简介:目的分析癌胚抗原(carcinoembryonicantigen,CEA)的B细胞表位,为肿瘤治疗提供理论基础。方法以CEA的完整氨基酸序列为研究基础,采用Hopp&Woods的亲水性方案,Emini表面可及性方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅以CEA的二级结构及其柔性区域分析,预测CEA的B细胞表位。结果预测的B细胞表位可能位于CEA的N端第150~160、168~172、207~211、332~338、372~377、467~472、485~490、507~516、580~584区段。结论应用多参数预测CEA的B细胞表位,可进一步用于CEA相关肿瘤治疗性表位疫苗的分子设计和研究。
简介:比较不同MHC-Ⅱ类抗原表位预测软件的优缺点,为后续应用提供依据。在众多HLA-Ⅱ类抗原表位中,选取HLA-DR的6个表位(DRB1*0101,0301,0401,0701,1101和1501)为代表,选取MHCBN数据库中的309条已知抗原表位的肽链为待测肽链。使用近年来常用的7个表位预测软件,根据不同软件的临界值确定入选结果数据,比较各软件所得结果与已有的实验结果之间的差距以确定其优劣。综合7个软件预测结果进行评价,得出NetMHCⅡ和NetMHCⅡpan所得结果准确率最高。可以用NetMHCⅡpan及NetMHCⅡ进行MHC-Ⅱ类分子抗原表位预测。不同软件HLA的各个亚型的预测所得指标不一致,提示综合运用不同软件对多肽表位进行预测十分必要。
简介:摘要目的预测2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)刺突蛋白的抗原表位,分析刺突蛋白的变异规律。方法从基因库(GenBank)和全球共享禽流感数据倡议组织数据库下载2019-nCoV的基因序列(截至2020年3月4日)。应用ClustalW、MEGA 7.0、免疫表位数据库等生物信息学软件,预测刺突蛋白潜在的B淋巴细胞和T淋巴细胞表位,分析比较刺突蛋白的变异在表位区与非表位区的特点。统计学分析采用χ2检验。结果刺突蛋白有130个潜在表位,包括25个线性B淋巴细胞表位、18个非线性B淋巴细胞表位、71个人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)Ⅰ类限制性T淋巴细胞表位和16个HLA Ⅱ类限制性T淋巴细胞表位。S404-426肽段有较高的抗原性,且在中国的人群覆盖率达73.4%。与1月31日之前的2019-nCoV刺突蛋白相比,其在1月31日之后的变异频率在非表位区(15.4%比21.7%)和表位区(6.2%比8.7%)都有所增加,但差异均无统计学意义(均P>0.05)。结论2019-nCoV刺突蛋白有多个抗原表位,为2019-nCoV疫苗的研究提供了参考依据。刺突蛋白的变异有增加趋势,需进一步关注和研究。
简介:目的:预测柯萨奇病毒A组10型(CVA10)的VP1蛋白的线性B细胞抗原表位,为CVA10疫苗研制提供理论基础。方法:分析我国近年流行的CVA10分离株的VP1序列进化特征;选择代表株以DNAStar软件预测其VP1蛋白序列的二级结构、亲水性、柔韧性、表面可能性和抗原指数等指标,根据这些指标综合分析预测VP1蛋白中可能的B细胞表位区域。结果:相对于CVA10原型株,我国CVA10分离株的VP1序列已发生了较大的变化;CVA10代表株的VP1中存在较多的β转角,而无规则卷曲结构较少;根据VP1序列的理化性质和二级结构等多种特征,预测到9个可能的线性B细胞表位。结论:成功预测到我国CVA10分离株VP1可能的B细胞表位区域,为CVA10表位疫苗的研发提供了理论基础。
简介:目的预测鳞状细胞癌抗原(squamouscellcarcinomaantigen,SCCAg)的B细胞抗原表位及HLAI类限制性细胞毒性T细胞表位。方法获得SCCAg的三维结构后,采用生物信息学方法预测SCCAg蛋白存在的B细胞表位;而后,采用NetCTL、ProtParam等软件方法预测SCCAg中可能存在的HLAI类限制性CTL表位。结果SCCAg蛋白中包含10个线性B细胞表位和5个构象B细胞表位;结合与HLAI类分子结合力、蛋白酶体切割效率和TAP转运效率,经NetCTL预测发现,针对不同的HLAI类分子,肿瘤抗原SCCAg蛋白中存在多个HLAI类分子的限制性CTL表位。结论综合运用多种方法预测了肿瘤抗原SCCAg蛋白中存在的B细胞抗原表位和HLAI限制性的CTL表位,为下一步针对SCCAg蛋白开展靶向免疫治疗提供了基础。
简介:摘要:近年来,我国社会发展迅速,各个行业都在不断进步。随着供电企业智能电能表的大规模安装,以及基于IR46标准的新型电能表的规模化推广应用,表计检定和供应量不断增加。目前,国家电网公司各省级计量中心为提高检定效率和规范性,大范围引入智能检定与仓储设备。同时,为实现电能表的及时分拣、充分利用、规范处置,供电企业均已开展电能表拆回分拣检测。其中,具备条件的企业已开展智能分拣与仓储系统的自动化分拣检测。当前,电能表检测仅以基本的合格和不合格作为判定标准,对分拣合格的电能表缺乏进一步评判。因此,实施电能表计量性能评价及预测,对拆回分拣合格的电能表重新投运及在线监控具有重要意义。
简介:HCV的研究主要集中在以下几个方面:①HCV基因及其产物结构与功能的分析;②HCV的复制机制;③HCV保护性抗原的鉴定及疫苗的研制;④抗HCV药物筛选;上述4个方面的研究都需要HCV动物模型和体外细胞模型。筛选出与原始抗原序列完全相同的线性表位(Linerepitope),又可以筛选出与原始抗原序列不同但功能相似的构像表位(conformationalepitope),即模拟表位。这些研究及技术为选取中国HCV流行株T细胞模拟表位和构建细胞模型奠定了基础。理想的细胞模型应具备以下基本条件:①稳定性,即细胞在培养条件下能够稳定地复制和表达;②易于重复;③高水平表达基因产物;④检测方法方便敏感。有研究利用人外周血淋巴细胞建立了HCV感染HCV病毒细胞模型。所以采用人丙型肝炎病毒T细胞模拟表位片段融合基因转染外周血淋巴细胞具有充分依据。