本研究运用资料包络分析法（DEA），探讨2001到2004年间，台湾不同体系公立医院的经营效率，并且找出改进各医院效率的方向与幅度。实证显示，医院整体效率值的排名依序为教育部体系、卫生署体系、国防部体系、退辅含体系，其中退辅会体系效率值的离散程度较小，国防部体系的离散程度则较大。纯粹技术效率值的排名依序为“教育部”体系、“退辅会”体系、“国防部”体系、“卫生暑”体系，其中“教育部”体系效率值的离散程度较小，其它各体系医院的离散程度则较大。敏感度分析显示，将产出项由‘出院人次’改为‘门急诊人次’后，各体系之平均效率值依序皆为“教育部”、“卫生署”、“退辅会”及“国防部”，与前述结果略有不同。其中“退辅会”体系之整体效率稍高于“国防部”体系，显现相较于“国防部”而言，“退辅会”‘出院人次’产出的整体效率较差，而‘门急诊人次’产出的效率则较佳；“卫生署”体系的纯粹技术效率则高于“退辅会”与“国防部”体系，显现相对而言“卫生署”体系医院‘出院人次’产出的纯粹技术效率较差，而‘门急诊人次’产出的效率则较佳。
