简介:目的:对目前研究较为广泛的miR-15a的靶基因进行预测及相关生物信息学分析,以期为miR-15a靶基因的实验验证提供数据支持,并为深入研究miR-15a的调控机制及生物学功能奠定基础和提供理论指导。方法:选择TargetScan5.1与PicTar两种计算方法预测miR-15a的靶基因的交集作为分析的基因集合,分别进行GO注释描述、GO富集分析和生物通路富集分析。结果与结论:预测靶基因集合分别富集在转录调控、蛋白质修饰、细胞周期等生物学过程和蛋白激酶活性等分子功能上(P〈0.01);经典miR-15a预测靶基因集合显著富集于KEGG通路数据库中的Wnt信号通路、细胞周期和p53信号通路等5个信号转导通路及前列腺癌、慢性髓细胞性白血病、黑素瘤等7个疾病通路中(P〈0.05)。
简介:目的:Gankyrin作为一个新的癌基因,在细胞周期调控和肿瘤发生过程中有重要功能。建立Gankyrin过表达的细胞和动物模型,以便进一步研究其在肿瘤形成过程中的作用机制。方法:采用逆转录病毒感染细胞的方法构建Gankyrin稳定表达的细胞株,采用Western-blot检测Gankyrin的表达,采用软琼脂和裸鼠成瘤实验验证该细胞株的恶性转化效应。结果:构建了Gankyrin稳定过表达的NIH3T3细胞株,且该细胞株具有成瘤性。结论:采用逆转录病毒感染细胞的方法可以有效建立Gankyrin转化细胞株,为进一步研究Gankyrin的作用机制及其在肿瘤形成中的功能提供了基础。
简介:目的:用生物信息学方法对沙丘芦苇胸腺嘧啶二磷酸葡萄糖脱水酶(PcTGD)的序列进行分析与结构预测,为后续研究提供参考。方法:以GOR法预测了PcTGD的二级结构,以ProtScale分析它的疏水性,最终通过现有的序列同源性比较,用MODELLER预测了PcTGD的三维结构。结果:PcTGD具有高度保守的活性中心Tyr***Lys和N末端的Gly*Gly**Gly的高度保守结构。结论:PcTGD属于一个短链脱氢酶/还原酶家族。
简介:目的:建立大鼠缇解一复发型实验性变态反应性脑脊髓炎(EAE)模型,进行病理学研究,为多发性硬化(MS)的研究提供依据。方法:呆用大鼠脊髓和弗氏完全佐剂混合乳剂一次性注入SD大鼠双足垫和尾部,1周后半剂量注射进行一次加强.诱导大鼠发生EAE;观察发病情况,HE染色观察病理变化,监牢兰染色观察脱髓鞘情况j结果:空白对照组大鼠均未出现症状,HE染色小脑及脊髓无炎性细胞浸润,监牢兰染色未见髓鞘脱失;模型组临床症状发生率为90%以上,HE染色可见小脑白质及脊髓血管周围有大量炎性细胞浸润,监牢兰染色发现有大片髓鞘脱落。结论:用SD大鼠脊髓髓鞘蛋白和弗氏完全佐利混合乳剂可诱导同种SD大鼠发生缓解一复发型EAE。
简介:目的:人肌球蛋白7A(MYO7A)基因是遗传性耳聋分子筛查的候选基因之一。从已知的MYO7A非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)位点数据库中筛选可能与致病表型相关的nsSNPs位点,以提高MYO7A基因耳聋分子诊断的有效性和准确率。方法:首先,从NCBI数据中心的dbSNP数据库(dbSNP)和DeafnessVariationDatabase数据库获得MYO7A基因的SNPs数据和基因的相关信息;然后,通过SIFT、PolyPhen-2、PANTHER、PhD-SNP、MutationTaster、SNP&GO和MutPred软件进行nsSNPs表型致病性分析,预测潜在致病位点;接着,应用ClustalX2和GeneDoc软件进行同源氨基酸序列比对,分析潜在致病的nsSNPs位点保守性;最后,应用SwissModel平台选择性地对某些突变蛋白质的三维结构进行建模,并分析结构域的变化。结果:预测出MYO7A的104个高风险致病的nsSNPs位点,包括25个已报道的耳聋相关nsSNPs位点;高风险致病的nsSNPs位点中,有42个位于肌球蛋白马达(myosinmotor)结构域,其中12个预测有致病风险的nsSNPs位点与MYO7A基因致聋的突变研究报道一致。肌球蛋白马达结构域中包含30个新预测的潜在致病性nsSNPs位点,其中仅L366P位点在7个预测软件中具有高度一致性。通过对L366P位点位点突变前后的三维模型构建,发现存在蛋白结构的改变,且同源性比对结果显示了该位点的高度保守性。结论:MYO7A的L366P为潜在高风险致病性nsSNP位点,推测该基因突变可能与耳聋表型相关。本研究所采用的分析筛选方法对MYO7A基因突变的临床筛查及其他致病基因的nsSNPs筛选具有重要的参考价值。