简介：摘要MET14外显子(METex14)跳跃突变的分子机制主要是METex14跳跃导致c-Cbl酪氨酸结合位点丢失，从而引起蛋白酶体介导的MET蛋白降解率降低，使MET信号持续激活，最终导致肿瘤发生。METex14跳跃突变在非小细胞肺癌中的发生率为3%～4%。作用于METex14跳跃突变的药物包括克唑替尼、卡马替尼、特泊替尼、沃利替尼等，且客观缓解率均较高，安全性良好。但是由于存在基因扩增、第二位点突变、旁路激活和病理类型转化等，经靶向药物治疗后出现药物耐药需引起注意。

简介：【摘要】：人表皮生长因子受体家族已经成为非小细胞肺癌重要治疗靶点，经典的致敏EGFR突变，如外显子19缺失和外显子21 L858R点突变，对酪氨酸激酶抑制剂(TKIs)反应良好。然而，在5-12% EGFR突变的NSCLC中观察到EGFR外显子20插入突变，并且对TKIs靶向治疗具有耐药性，且预后较差。这与EGFR ex20ins突变变体在分子水平上的异质性有关，发现该突变促进了活性激酶构象，但不增加对EGFR TKI的亲和力。因此，这一人群的预后下降。因此，对于EGFR突变的NSCLC患者，化疗仍然是最合适的策略。最近，新的治疗策略在这一领域被报道，包括在这篇文章中，我们对EGFR外显子20插入突变NSCLC的治疗进展进行了全面综述。

简介：目的：寻找并确定一个中国常染色体隐性遗传性聋小家系的遗传分子病因，探讨该突变在中国人群中的携带情况。方法采集一个常染色体隐性遗传性耳聋小家系（No.1953）样本4例、常染色体隐性遗传性聋患者样本50例、正常听力对照样本208例，临床资料完整；对No.1953家系先证者样本进行全外显子组测序及生物信息学分析，确定可疑致病突变后采用突变位点PCR扩增、Sanger测序在该家系内部、隐性耳聋样本及正常听力样本中进行验证。结果TMC1基因复合杂合突变c.589G＞A和c.1171C＞T是No.1953家系的致聋突变；本组隐性耳聋患者及正常人均未发现携带该变异。结论TMC1基因复合杂合突变c.589G＞A和c.1171C＞T为常染色体隐性遗传性耳聋家系No.1953的致聋突变，在中国人群中的携带率低，该突变的确定丰富了遗传性聋的突变谱。

简介：摘要目的评估全外显子测序(whole-exome sequencing，WES)及基于外显子数据的拷贝数变异(copy number variations，CNVs)分析对不明原因发育迟缓儿童的早期诊断价值。方法选取2019年9月至2021年2月于西安市儿童医院康复科就诊的全面发育迟缓(global developmental delay，GDD)患儿为研究对象。对符合纳入标准的102例患儿及父母进行WES检测及外显子数据的CNVs预测，结合患儿临床表型筛选候选变异。对候选变异利用Sanger测序/CNV-Seq完成验证和家系分离分析，最终根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG)指南完成致病性评估和遗传诊断。结果102例GDD患儿中检测出与疾病相关的致病性变异32例，阳性诊断率为31.3%(32/102)，其中单核苷酸变异的阳性诊断率为18.6%，基于外显子数据CNVs预测的阳性诊断率为12.7%。McNemar检验显示，两种检测方法的阳性诊断率存在统计学差异(P<0.001)。结论将基于外显子数据的CNVs检测纳入WES检测，可提高GDD的临床遗传学诊断率，对不明原因发育迟缓儿童的早期病因诊断具有重要价值。

简介：摘要目的对Axenfeld-Rieger综合征(ARS)一家系进行临床检查和基因检测，寻找致病突变。方法采用家系调查研究方法，纳入2018年于哈尔滨医科大学附属第二医院就诊的中国汉族ARS一家系，该家系3代共15人，其中患者3例。详细记录家族史，进行眼科及全身一般检查。采集受检者外周静脉血2~5 ml并提取淋巴细胞基因组DNA和RNA。对先证者DNA进行外显子测序，利用人群数据库及生物信息学分析筛选可疑突变，Sanger测序和实时荧光定量PCR进行验证，对可疑突变进行保守性和有害性预测，参照美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)遗传变异分类标准与指南对候选罕见变异进行致病性评估。结果3例患者均存在ARS典型的眼部、牙齿和肚脐发育异常，且均携带PITX2基因c.525delC(p.Asp175Glufs*)杂合突变，家系中其他人员无相应临床表型且未检测到该变异位点，符合家系共分离。3例患者PITX2 mRNA相对表达量为0.672±0.063，明显低于健康对照的1.015±0.179，差异有统计学意义(t＝8.847，P<0.001)。dbSNP、1000G、gnomeAD、ExAC、Korea1K、EVS数据库中均未收录该变异，MutationTaster评为有害，受影响的氨基酸序列在9种动物中保守存在。ACMG遗传变异分类标准和指南评价该变异位点为致病变异。结论PITX2基因c.525delC(p.Asp175Glufs*)变异为该家系患者的致病变异，首次在中国ARS家系中报道。

简介：目的：探讨结合酶切及片段分析技术建立稳定的高灵敏度EGFR19外显子缺失突变检测技术检测血浆EG-FR19外显子缺失突变的价值。方法设计针对野生型片段的限制性内切酶予以降低野生型DNA背景。通过野生型和突变型序列的分析，以野生型序列为酶切底物，选择工具内切酶Tru1Ⅰ，设计内外两个PCR反应引物，且内侧引物一端予以标记绿色荧光。采用PCR-酶切-PCR-片段分析步骤，优化各反应条件，得到稳定的技术。以野生型DNA稀释突变型DNA检测该方法的灵敏度。采用上述方法检测42例肺癌患者外周血浆中EGFR19外显子突变情况。结果采用野生型DNA稀释突变型DNA模拟检测本方法的灵敏度，能够检测出1∶1000（Mt∶Wt）突变型DNA。42例肺癌患者中5例血浆EGFR19外显子存在缺失，其中4例为15bp的缺失，1例为24bp的缺失。结论本研究建立了一种联合酶切与片段分析的高灵敏度血浆EGFR19外显子缺失突变检测技术，能够有效从外周血中检测出EGFR19外显子缺失突变。

简介：摘要目的在中国汉族小耳畸形核心家系中评估基因新生突变模式在散发小耳畸形中的作用，寻找可能的致病性新生突变。方法选取2017年3月至2018年7月就诊于中国医学科学院整形外科医院的24个中国单纯小耳畸形核心家系。其中小耳畸形患者24例，年龄6~10岁，男15例，女9例，均为单侧小耳畸形，包括左侧15例，右侧9例。获知情同意后，抽取患者及其未患病双亲的外周血，对24个单纯小耳畸形患者及其未患病双亲进行全外显子组测序，筛选位于基因编码区及经典剪接位点的新生突变，观察每例患者外显子区的新生突变数量。对筛选到的新生突变依美国医学遗传学与基因组学会变异分类标准进行分类，使用ExAc数据库、VarCards数据库、Human Splicing Finder 3.1在线软件分别对丧失功能突变、错义突变和同义突变进行变异特征判断，结合小鼠基因组信息数据库查询同源基因在小鼠鳃弓部位的表达情况、使用David6.8生物信息数据库对候选基因进行通路富集分析，使用在线人类孟德尔疾病遗传数据库查询候选基因与人类疾病之间的对应关系，从而对不同变异进行变异功能和基因功能2方面的致病性评估。结果24个小耳畸形家系中共检测到23个新生突变，每个患者检测到0~3个外显子区新生突变，与正常人相比未见明显增加。突变类型包括错义突变12个、同义突变8个以及无义突变、起始密码子突变、整码插入突变各1个。其中LRP12基因无义突变依指南分类为致病变异。使用多种生物信息学软件及数据库对所有新生突变进行分析，未见明显的致病性特征。结论小耳畸形患者中并没有发现明显的新生突变负担加重，尽管致病基因可能通过新生突变模式在小耳畸形中致病，但新生突变模式可能不是小耳畸形致病的主要遗传模式。

简介：目的检测我国汉族人群中MEF2A基因第11号外显子区的突变，分析MEF2A特异性突变的基因结构和遗传学意义。方法用PCR—SSCP和／或PCR产物直接测序法对536例冠状动脉粥样硬化性心脏病阳性病例、232例冠状动脉粥样硬化性心脏病阴性对照及232例健康体检者的MEF2A基因第11号外显子区进行突变检测，用质粒克隆测序法对各突变位点作进一步验证。结果在冠状动脉粥样硬化性心脏病阳性病例组发现一例MEF2A21碱基的特异性突变。另外还发现二种罕见的突变类型。结论MEF2A基因第11号外显子区存在多种罕见的突变类型，基因结构分析显示MEF2A基因21碱基特异性突变有多种形成模式。

简介：摘要目的探讨第21号外显子L858R缺失突变肺腺癌患者的临床特征。方法回顾性分析2015年1月至2018年12月新疆维吾尔自治区人民医院明确诊断为肺腺癌且基因检测阳性的112例患者资料，分为第21号外显子L858R缺失突变组（52例）和非第21号外显子L858R缺失突变组（60例），比较两组患者的临床特点、影像学特征、肿瘤标志物表达情况及吸烟史。结果第21号外显子L858R缺失突变组与非第21号外显子L858R缺失突变组的性别、年龄、民族比较，差异均无统计学意义（P值分别为0.488、0.238、0.191）；影像学特征（包括原发肿瘤部位、分叶征、毛刺征、胸膜凹陷征、空泡征）比较，差异均无统计学意义（均P>0.05）；肿瘤标志物（包括癌胚抗原、鳞状细胞癌抗原、神经元特异性烯醇化酶、细胞角蛋白19片段、胃泌素释放肽前体）表达情况比较，差异均无统计学意义（均P>0.05）。第21号外显子L858R缺失突变组有吸烟史20例（38.5%，20/52），非第21号外显子L858R缺失突变组有吸烟史4例（6.7%，4/60），两组差异有统计学意义（χ2=4.182，P=0.041）。结论第21号外显子L858R缺失突变肺腺癌患者的临床特点、影像学特征、肿瘤标志物表达情况与非第21号外显子L858R缺失突变者无明显差异，吸烟可能是发生第21号外显子L858R缺失突变的影响因素。

简介：摘要本文报道了2例肝豆状核变性患儿，ATP7B基因检测提示c.3443T>C/c.3766-3767dupCA （即16、20号外显子）杂合突变。查阅基因库发现我国ATP7B 16号外显子突变常见，但20号外显子突变报道尚少，故对上述2例患儿ATP7B 16、20号外显子突变进行报道并分析发生以肝脏损害为主的可能原因。

简介：摘要目的探讨已建立的二代测序技术进行人全外显子组测序项目对变异的检出性能。方法对4例实验室能力比对验证样本和4例已知结果样本进行全外显子组检测，分析点变异和插入缺失变异，从检测准确度、检测灵敏度、检测特异性、精密度和可报告范围等方面进行性能评估。数据质量控制以目标区域覆盖率、捕获特异性和平均深度为基础。结果数据输出量大于8G，实现了目标序列区域99.7%以上的覆盖率，捕获特异性86%以上，平均测序深度100×以上，Q30大于90%，对SNV的检出率达100%，50 bp以下Indel检出率达100%。结论本标准操作在验证范围内对变异的检出能力达到应用的要求。

简介：摘要表皮生长因子受体（EGFR）基因突变的非小细胞肺癌（NSCLC）代表了一类治疗上具有一定特殊性的肺癌，即具有EGFR敏感突变的晚期NSCLC患者一线治疗优先选用酪氨酸激酶抑制剂（TKIs）。然而，作为EGFR突变中第三常见的20号外显子插入突变（ex20ins），对肿瘤治疗的反应与敏感突变并不一致，对TKIs整体反应不理想。本文介绍了EGFR ex20ins NSCLC的临床特征和预后，并重点探讨了其对TKIs、化疗和免疫治疗等不同治疗方式的反应，以期能为临床医师的治疗决策提供参考。

简介：摘要目的通过全外显子组测序(WES)技术筛查原发性胆汁性胆管炎(PBC)家系共有的低频变异位点，以期发现与PBC相关的新易感基因。方法收集2000年1月至2017年12月于天津医科大学总医院诊断的3个PBC家系的7例PBC患者和2名健康对照者的临床资料，提取血液DNA样本并进行WES，应用SAMtools 1.3软件检测基因单核苷酸多态性(SNP)和得失位变异位点，并于已知数据库1000 Genome、ExAC、ESP6500和诺禾-中华基因数据库筛选低频变异位点。应用Pymol V2.3.2软件模拟主要组织相容性复合体-Ⅱ(MHC-Ⅱ)分子三维结构，观察家系间共有变异位点对应的氨基酸位置。结果7例PBC患者首诊年龄为(61.2±10.2)岁。血清检测结果示7例患者的ALP为(306.9±242.5) U/L，GGT为(121.7±85.9) U/L，ALT为(47.6±33.1) U/L，AST为(55.7±34.1) U/L，免疫球蛋白G为(14.9±3.1) g/L；抗核抗体核型均存在胞质颗粒型特征；抗线粒体抗体均为阳性。5例PBC患者出现腹腔内淋巴结肿大；2例患者合并肝外自身免疫病；2例患者肝脏活组织检查结果均提示界面性肝炎和小胆管病变。3个PBC家系间共有18个SNP位点，分别位于OTOA、OBSCN和人类白细胞抗原-DRB1(HLA-DRBI)基因。OTOA基因的rs200988634是3个家系共有的多态性位点；OBSCN基因的rs746424683、rs545316651、rs553144914、rs533059830和rs56087721分别导致9种氨基酸的改变；基因HLA-DRB1共有12个不同的SNP位点，分别导致12种氨基酸的改变，其中rs16822698、rs112796209和rs11554463核苷酸突变分别导致MHC-Ⅱ分子β链的G154A、Y152C和Y107X氨基酸改变，Y107X氨基酸位于MHC-Ⅱ分子与抗原肽结合凹槽区域。结论对PBC家系进行WES是阐明恶性变异候选基因OBSCN和OTOA较好的策略。HLA-DRB1为PBC的易感基因，可能通过改变氨基酸序列影响MHC-Ⅱ分子介导的抗原提呈过程。

简介：摘要目的利用全外显子测序技术研究先天性巨指(趾)症的突变基因和位点。方法将2018年6月至2020年5月在我院手术的12例先天性巨指(趾)症患者分为单纯巨指、单纯巨趾、巨指并指、巨趾并趾4组，对患者的病变组织和外周血进行全外显子检测，将4组检测到的突变基因进行交集，对交集结果进行Phenolyzer分析，筛选巨指(趾)症的致病基因，并对外显子测序结果进一步行Sanger测序验证，明确先天性巨指(趾)症的突变基因和位点，对突变基因所编码的蛋白信号通路进行单克隆抗体免疫组化分析，以多指患儿脂肪细胞作为对照组进行比较，观察目标蛋白表达情况。结果根据全外显子测序综合生物信息分析及Sanger验证结果，筛选出PIK3CA基因突变为巨指(趾)症的致病基因，突变位点为10号外显子c.G1624A(p.E542K)、c.G1633A(p.E545K)；21号外显子c.A3140G(p.H1047R)、c.G3145C(p.G1049R)，其中c.G3145C(p.G1049R)位点是首次发现，病变组织的AKT单克隆抗体免疫组化分析显示巨指的AKT蛋白表达较多指明显增强。结论PIK3CA基因突变所导致的PI3k-AKT信号通路过度表达是导致先天性巨指(趾)症的原因。

简介：摘要目的探究与扩张型心肌病(DCM)发生相关的突变基因位点。方法2019年12月至2021年6月，通过"儿童DCM易感基因研究项目"招募DCM患儿6例和健康儿童3例进行前瞻性研究。6例患儿，年龄4个月~14岁，其中女5例，男1例；3例健康儿童，年龄3~13岁，其中女2例，男1例。对研究对象进行全外显子测序，应用生物信息学方法筛选致病基因，同时采集对应患儿一级亲属静脉血，对基因突变所在区域进行一代测序。结果共筛选出4个可能与DCM相关的突变基因位点，患儿1发现亲联蛋白2(JPH2)基因c.2011-3C>G突变，受检者为纯合突变(GG)，受检者父母为杂合突变(CG)。患儿1同时发现肌联蛋白(TTN)基因c.G49415A突变，受检者为纯合突变(AA)，受检者父母为杂合突变(GA)。患儿4发现TTN基因c.G23033A突变，受检者及受检者父亲为杂合突变(GA)，其母为野生型(GG)。患儿5发现TTN基因c.16975_16978del突变，受检者及受检者父亲为杂合突变(TCTTC/T)，其母为野生型(TCTTC/TCTTC)。结论本研究共发现4个与DCM发病相关的致病基因位点，丰富了DCM疾病基因谱，为精准医疗的实施提供了靶点。

简介：摘要随着高通量测序技术临床应用的快速发展，外显子组测序已从儿科逐渐扩展至产前诊断领域。针对检测前、后咨询、变异解读和报告等方面的临床标准对于产前外显子组测序的合理应用意义重大。规范的检测前、后咨询、样本处理和生物信息学分析过程的质量控制，以及适当的报告范围等都是产前外显子组测序临床应用所面临的关键问题。鉴于此，一个由胎儿医学以及多个相关专业的技术人员组成的委员会提出了将外显子组测序用于产前诊断的规范化建议，就产前外显子组测序的遗传咨询和报告标准提出了明确的意见，以期在产前环境中合理应用外显子组测序技术。

简介：

简介：摘要目的分析肺腺癌表皮生长因子（EGFR）基因外显子19及21突变患者的临床、病理及CT特征。方法回顾性分析2012年12月至2020年12月重庆医科大学附属第一医院肺腺癌患者683例的临床、病理及影像资料。其中男性351例，女性332例，年龄25~89（62±11）岁。根据基因突变状态分为EGFR基因常见位点突变（外显子19、21突变）382例（突变组），包括外显子19突变者165例（外显子19突变亚组），外显子21突变者217例（外显子21突变亚组），及EGFR基因无突变301例（无突变组）。突变组与无突变组、外显子19突变亚组与外显子21突变亚组各特征的比较采用独立样本t检验和χ2检验。将单因素分析差异有统计学意义的指标纳入二元logistic回归分析筛选出独立预测因子并构建模型。以受试者操作特征曲线及曲线下面积（AUC）评估模型或指标的预测效能。结果突变组与无突变组肺腺癌患者的性别分布、吸烟史、实体生长方式为主占比、周围型分布、肿瘤最大径（3 cm为截点）分布、毛刺征、磨玻璃密度影、充气支气管征、血管集束征、胸膜凹陷征及肺内转移灶数目（10个为截点）、胸腔积液、坏死、胸内淋巴结转移差异有统计学意义（P<0.05）。logistic回归分析示女性（OR=5.230，95%CI 3.534~7.740，P<0.001）、无吸烟史（OR=2.970，95%CI 1.986~4.443，P<0.001）、磨玻璃密度影（OR=3.092，95%CI 1.746~5.477，P<0.001）、无坏死（OR=1.754，95%CI 1.047~2.939，P=0.033）、血管集束征（OR=3.129，95%CI 1.971~4.969，P<0.001）、胸膜凹陷征（OR=2.434，95%CI 1.680~3.526，P<0.001）及肺内转移灶≥10个（OR=2.242，95%CI 1.284~3.915，P=0.005）为肺腺癌EGFR基因外显子21及19突变的独立预测因素，以其构建的logistic模型预测肺腺癌EGFR基因外显子21及19突变的AUC为0.804。EGFR基因外显子19突变亚组与外显子21突变亚组的性别分布、腺泡状为主生长方式占比、周围型分布、血管集束征及胸膜凹陷征差异有统计学意义（P<0.05）。logistic回归分析示血管集束征（OR=1.833，95%CI 1.187~2.831，P=0.006）是预测肺腺癌EGFR基因外显子21突变的独立危险因素，其鉴别腺癌EGFR基因外显子21突变与外显子19突变的AUC为0.604。结论肺腺癌EGFR常见位点突变与无突变、EGFR基因外显子19与外显子21突变患者的临床、病理及CT特征均存在一定差异，熟悉和掌握这些差异，有助于基因突变状态未知型肺腺癌患者的个体化治疗。

简介：摘要目的比较不同平台3个全外显子组探针的性能，为以后建立标准流程提供数据支撑。方法提取人EDTA全血或FFPE组织gDNA，通过酶切方法将gDNA片段化，并为每一个样本的片段化后的DNA加上特异序列的接头，利用IDT、Human Exome和MedExomed三种不同的液相探针的方法将目标基因捕获出来，用Illumina的NextSeq 500二代测序仪进行测序；分析测序数据，比较不同捕获探针的靶向覆盖率、捕获特异性、变异检出能力等。结果本研究所选入组的3种探针，IDT和MedExome展示了对CCDS和Refseq数据库很好的覆盖率(均>95%)；都表现了对靶区域很高的覆盖率(均>99%)；IDT探针对血样gDNA捕获特异性(76.96%±0.75%，n=6)，明显高于Human Exome (67.63%±1.62%，n=6) (P<0.001)；IDT对FFPE标准品捕获特异性为84.48%±0.64%(n=3)，明显高于MedExome的71.07%±0.91%(n=3)(P<0.01)。变异输出数量上，Human Exome最高。结论IDT探针的捕获特异性明显高于其它2种，而在变异输出数量上，Human Exome探针最高。

简介：目的：分析正常妊娠妇女人类白细胞抗原-G（humanleucocyteantingen-G．HLA-G）基因外显子8中14bp插入或缺失多态性分布频率，探讨14bp多态性与HLA-G异构体信使核糖核酸（messengerRNA，mRNA）表达的关系。方法：从144例正常妊娠妇女蜕膜组织中提取基因组DNA及总RNA。PCR扩增产物经SDS—PAGE后．分析外显子8中14bp多态性的分布频率；RT-PCR分析14bp＋／＋、14bp-／-基因型与HLA-G异构体mRNA表达的关系。结果：144例正常妊娠妇女中14bp基因型分布频率．分别为14bp-／-（占12．5％）．14bp＋／-（占56．3％），14bp＋／＋（占31.2％）。其中基因型为14bp＋／＋，14bp-／-多态性影响HLA-G异构体mRNA的表达。结果显示，基因型14bp＋／＋能稳定HLA-G3异构体mRNA的表达，但对HI-A-G1无影响。结论：HLA-G基因外显子8中14bp多态性能影响HLA-GmRNA的表达。