简介:为了探讨海南发酵罗非鱼细菌群体结构多样性,本文采用HiSeq测序平台,对发酵罗非鱼中细菌16SDNAV3-V4区进行测序分析.结果表明:发酵罗非鱼样品中细菌组成较为丰富.消化链球菌属(Peptostreptococcu)在发酵鱼样本微生物群落中所占比例为约33%;其次为乳酸乳球菌属(Lactococcus),所占比例约为16%,这两个菌属是发酵罗非鱼的主要优势种群.变形杆菌属(Proteus)所占比例约为10%,摩根菌属(Morganella)所占比例约为8%,嗜冷菌属(Psychrobacter)所占比例约为8%,普罗威登斯菌属(Providencia)所占比例约为4%,链球菌属(Streptococcus)所占比例约为3%,肠杆菌属(Enterobacteriaceae_norank)所占比例约为2%.另外,样品中也检出少量有潜在危害的链球菌属等致病菌.
简介:摘要海葡萄(学名长茎葡萄蕨藻),是蕨藻属的一种可食用藻类,海葡萄对生长环境和水质的要求极高,人工养殖难度大。本研究以海葡萄表面粘附着细菌为研究对象,从海葡萄样品分离可培养海洋细菌,并基于16SrRNA基因序列分析的方法分析样品中的细菌多样性。
简介:为了探究湿地植物香蒲(Typhaorientalis)根内生细菌在不同培养基环境下组成多样性与生态学意义,以北京市密云段白河人工湿地香蒲根为研究对象,采用LB培养基、R2A培养基、YG培养基联合的分离培养方法,研究香蒲根内生可培养细菌群落及其在不同培养基环境下群落结构及功能特征差异。研究结果显示,从不同培养基细菌群落丰富度看,LB培养基(152株有效菌株,12个菌属,29个菌种)分离的香蒲根内生细菌效果相对较好,R2A培养基(68株菌株,9个菌属,23个菌种)和YG培养基(85株菌株,10个菌属,19个菌属)分离的内生细菌效果相差不大。从不同培养基优势类群组成结构看,从3种培养基中分离的内生细菌都属于g-变形菌纲(Gammaproteobacteria)类群,并且在LB培养基、R2A培养基和YG培养基中最优势属分别为假单胞菌属(Pseudomonas)(47株)、拉恩氏菌属(Rahnella)(17株)和拉恩氏菌属(34株)。从不同培养基分离的菌株功能特征,在LB培养基中,参与除碳(3.95%)、重金属(15.13%)和有机污染物(8.55%)的菌株所占比例最高;在R2A培养基中,参与除磷(10.29%)的菌株所占比例最高;在YG培养基中,参与除氮(76.47%)的菌株所占比例最高;同时,分别在YG培养基(10.59%)和R2A培养基(13.24%)中分离到较多的抑制病原菌的菌株和致病菌。
简介:院本文通过对双柏县林内林外小桐子林地土层(0-30cm)细菌数量和类群进行对比研究,同时对小桐子林地细菌进行了方差分析及多样性指数分析。经过相关实验,结果表明林内与林外的细菌数量存在显著差异(p约0.05),在0-15cm之间小桐子林地的土壤细菌数量逐渐增加,15cm处达到峰值;随着土壤深度的增加,细菌数量又呈现出下降的趋势。林内与林外均有类群12个,群落组成基本相同,细菌类群多样性不明显。
简介:【目的】紫茎泽兰的入侵将对入侵地生态环境和农业经济造成严重危害,比较紫茎泽兰不同入侵区域土壤细菌多样性,丰富入侵植物的土壤微生物假说,也为紫茎泽兰的防控提供重要的理论依据。【方法】采用磷脂脂肪酸(PLFAs)分析法和16srDNA高通量测序法,对不同紫茎泽兰重度入侵区域其根际土壤细菌群落进行分析比较,在此基础上使用相关性分析和主成分分析等统计方法,比较土壤细菌群落差异,探究其与土壤环境因子之间的相互关系。【结果】(1)各采样点中紫茎泽兰根际土壤细菌含量占微生物总量的比例均高于60%。其中Y2样点土壤细菌含量显著高于其他样点样品,达123.74μg·g-1,但该样地中检测到的门、科、属数量均低于其他样点。(2)从门水平上看,各样点土壤样品中相对丰度最高的前五个门分别是变形杆菌门、放线菌门、酸杆菌门、拟杆菌门和疣微菌门,其中变形杆菌门的相对丰度均为最高,在细菌群落中所占比例均超过30%;从属水平上看,四个样点存在不同的优势菌群,Y1样点优势菌群为固氮菌属和芽孢杆菌属,Y2样点优势菌群为乳酸杆菌属、结核分枝杆菌属以及根瘤菌属等,Y3样点优势属为鞘氨醇单胞菌属,Y4中的优势菌群为假单胞菌属。(3)土壤速效钾、铵态氮、有机碳、蔗糖酶、脲酶以及蛋白酶等环境因子与土壤细菌群落Alpha多样性指数存在显著相关性;土壤速效钾、硝态氮、有机碳、蔗糖酶、脲酶、蛋白酶等环境因子影响不同样点紫茎泽兰根际土壤细菌群落组成。【结论】不同紫茎泽兰重度入侵区域其根际土壤细菌在含量、门水平和属水平上均存在差异。土壤速效钾、有机质含量、蔗糖酶、脲酶等是影响土壤细菌群落结构的主要因素。
简介:摘要目的利用高通量测序技术分析新疆地区汉族感染性哮喘和健康对照个体下呼吸道细菌多样性。方法通过收集病例组20例汉族感染性哮喘患者和正常对照组8例汉族健康人的痰液,提取痰液DNA,对测序区域进行PEF扩增,利用Illumina Miseq测序平台对细菌的细菌核糖体16S小亚基基因(16S rDNA)区进行高通量测序,并对测序结果进行生物信息学分析。结果①哮喘患者和正常对照组可检测到的细菌种数相比,哮喘患者OTU(operational taxonomic units)数目明显低于正常对照组(P=0.024);香农-威纳指数(shannon Wiener index)、辛普森指数(simpson’s diversity index)、盖度(coverage)指数哮喘患者和正常对照组相比差异无统计学意义(P值分别为0.180、0.180、0.062);②在门水平下病例组丰度高的主要包括链球菌(Streptococcus)、普氏杆菌(Prevotella)、韦氏杆菌(Neisseria Veillonella)、嗜血杆菌(Haemophilus),正常对照组丰度高的主要包括Streptococcus、Prevotella、Neisseria Veillonella、Haemophilus,两个组丰度高的主要包括Actinobacteria(25.22%)、Firmicutes(43.25%)、Bacteroidetes(20.38%);③在属水平下对病例组和正常对照组中丰度差异最明显的菌属为:罗斯氏菌属(Rothia),拟普雷沃菌属(Alloprevotella),放线菌属(Actinomyces)。病例组中Rothia菌属丰度明显高于正常对照组(P=0.006),Actinomyces菌属丰度明显高于正常对照组(P=0.040),而正常对照组中Alloprevotella菌属明显高于病例对照组(P=0.048),差异具有统计学意义。结论哮喘患者和健康人相比较下呼吸道内菌群多样性主要的菌门和菌属存在明显变化,微生物去罗结构多样性变化是哮喘发生的重要机制,有待进一步研究。
简介:摘要目的探讨烧伤科内环境细菌多样性及耐药性。方法2012年1月-2017年10月我院收治的80例烧伤患者的尿液、血液、痰、咽拭子等标本进行分析,并对分离出的致病菌进行药敏试验。结果80例烧伤患者平均住院时间为(23.5±4.5)天。80例患者共采集到164份标本,主要为呼吸系统、血液和尿液等。1共检出214株病原菌。其中革兰氏阴性菌共检出124株,所占比例为57.9%,主要为铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌和鲍氏不动杆菌;革兰氏阳性菌共检出65株,所占比例为30.4%。铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍氏不动杆菌和金黄色葡萄球菌对头孢类及喹诺酮类抗生素均具有较高的耐药性,对万古霉素和替考拉宁耐药率为0.0%。结论烧伤科细菌耐药情况严重,应不断加强对烧伤感染的细菌分布与耐药监测,科学使用抗生素,减少患者住院时间,提高患者康复效率。
简介:目的:建立一种高效的末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)方法,检测工程土壤细菌。方法:以深圳和香港两地不同土层(0.5,10,20和30m)的工程土壤为研究对象,提取并纯化总DNA,利用细菌16SrDNA基因通用引物8f-FAM/1492r进行PCR扩增,扩增产物分别用HhaⅠ、HaeⅢ和MspⅠ限制性内切酶酶切,酶切产物经毛细管电泳测序,序列上传至数据库进行分析。结果:经过比对分析,香港段土壤中大约存在细菌141属,235种;深圳段大约存在132属,206种;32个细菌种属只在香港土壤中有分布,3个细菌种属只在深圳土壤中有分布;植物病原细菌有14个种属。结论:建立的T-RFLP方法能够高效、快速地分析工程土壤细菌。
简介:为了调查花生仁内生细菌种类多样性,应用IlluminaMiSeq高通量测序技术测定花生仁内生细菌的16SrDNA-V4变异区序列,并采用Mothur软件整理及统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和α多样性.研究获得用于分析的有效序列和OTU数分别为69284和25;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和.花生仁内生细菌主要分布于食酸菌属(Acidovorax)和希瓦氏菌属(Shewanella),丰度分别为83.33%和16.67%.且内生细菌的Chao1指数为25.00,Shannon指数为1.29.