简介：摘要肠道感染是我国儿童常见的感染性疾病之一，以腹泻为主要临床症状。了解我国儿童肠道感染病原学特征和对病原体进行快速精准的鉴定，在疾病的早期治疗和预防中至关重要。我国临床病原微生物的检测技术正在经历着从显微镜检到宏基因组测序的变革时代。

简介：出生缺陷是指婴儿出生前发生的身体结构、功能或代谢异常。出生缺陷可由染色体畸变、基因突变等遗传因素或环境因素引起,也可由这两种因素交互作用或其他不明原因所致,通常包括先天畸形、染色体异常、遗传代谢性疾病、功能异常如盲、聋和智力障碍等。

简介：摘要目的分析杭州市首例感染新型冠状病毒（2019-nCoV）病例病毒全基因组序列特征。方法采集杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例咽拭子和深咳痰液呼吸道标本，对标本进行病毒核酸提取和实时逆转录PCR检测，对病毒进行高通量基因组测序；从美国国立生物技术信息中心GenBank数据库中获取29条（分别来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰）2019-nCoV基因组序列和其他物种来源的30条β冠状病毒基因组进行系统发育分析。对15株武汉地区毒株基因组以突变位点进行分组，鉴定其他地区相同和特异性突变位点。结果获得29 833 bp长度的杭州首例感染2019-nCoV病例病毒的基因组序列，覆盖病毒编码区全长。系统发育分析表明，该病毒与云南蝙蝠中分离到的严重急性呼吸综合征样冠状病毒RaTG13株最为接近，相似性为96.11%；相较其他基因，E基因间相似性最高（99.56%），而编码病毒表面刺突蛋白的S基因间相似性最低（92.87%）。与来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰的29株2019-nCoV基因组序列进行比对，相似性均大于99.9%，但在一些毒株中也发现了一些单位点核苷酸多态性。结论杭州首例感染2019-nCoV病例病毒基因组序列和来自国内外疫情早期病毒基因组高度近源。

简介：摘要目的探讨全基因组拷贝数变异(WGCNV)检测和评分系统在肺腺癌诊断和预后预测中的价值。方法应用显微微切割技术获取76例肺腺癌患者肿瘤组织标本91份和癌旁正常对照组织样本20份，通过全基因组扩增(WGA)富集DNA并构建测序文库，进行二代测序。评估肺腺癌手术和恶性胸水细胞学标本的肿瘤细胞核级别改变，在肿瘤核细胞大小、核分裂象计数、细胞核不典型性和不典型核分裂4个方面进行分级。评价WGCNV评分的预测预后的价值，根据受试者工作特征(ROC)曲线分析WGCNV评分在肺腺癌中的诊断价值。结果20例癌旁正常肺组织样品WGCNV改变作为正常对照，所有肿瘤标本WGCNV评分为0～9.95分，中位WGCNV评分为2.7分。核级别评分与WGCNV评分之间存在正相关(r＝0.780 90，P<0.000 1)。中评分组(1.74～4.23分)相对低评分组(<1.74分)的风险比为4.11(95% CI为0.72～23.57)，高评分组(>4.23分)相对低评分组的风险比为2.07(95% CI为0.30～14.12)，中、高评分组风险呈上升趋势。ROC曲线分析显示，当临界值为0.01时，诊断肺腺癌的灵敏度和特异度分别为97.8%和95.0%，阳性预测值(PPV)和阴性预测值(NPV)分别为99.0%和90.1%，ROC曲线下面积(AUC)为0.981，WGCNV评分具有较好的诊断肺腺癌的价值。当临界值为1.8时，鉴别浸润性腺癌与原位腺癌及微浸润性腺癌的灵敏度和特异度分别为78.1%和94.4%，PPV和NPV分别为98.0%和52.0%，AUC为0.896。结论WGCNV评分系统在肺腺癌标本中有一定的诊断和预测预后价值。

简介：摘要目的了解青岛地区流行的柯萨奇病毒A4型(CVA4)的全基因组特征。方法选取2013—2015年间青岛地区流行的4株CVA4病毒，通过一步法RT-PCR对毒株进行全基因组扩增，采用MEGA7.0软件进行序列比对及系统进化分析，采用similarity plots 3.5.1软件进行基因重组分析。结果进化分析显示：在全基因组、P1区、P2区及P3区系统进化树上：毒株HS312/QD/CHN/2013和HS605/QD/CHN/2014与国内早期分离株共处同一分支；毒株FY218/QD/CHN/2015与2013年江苏温州分离株CV-A4/P1033/2013/China一起在各基因进化树上形成一独立分支；毒株HS144/QD/CHN/2014在P1区进化树上与HS312/QD/CHN/2014、HS605/QD/CHN/2014及国内早期分离株共处同一分支，但在全基因组、P2区及P3区进化树上各形成单一分支。重组分析提示：毒株HS144/QD/CHN/2014与2013年大陆流行的CVA2型毒株CV-A2/P373/2013/China在2C区～3D区间(5 081～7 301)发生基因重组；毒株FY218/QD/CHN/2015与毒株CV-A4/P1033/2013/China同源，都与CVA2型分离株CV-A2/P373/2013/China在2A区～2B区间(3 821～4 161)发生基因重组。结论青岛地区流行的CVA4在全基因组层面有明显的遗传多样性。

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简介：摘要目的探讨脑脊液宏基因组学第二代测序在神经型布鲁菌病病原诊断试验中的应用价值。方法回顾性分析首都医科大学宣武医院2017年5月至2021年2月收治的临床诊断为神经型布鲁菌病的患者，将7例行脑脊液宏基因组学第二代测序检查的患者纳入本研究，分析其临床、脑脊液、血清学及病原学检查等结果。结果7例患者中男性5例，女性2例，年龄21~49［38（24，47）］岁，3例有牛羊接触史，发病至诊断时间2~30［12（5，18）］个月。神经系统临床表现有头痛（7例）、听力下降（3例）、肢体无力（4例）以及尿便障碍（4例）。血液相关检查结果：虎红试验阳性3/7例，血清凝集试验阳性4/6例，血培养阳性0/4例。脑脊液相关检查结果：虎红试验阳性1/5例，血清凝集试验阳性2/4例，脑脊液培养阳性2/5例，脑脊液宏基因组学第二代测序检出布鲁菌DNA序列5/7例。结论脑脊液宏基因组学第二代测序对神经型布鲁菌病的诊断较脑脊液布鲁菌血清学检测和脑脊液培养更为敏感，对临床疑似神经型布鲁菌或不能确定病原体的神经系统感染患者行脑脊液宏基因组学第二代测序检查有利于明确诊断。

简介：摘要胚胎染色体异常是导致妊娠失败的主要原因之一，行胚胎植入前遗传学检测（preimplantation genetic testing，PGT），选择整倍体胚胎移植，可显著提高胚胎种植率和持续妊娠率。但由于PGT技术对胚胎的侵入性和技术的复杂性，限制了其在临床的广泛应用，开发一种安全、快速、经济的胚胎基因组检测方法将是生殖领域的一大进步。近年来，随着游离基因组DNA在胚胎培养液和囊胚腔液中的发现，许多学者开始探讨胚胎游离DNA在PGT中的适用性，然而目前的研究结果缺乏一致性结论。本文总结了胚胎培养液和囊胚腔液中基因组DNA在PGT领域的研究进展，并讨论其当前的局限性以及应用前景。

简介：摘要目的分析血清学筛查异常胎儿基因组变异特征，探讨基因组拷贝数变异检测技术应用于血清学筛查异常胎儿产前诊断中的价值。方法选取单纯因唐氏血清学筛查异常，行羊膜腔穿刺进行产前诊断的单胎孕妇7617例为研究对象。依据血清学筛查结果分为高风险、临界风险、单项指标异常，采用CMA和CNV-Seq进行羊水细胞基因组拷贝数变异检测并结合羊水细胞核型分析进行产前诊断，采用门诊复诊结合电话问询进行妊娠结局随访。结果7617例羊水标本中，CMA和CNV-Seq共检测出非整倍体138例(1.81%)，羊水细胞核型分析额外检出9例非整倍体嵌合体，检出203例胎儿携带致病和可能致病CNV，437例胎儿携带意义不明拷贝数变异(5.7%)，总体异常检出率为10.33%。CMA和CNV-Seq在三组间检出非整倍体分别为123例(2.0%)、13例(1.3%)、2例(0.4%)，检出率存在明显差异(χ2＝7.469，P＝0.024)；致病和可能致病CNV在3组间分别检出163例(2.6%)、24例(2.6%)、16(3.3%)，检出率无明显差异(χ2＝0.764，P＝0.682)。CMA与CNVseq两种方法P/LP CNV检出率分别为2.9%(108/3729)、2.4%(95/3888)，差异无统计学意义(χ2＝1.504，P＝0.22)。检出率较高的致病和可能致病CNV分别为Xp22.31微缺失、16p13.11微缺失/微重复、22q11.21微缺失/微重复。妊娠结局随访，携带致病和可能致病CNV胎儿，59例终止妊娠，112例出生的胎儿中有32例出现异常临床表现；携带意义不明CNV胎儿，11例发生了非医学需要的终止妊娠，322例出生的胎儿中4例出现异常临床表现。结论拷贝数变异检测技术与核型分析相比可提高致病和可能致病CNV的检出率，针对唐氏血清学筛查异常群体，CMA或CNV-Seq可作为首选的产前诊断方法。

简介：摘要目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)在颅脑创伤(TBI)后中枢神经系统(CNS)感染中的诊断效能与应用价值。方法前瞻性纳入2018年8月至2020年1月上海交通大学医学院附属仁济医院神经外科高度怀疑存在CNS感染但缺乏病原学结果的TBI患者，采集其脑脊液标本，并行mNGS与微生物培养同步检测。以CNS感染临床诊断为"金标准"，分别计算两种检测方法的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、Youden指数；通过受试者工作特征(ROC)曲线计算曲线下面积，以评估mNGS的诊断效能。结果行mNGS与微生物培养同步检测的21例TBI患者中，共有11例符合CNS感染临床诊断标准，其中脑室膜炎8例，脑脓肿3例；11例患者中，mNGS阳性9例，微生物培养阳性3例。mNGS与微生物培养的灵敏度分别为81.8%、27.3%，特异度均为90.0%，阳性预测值分别为90.0%、75.0%，阴性预测值分别为81.8%、52.9%，Youden指数分别为0.718、0.173，ROC曲线下面积分别为0.859(95% CI：0.639～0.970)、0.586(95% CI：0.354～0.794)，且与AUC＝0.5的诊断参考线比较，mNGS与其的差异有统计学意义(Z＝4.553，P<0.001)，而微生物培养与其差异无统计学意义(Z＝1.000，P＝0.317)。结论对于TBI相关的CNS感染诊断，mNGS较微生物培养具有更好的诊断效能，显示了其应用价值，可作为微生物培养等常规诊断技术的必要补充。

简介：摘要目的探讨微阵列比较基因组杂交（array comparative genomic hybridization，aCGH）技术对于产前诊断意外检出Duchenne肌营养不良（Duchenne muscular dystrophy，DMD）基因重复/缺失的准确性。方法回顾性分析2018年7月至2019年12月在河南省人民医院5 025份无DMD家族史产前诊断样本中，经aCGH检出的31例DMD基因重复/缺失病例。同时使用多重连接探针扩增（multiplex ligation-dependent probe amplification，MLPA）技术对胎儿及孕妇进行验证，并参考美国医学遗传学与基因组学学会（American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG）指南对检出DMD基因重复/缺失进行致病性分析。采用描述性方法进行分析。结果31例（0.62%，31/5 025）DMD基因重复/缺失中，25例≤200 kb，6例>200 kb；缺失24例，重复7例；外显子重复/缺失19例，内含子重复/缺失12例。对31例变异按照ACMG五分类评分，致病性变异17例，致病不明/可能良性/良性变异14例。检出的19例外显子变异中，17例为DMD基因内部变异，2例涉及DMD基因内部及以外区域变异，经MLPA技术验证，均获得阳性结果。结论aCGH技术检出的DMD基因外显子区域重复/缺失真实可信，对DMD诊断具有重要提示作用。对于同时涉及DMD基因内部及以外区域变异的病例，aCGH能够明确DMD基因上下游断裂点区域，为ACMG分级提供依据。

简介：

简介：原发性高血压是一种由多种机制共同作用的多基因疾病。由肥胖导致的病理改变是与其相关的一个信号通路。我们主要研究高血压的一个亚型——肥胖相关的高血压，以寻找其致病基因。我们入选了55个有两个患病同胞或者更多患者的家系，他们均来自于地理位置偏远的加拿大法裔人群，其中15个家系的肥胖发病率较高（≥70％）。我们在所有的高血压家系和有高肥胖发病率的高血压家系中利用多位点连锁分析方法进行全基因组扫描（GeneHunter2．1；位点密度：10cm）。在所有55个家庭的扫描中，我们在1号染色体和11号染色体上分别发现了两个连锁值显著（LODscore=2．5）的位点D1S1597和D11S1999。我们对仅患有肥胖高血压的家系进行扫描，在1号染色体的同一区域内发现连锁值最显著（LODscore=3．1）的一个位点是D1S1597。然后我们又D1S1597周围的其他遗传标记进行基因分型，得到了一个连锁更加显著的位点D1S2672（LODscore=3．5）。与肥胖高血压相关的许多候选基因都位于这个区域，其中包括肿瘤坏死因子受体2（tumornecrosisfactorreceptor2）和心房利钠肽基因（atrialnatriureticpeptidegenes）。这些结果表明，研究临床定义明确的高血压亚型可能有助于寻找、鉴定复杂性疾病的致病基因，例如本研究中利用肥胖相关的高血压亚型。

简介：目的本研究应用甲基化芯片技术研究妊娠糖尿病网膜下脂肪与正常对照组的全基因组甲基化差异,提供妊娠期糖尿病网膜下脂肪全基因组范围内的甲基化差异数据背景,为寻找妊娠糖尿病网膜脂肪基因表达差异原因提供线索。方法收集3例通过OGTT实验确诊但未经过治疗的妊娠期糖尿病患者和同期3例年龄,孕次产次,孕前BMI与之无差异的健康对照者网膜下脂肪组织,提取总RNA后,采用IlluminaMethylationBeadChipchip芯片进行检测,并进行基因甲基化结果进行比较,寻找具有甲基化差异的基因。结果结果发现两研究组中网膜下脂肪的全基因组DNA甲基化存在差异。妊娠糖尿病组中总共有1298个基因发生了低甲基化,1570个基因发生了高甲基化。这些基因参与了细胞骨架构建,细胞凋亡调控,细胞核内信号转导,糖和脂代谢,炎症反应等。进一步数据分析发现,两组样本在miRNA启动区上位点甲基化变化水平不一致的基因有3个,包括：PSORS1C1,PCDHB13和DKFZp686A1627。在同一CpG岛区域位点甲基化变化水平不一致的基因有7个,在miRNA区域具有甲基化差异的基因有13个。结论正常对照组与GDM组中基因的甲基化位点和水平存在显著差异,这可能与该基因在组织中表达的蛋白水平在两组中的差异表达密切相关。是否甲基化的差异是导致相应基因表达水平差异的原因还需要深入的研究。未来需要进一步弄清DNA甲基化在网膜下脂肪中对基因表达目标蛋白的调控作用,为妊娠糖尿病的治疗和预防提供线索。

简介：摘要新生儿筛查是一项成功的公共卫生项目，通过早期诊断和疾病管理来预防疾病的发生，降低病死率。在精准医学时代，基因组测序技术能力的扩展推动着该技术在新生儿筛查的临床实践。但同时也应该意识到临床注释、伦理问题、成本效益等诸多挑战。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在免疫缺陷并发重症肺炎患儿中的应用，了解病原体分布，为临床经验性预防和治疗提供参考。方法收集2019年7月至2020年7月在我院PICU确诊为重症肺炎的免疫缺陷患儿的一般临床资料、传统检测方法报告及mNGS结果，评估两者与临床判断的一致性。结果23例患儿中，男15例，女8例，年龄1个月28 d～10岁，平均年龄(3.67±3.20)岁，共7例治愈，2例好转，14例死亡。均行mNGS检测，其中血标本21例，肺泡灌洗液标本2例。23例患儿中，单一感染者5例，混合感染15例。检测的病原中真菌15例(65.22%)，其中耶氏肺孢子菌12例，烟曲霉2例，白色念珠菌2例；病毒14例(60.87%)，其中巨细胞病毒10例(8例合并有耶氏肺孢子菌感染)，疱疹病毒3例，细环病毒2例(1例合并疱疹病毒感染)；细菌10例，其中不动杆菌3例，肺炎克雷伯杆菌1例，嗜麦芽窄食单胞菌1例，皮疽诺卡菌1例，葡萄球菌4例，地衣芽孢杆菌1例；支原体3例，且均为混合感染。mNGS的检验阳性率及与临床判断符合率均高于传统检验方法，差异有统计学意义(P<0.05)。共19例使用激素或免疫抑制剂，当发生重症肺炎时，使用时间1～6个月者达17例。结论免疫缺陷并发重症肺炎患儿多为混合感染，其常见病原菌为耶氏肺孢子菌及巨细胞病毒，使用mNGS可显著提高病原检出率，有效指导治疗。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在免疫缺陷并发重症肺炎患儿中的应用，了解病原体分布，为临床经验性预防和治疗提供参考。方法收集2019年7月至2020年7月在我院PICU确诊为重症肺炎的免疫缺陷患儿的一般临床资料、传统检测方法报告及mNGS结果，评估两者与临床判断的一致性。结果23例患儿中，男15例，女8例，年龄1个月28 d～10岁，平均年龄(3.67±3.20)岁，共7例治愈，2例好转，14例死亡。均行mNGS检测，其中血标本21例，肺泡灌洗液标本2例。23例患儿中，单一感染者5例，混合感染15例。检测的病原中真菌15例(65.22%)，其中耶氏肺孢子菌12例，烟曲霉2例，白色念珠菌2例；病毒14例(60.87%)，其中巨细胞病毒10例(8例合并有耶氏肺孢子菌感染)，疱疹病毒3例，细环病毒2例(1例合并疱疹病毒感染)；细菌10例，其中不动杆菌3例，肺炎克雷伯杆菌1例，嗜麦芽窄食单胞菌1例，皮疽诺卡菌1例，葡萄球菌4例，地衣芽孢杆菌1例；支原体3例，且均为混合感染。mNGS的检验阳性率及与临床判断符合率均高于传统检验方法，差异有统计学意义(P<0.05)。共19例使用激素或免疫抑制剂，当发生重症肺炎时，使用时间1～6个月者达17例。结论免疫缺陷并发重症肺炎患儿多为混合感染，其常见病原菌为耶氏肺孢子菌及巨细胞病毒，使用mNGS可显著提高病原检出率，有效指导治疗。

简介：摘要报告1例通过宏基因组高通量测序技术（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）诊断的新生儿单纯疱疹病毒（herpes simplex virus，HSV）Ⅱ型感染性脑炎。患儿主要表现为发热、抽搐，脑脊液白细胞增高、单核细胞为主、蛋白进行性增高，脑脊液HSV聚合酶链反应2次阴性，1次提示灰区，脑脊液细菌培养阴性，mNGS提示HSVⅡ型相对丰度94.27%。对于高度怀疑颅内感染的患儿，常规检测方法难以确定病原时，mNGS技术有助于明确病原体。

简介：摘要目的应用高通量测序和生物信息学分析技术，从一起经货轮输入的新冠肺炎(COVID-19)聚集性病例标本中直接测定新型冠状病毒(2019 novel coronavirus，2019-nCoV)全基因组序列，并从全基因组水平分析2019-nCoV的基因组变异特征，追溯病毒的潜在来源。方法采用2019-nCoV全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术，对来源于同一艘货轮的8例COVID-19确诊病例咽拭子标本进行病毒全基因组测序。应用在线分析平台，判断病毒型别，分析病毒突变位点。利用进化分析软件，构建系统发育树，结合病例流行病学资料，推测病毒的来源。结果成功测序获得8条长度为29 822~29 865 bp的2019-nCoV全基因组序列，平均测序深度为11 928×~33 588×，基因组覆盖度为99.73%~99.87%；Pangolin分型结果显示8个2019-nCoV基因组均属于VOC/Delta(B.1.617.2)进化分支；全基因组突变分析显示，与武汉参考株(NC_045512.2)相比，8个2019-nCoV基因组序列核苷酸突变的中位数为35个(31个~38个)，氨基酸突变的中位数为26个(24个~28个)，突变位点分布于8个编码区(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、M、ORF7a、ORF8、N)；进一步分析发现8个2019-nCoV基因组中含有23个属于2019-nCoV Delta(B.1.617.2·AY.2)变异株的特征性突变位点；但因8个2019-nCoV基因组间的突变位点并非完全重合，且流调报告显示货轮中途经停多个口岸且有人员更替，故推测该起聚集性COVID-19疫情可能有不同传播来源；进化分析显示，8个2019-nCoV序列共同处于B.1.617.2进化分支的AY.2子分支上，同Pangolin分型及突变分析结果一致。结论本研究从一起经货轮输入的COVID-19聚集性疫情病例标本中测序获得8个Delta变异株全基因组序列，本研究所构建的测序方法和分析结果可在COVID-19防控中为2019-nCoV的变异分析和病例溯源提供参考。