT2）表达ACE2，与人体相似，气管中各类型细胞散在表达ACE2，在小鼠舌头的角质形成细胞（41.74%）表达ACE2，在小鼠的分化期口腔颊黏膜上皮细胞中表达ACE2，并且与肺脏ACE2+ AT2相同，也表达病毒进程相关基因，部分基因呈现特异性表达。结论冠状病毒可能定植于口腔中，并通过舌头黏膜等口腔器官分泌物进行传播。

简介：摘要目的通过沉默人永生化角质形成细胞HaCaT细胞中nicastrin（NCSTN）基因的表达，研究其下游细胞增殖及分化相关信号通路的改变。方法将HaCaT细胞分为干扰组、阴性对照组和空白对照组：干扰组转染特异性NCSTN-siRNA，阴性对照组转染阴性对照siRNA，空白对照组转染等量转染试剂。实时PCR及Western印迹检测各组NCSTN mRNA和蛋白表达验证转染效率。运用Agilent人类全基因组表达谱芯片技术研究干扰组HaCaT细胞基因表达谱与阴性对照组之间的差异，以表达上调或者下调倍数≥ 2.0且P ≤ 0.05为标准，将差异基因用GO分析进行富集，筛选出表达差异显著且与角质形成细胞增生分化相关的基因，用实时PCR验证结果。结果干扰组HaCaT细胞NCSTN mRNA及蛋白相对表达量分别为0.287 ± 0.090、0.443 ± 0.085，明显低于阴性对照组（0.969 ± 0.127、1.047 ± 0.114）以及空白对照组（1.000 ± 0.151、1.000 ± 0.111），差异均有统计学意义（F值分别为30.787、31.139，P值均为0.001）。表达谱芯片显示，与阴性对照组相比，干扰组表达下调基因605条，上调基因444条。GO分析显示，干扰后差异表达基因富集到上皮发育、上皮细胞分化、角质形成细胞分化、角化4种生物学过程。对表达差异显著且与角质形成细胞增生分化相关的Sprouty相关蛋白2基因、表皮生长因子7基因、胰岛素样生长因子结合蛋白5基因、人Rho关联含卷曲螺旋蛋白激酶2基因和骨形成发生蛋白6基因通过实时PCR验证，验证结果与芯片结果显示的差异趋势一致。结论NCSTN基因功能缺失有可能通过调节其下游细胞增殖及分化相关信号通路的表达，影响角质形成细胞的正常增殖和分化。

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简介：摘要目的采用RNA-seq技术检测脓毒症大鼠24h、48h脾组织mRNA的表达变化，从而分析脓毒症脾功能障碍可能的机制。方法运用随机数字表法将30只清洁级健康雄性Wistar大鼠等分为对照组、脓毒症组。脓毒症组采用盲肠结扎穿孔术(CLP)来建模。对照组仅行开腹、关腹。2组术毕均肌肉注射平衡液5 mL/kg。术后24 h、48 h各组随机取5只大鼠取脾组织提取RNA后采用RNA-seq进行mRNA检测，应用生物信息学软件分析脓毒症大鼠脾组织mRNA随时间变化的表达差异及涉及的相关通路。结果大鼠建模后24、48小时，相对于对照组，脓毒症大鼠脾脏组织mRNA表达上调数分别为1 030个，1 354个，下调数分别为935个，1 763个。其中，脓毒症大鼠脾组织随时间变化，细胞因子-细胞因子受体相互作用通路及凋亡相关通路相关mRNA表达差异明显。脓毒症大鼠脾组织细胞因子及其受体相互作用相关信号通路的mRNA表达情况为脓毒症24 h大鼠脾组织mRNA表达上调，而48 h转为下调的基因有2个，上调转为正常表达有22个，正常表达转为下调有30个，表达下调转为上调有1个，下调转为正常表达有2个，正常表达转为上调有10个。细胞凋亡相关通路中，脓毒症大鼠24 h脾组织mRNA表达上调，而48 h转为表达下调有1个，从表达上调到正常表达有5个，从正常表达到表达下调有9个，从正常表达到表达上调有10个，从表达下调到表达上调有1个，从表达下调转为正常表达有1个。结论早期过度炎症反应，晚期免疫抑制是脓毒症重要机制之一。其机制可能跟细胞-细胞因子受体、凋亡通路相关基因表达有关。

简介：摘要目的检测胃癌（GC）患者外周血TWA1 mRNA表达水平，分析其与患者长期预后的关系。方法选择2016年6月至2017年6月于西宁市第二人民医院诊治的97例GC患者，实时荧光定量PCR（RT-PCR）检测外周血TWA1表达量，随访并记录患者无进展生存期（PFS）。受试者工作特征（ROC）曲线判定TWA1 mRNA的阈值，分组比较TWA1 mRNA不同表达患者的PFS情况。Cox回归模型评估TWA1 mRNA水平对GC患者预后的预测价值。结果随访（20.91±5.76）个月，随访率为94.79%（91/94），平均PFS（21.83±5.13）个月。TWA1 mRNA对GC患者PFS判定的曲线下面积为0.781（95% CI：0.687~0.875，P<0.001），截断值为1.27。TWA1 mRNA高表达患者的PFS显著短于低表达患者（χ2=14.415，P<0.01）。淋巴结转移（HR=3.328，95% CI：2.098~5.971，P=0.044）、TNM Ⅲ~Ⅳ期（HR=3.400，95% CI：1.114~4.795，P=0.011）及外周血TWA1 mRNA高表达（HR=7.429，95% CI：1.711~32.263，P=0.007）是影响患者PFS的独立危险因素。结论外周血TWA1的表达与GC患者PFS显著相关，TWA1 mRNA水平对GC患者随访预后情况具有较好的预测价值。

简介：摘要目的构建雌激素受体α配体结合域(ERα-LBD)表达载体，优化表达条件得到可溶性ERα-LBD蛋白。方法在Addgene网站检索关键词ESR(雌激素受体，estrogen receptor)，选择符合条件的质粒载体pcDNA-HA-ER WT(Addgene plasmid # 49498; http：//n2t.net/addgene：49498; RRID：Addgene_49498)，设计引物并扩增得到目的片段ERα-LBD，分别构建蛋白表达载体pET-28a-LBD和pGEX-4T1-LBD，改变诱导温度、异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)浓度以及诱导时间对表达条件优化。待细菌裂解并提取蛋白后进行凝胶电泳，可在细菌上清的泳道中观察到明显的紫色蛋白表达条带，即为可溶性ERα-LBD蛋白。结果pET-28a-LBD重组质粒未能表达重组蛋白ERα-LBD，重组质粒pGEX-4T1-LBD在Rosetta和BL21(DE3)感受态中以1 mmol/L IPTG诱导仅能得到包涵体；以0.2 mmol/L IPTG 16 ℃过夜诱导培养，则可得到可溶性ERα-LBD蛋白。结论成功构建ERα-LBD表达载体并优化诱导表达条件，获得可溶性ERα-LBD蛋白。

简介：无

简介：摘要目的探讨KDM6A突变或表达与胃癌临床病理特征的关系及其对胃癌患者预后的影响。方法通过二代测序对57例胃癌组织进行全外显子测序，以及Cbioportal、Kaplan Meier-Plotter和the Human Protein Atlas等生物信息数据库资料，分析KDM6A突变与胃癌临床病理特征和胃癌患者总生存时间的关系。结果57例胃癌样本中，KDM6A突变14例，突变率为24.6%。突变组与未突变组比较，Borrmann分型、T分期、TNM分期和肿瘤直径差异有统计学意义(均P<0.05)，突变组患者的中位生存时间(53.5个月)短于未突变组(72.0个月，P＝0.007)。Kaplan Meier-Plotter数据库的875例胃癌患者中，KDM6A低表达者655例，高表达者220例，低表达患者的中位生存时间(23.5个月)短于高表达患者(30.8个月，P＝0.002)。在男性、Ⅲ期、肠型、弥漫型、单纯手术治疗和含氟尿嘧啶方案化疗的患者中，KDM6A表达与患者的总生存时间有关(均P<0.05)。Cbioportal数据库的1 172例胃癌患者中，KDM6A突变者70例，未突变者1 100例，突变患者的总生存时间(28.9个月)短于未突变患者(35.9个月，P<0.001)。the Human Protein Atlas数据库的355例胃癌患者中，KDM6A高表达97例，KDM6A低表达258例，低表达患者的中位生存时间(13.7个月)短于高表达患者(19.8个月，P＝0.022)。结论KDM6A突变、低表达胃癌患者的生存时间更短，且与临床病理因素相关，有可能成为胃癌诊断及治疗的潜在靶点。

简介：摘要目的检测结肠癌中微小RNA(miRNA，miR)-1228的表达，分析其与转移相关指标的关系。方法选择2013年9月至2014年7月确诊为结肠癌59例患者作为研究对象，留取肿瘤组织(研究组)和正常结肠黏膜组织(对照组)。PCR法检测二组中miR-1228的表达。免疫组织化学法检测结肠癌中上皮型黏附素(E-cadherin)和基质金属蛋白酶(MMP)-2的表达。蛋白质印迹法(Western blot)法检测结肠癌中神经型黏附素(N-cadherin)和MMP-9的表达。应用t检验、配对t检验、方差分析、Spearman相关分析和K-M生存分析。结果结肠癌和正常组织粘膜组织中miR-1228的表达差异有统计学意义(1.85±0.41比1.12±0.28，t＝6.990，P<0.05)，miR-1228在肿瘤浸润深度(1.73±0.38比1.96±0.34)、癌结节(1.78±0.45比1.99±0.41)、脉管累犯(1.82±0.39比2.04±0.30)、淋巴结转移(1.80±0.40比1.99±0.41)和不同TNM分期(1.59±0.30比1.98±0.33)的表达差异有统计学意义(t＝5.790、5.490、5.510、5.320、7.010，P<0.05)，生存分析显示miR-1228与生存时间明显相关(χ2＝5.900，P<0.05)。相关分析显示miR-1228与MMP-2(r＝0.540，P<0.05)、miR-1228与MMP-9(r＝0.540，P<0.05)、miR-1228与N-cadherin(r＝0.590，P<0.05)呈正相关，miR-1228与E-cadherin呈负相关(r＝－0.560，P<0.05)。结论miR-1228高表达状态与肿瘤形成有关，与病变的临床病理特征有关，miR-1228可能通过调控细胞黏附作用和细胞外基质的降解参与到肿瘤进展过程中。

简介：摘要目的通过高通量测序研究肺腺癌合并肺栓塞及肺栓塞患者基因表达谱数据，应用生物信息学方法挖掘肺腺癌合并肺栓塞及肺栓塞患者的共同信号通路，筛选两对比组共同的差异mRNA。方法收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1月至2019年12月肺腺癌合并肺栓塞、单纯肺腺癌、单纯肺栓塞及健康体检者外周血(每组4例，共计16例)，采用RNA测序技术检测16例入组人群的基因表达谱数据，将肺腺癌合并肺栓塞组与单纯肺腺癌组基因表达谱数据作为一个数据集，单纯肺栓塞组及健康对照组的基因表达数据为另一个数据集。经R语言筛选两数据集的差异表达基因，并经Excel软件取交集，获得两对比组共同差异mRNA。并通过基因本体(GO)注释分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析筛选两对比组共同的功能聚类及信号通路。结果肺腺癌合并肺栓塞组对比肺腺癌组、肺栓塞组对比健康对照组的共同差异mRNA有14个，其中上调10个，下调4个，差异最明显的下调mRNA是溶质载体家族9成员3(SLC9A3)；GO分析表明两对比组均与细胞生物过程、补体反应、炎性反应等相关，KEGG通路分析表明两对比组的共同富集的通路包括补体和凝血级联、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、核因子-κB(NF-κB)信号通路等。结论显著下调的差异mRNA SLC9A3或可作为肺腺癌合并肺栓塞的生物标志物。肺腺癌合并肺栓塞的发生可能涉及补体反应、炎性反应等分子功能，也可能与补体和凝血级联、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、NF-κB信号通路等相关。

简介：【摘要】目的 检测甲状腺肿瘤患者血清中甘露糖结合凝集素（MBL）的水平并探讨其意义。方法 应用ELISA法检测26例甲状腺乳头状癌、30例甲状腺腺瘤患者MBL的血清水平。结果 甲状腺乳头状癌患者MBL血清含量高于甲状腺腺瘤患者及健康者，甲状腺乳头状癌患者与甲状腺腺瘤患者及健康者间差异有统计学意义（P＜0.05），甲状腺腺瘤患者与健康者间差异无统计学意义（P＞0.05）；甲状腺腺瘤患者与健康者间差异无统计学意义（P＞0.05）。结论 MBL在甲状腺乳头状癌患者中血清水平高，说明作为免疫防御分子，可能参与了甲状腺肿瘤的免疫防御过程。

简介：摘要目的比较人肝、肾ABO血型抗原表达的差异，探索ABO血型抗原在血型抗体介导排斥反应中的作用。方法ABO血型为A型和B型血的公民逝世后器官捐献供者各4例，O型血对照2例。获取供者肝脏和双肾后，留取肾动脉、肾静脉、肾组织、肝动脉、肝静脉、门静脉和肝组织标本，运用蛋白质印迹法(WB)和免疫组织化学法检测ABO血型抗原的含量和分布。结果WB检测结果显示，同一供者不同部位ABO血型抗原含量并不一致。在同一个体内，A型抗原在肾组织和门静脉含量最高，在肾动脉含量最低；B型抗原在肝静脉及肾组织含量最高，在肾动脉、肾静脉及肝组织含量最低。不同个体之间，同一部位血型抗原含量差别也较大。通过免疫组织化学法检测，进一步发现血型抗原在肝、肾组织和血管中的分布与WB结果基本一致。结论ABO血型抗原在不同血型、个体和器官之间均存在不同程度差异，这种差异也可能会影响ABO血型不相容器官移植的结局。

简介：摘要肝细胞癌（HCC）早期诊断和有效治疗，仍然是困扰医学界的难题。外泌体是直径为40～100 nm的微小囊泡，内含蛋白质、脂质和核酸，作为信息物质交换的转运载体，在调控生物分子功能、维持细胞内环境中起重要作用。HCC外泌体功能包括胞间信息交换、新血管生成、癌细胞转移与多药耐药等，可介导微小RNA（miRNA）转化以调控肿瘤进展的微环境，进而影响癌细胞的病理生理学行为。外泌体源性miRNA可用于HCC监测或为早期诊断潜在特异标志物，且可作为HCC治疗靶目标，具有开发应用前景。现综述HCC外泌体源性miRNA研究的新进展。