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  • 简介:目的核酸序列依赖扩增(nucleicacidsequence-basedamplification,NASBA)、Real-timePCR及GM试验在侵袭性曲霉菌感染中诊断价值。方法收集2013年11月~2014年6月临床上曲霉菌感染高危病患血液标本80例,并根据EORTC/MSG诊断标准分为确诊组8例,拟诊组26例,感染组46例,分别利用NASBA、real-timePCR及GM试验进行检测,计算3种方法诊断指标并分析评价。结果NASBA、real-timePCR及GM试验3种方法灵敏度分别为76.47%、67.65%、52.94%,特异度分别为80.43%、89.13%、80.43%。联合诊断结果显示,NASBA与real-timePCR串联方案有最好特异度(100%)及阳性预测值(100%);NASBA与real-timePCR并联方案则最为灵敏(94.12%)。结论NASBA用于诊断IA最为敏感,而real-timePCR则最为特异,GM试验表现差于前两者。联合应用诊断策略,在特定情况下提高临床早期诊断IA准确性。

  • 标签: 侵袭性曲霉菌感染 核酸序列依赖性扩增 实时PCR GM试验
  • 简介:利用SSR标记分析陆地棉野生种系遗传多样性,对材料间相似系数变异系数进行显著性测验和矩阵相关性测验,探讨引物和多态性位点数对研究结果准确性影响。90对多态性引物在42份供试材料间共检测出530个等位位点,其中多态性位点440个,占83.01%。多态信息含量范围为0.046~0.888,平均为0.649;Shannon多样性指数在0.113~2.289之间变动,平均为1.248。显著性测验显示,当引物按PIC值降序排列时,利用25对引物或者150个多态性位点即可获得较准确结果;升序排列时,至少需要50对引物或200个多态性位点才能获得较准确结果。矩阵相关性测验显示,降序时20对、升序时50对引物或者达到150个多态性位点聚类即可达到90对引物精度。此外,在引物量较少时,扩增位点数较多引物所提供信息量更大,随着引物增加,这种差距趋于不明显;等位位点总数较少时,引物数量更重要,随着位点数增加,引物信息含量重要性已高于引物数起主导作用。综上,若要客观反映出42份陆地棉野生种系遗传关系,有必要选用多态性引物30对,扩增多态性位点150个以上,增加引物到50对以上为佳。

  • 标签: 陆地棉 野生种系 SSR 引物 多态性位点 聚类
  • 简介:采用25对SSR分子标记,对广西境内采集1610份药用野生稻材料进行遗传多样性和聚类分析,其中检测到等位变异181个,有效等位基因数Ae范围为1.0094(RM240)~2.2674(RM488),平均值为1.3568;期望杂合度He范围为0.0093(RM240)~0.5591(RM448),平均值为0.2112;Shannon多样性指数I在0.0393~0.9296之间变动,平均值为0.3624。数据表明,广西药用野生稻遗传多样性较为丰富,12个药用野生稻地理居群按遗传多样性指数大小排序为:梧州-3〉南宁-1〉梧州-2〉梧州-1〉南宁-2〉玉林-2〉贵港-2〉梧州-4〉玉林-3〉玉林-1〉贺州〉贵港-1,其中指数高居群均分布于梧州市和南宁市两地,因此确定了这两地为广西药用野生稻遗传多样性中心。通过不同数量SSR引物对药用野生稻材料间相似系数矩阵进行相关性测验,结果显示当引物按照PIC值降序排列时,10对引物即达到较好聚类效果,升序排列时,21对引物即达到较好聚类效果。研究表明,在进行药用野生稻大居群聚类分析时,SSR引物适宜数量应多于21对,最低不得少于10对。

  • 标签: 药用野生稻 遗传多样性中心 聚类分析 SSR引物数量
  • 简介:根据转录组测序获得依赖蛋白激酶基因EST序列设计特异引物,利用RT-PCR和RACE技术从油菜中克隆获得BnCDPK1基因全长序列,NCBI登录号为KF740477,其cDNA和gDNA全长分别为2115bp和2857bp,含有11个内含子和12个外显子。生物信息学分析表明其开放阅读框为1581bp,编码527个氨基酸,具有CDPKs家族典型特征,含有1个激酶区域和4个钙离子手型结构域,与拟南芥AtCDPK28同源性最高,属于第Ⅳ亚家族。BnCDPK1在油菜根、茎、叶、花、种子中均有表达,但表达丰度存在差异,叶片中表达量最高,其次为茎、根和种子,花中表达量最低;在高抗和高感油菜品种中,菌核菌胁迫均能够诱导BnCDPK1上调表达,但是高抗品种比高感品种反应更迅速,表达量更高。接种前、接种后12h、接种后24h,高抗品种表达量相比高感品种分别提高1.4倍、4倍和3倍,推测其可能参与油菜生长发育以及油菜对菌核菌侵染应答和防御反应。

  • 标签: 油菜 钙依赖蛋白激酶 基因克隆 基因表达 抗病
  • 简介:采用PCR法扩增来自国内5个不同产地裂叶荆芥ITS全序列,测序后以产自河北裂叶荆芥代表中国裂叶荆芥与来自不同国家裂叶荆芥ITS序列进行比较,构建分子系统发育树,探讨国内5个不同产地及不同国家裂叶荆芥亲缘关系和系统进化。结果表明:国内5个不同产地裂叶荆芥ITS1和ITS2序列均有较高G/C含量;5个产地裂叶荆芥扩增序列长度均为749bp,且序列完全相同;其中ITS1序列长231bp,5.8S序列长168bp,ITS2序列长236bp。中国裂叶荆芥与日本、韩国裂叶荆芥ITS序列一致性为100%,与美国裂叶荆芥ITS序列一致性为99.0%。与美国裂叶荆芥相比,中国裂叶荆芥ITS序列有7个碱基发生变异。来自不同国家裂叶荆芥形成单系群和2个分支(中、日、韩3国为1个分支,美国单独形成1个分支)。ITS序列一致性表明国内5个不同产地裂叶荆芥为同一个种。

  • 标签: 裂叶荆芥 产地 ITS PCR 测序 系统发育分析
  • 简介:荞麦13S球蛋白是荞麦种子中一类主要贮藏蛋白。本研究选用荞麦属植物甜荞栽培种及其野生类型、苦荞栽培种及其野生类型、毛野荞、左贡野荞、细柄野荞和硬枝万年荞6个种共44份材料,进行PCR特异性扩增、测序得到荞麦13S球蛋白基因保守片段序列。对序列进行差异分析,结果发现44份供试材料13S球蛋白基因片段285个排列位点中不变位点为24个,多态性位点S为261个(含简约信息位点数198个和型可变位点63个),序列总突变位点Eta为503个。野生甜荞种内13S球蛋白基因序列差异明显高于栽培甜荞,但野生苦荞种内13S球蛋白基因序列差异仅稍高于栽培苦荞。推测其一方面可能与繁殖方式有关,另一方面可能与荞麦驯化过程中通常只有少数野生型群体被驯化有关。系统聚类分析发现栽培甜荞与野甜荞亲缘关系近,与左贡野荞亲缘关系次之;栽培苦荞与野苦荞亲缘关系近,与毛野荞亲缘关系次之;细柄野荞和硬枝万年荞13S蛋白基因片段序列差异较小,说明其亲缘关系较近。上述结果为荞麦属种间遗传多样性与进化关系研究提供了理论依据。

  • 标签: 荞麦 13S球蛋白基因 序列分析 系统关系
  • 简介:糖皮质激素(以下简称激素)依赖性皮炎是由于长期滥用或误用激素外用制剂引起皮肤慢性炎症,以面部较为常见^[1]。临床上时而遇到激素依赖皮炎并发真菌感染情况,为了解引发激素依赖皮炎合并真菌感染危险因素及致病菌情况,现将本科近年诊治236例激素依赖性皮炎及真菌学检查结果分析如下。

  • 标签: 激素依赖性皮炎 真菌感染 LOGISTIC回归分析
  • 简介:大百合是百合科大百合属一种重要野生植物资源,本文采用基因测序法,利用叶绿体DNArpl16序列对10个大百合居群进行了遗传多样性和遗传结构分析,旨在为其资源保护和开发利用提供理论基础。结果显示:rpl16序列矩阵长度为699bp,共检测到14个变异位点和12个倍型,倍型多态性(Hd)为0.604;总遗传多样性(HT)为0.660。该居群间遗传变异(71.53%)大于居群内遗传变异(28.47%),说明居群间变异是其居群主要变异来源;居群间遗传分化很高(Gst-=0.677,Nst-=0.614,Fst=0.71531),基因流较低(Nm=0.0995)。失配分析结果表明种群在进化过程中曾经历过快速扩张,中性检验支持上述结果:Tajima'sD=-1.74368(P>0.05);FuandLi'sD=-2.69366(P<0.05);FuandLi'sF=-2.79896(P<0.05)。研究结果表明:大百合居群遗传多样性较高,居群间存在较高遗传分化,主要与其生活史特征相关。基于得到居群遗传信息,建议采取就地保护为主保护策略。

  • 标签: 大百合 rpl16 遗传多样性 遗传结构
  • 简介:许多哺乳动物免疫功能与哺乳动物免疫系统中天然免疫很相似,而且一些在哺乳动物模型中表达真菌毒力因子对哺乳动物致病也具有相似性。在医学与药学实验中,哺乳动物具有结构简单、价格低廉以及不受伦理学制约等优势。因此,哺乳动物可以作为研究宿主对真菌天然免疫反应以及筛选抗真菌药物简单而实用实验模型。此外,这些宿主所具有的清晰遗传学特征和保守天然免疫系统为在分子上水平研究提供了便利。

  • 标签: 非哺乳动物 模型 真菌病
  • 简介:甲营养不良是指各种原因造成指甲形态及结构异常[1]。临床上部分甲营养不良是由于甲真菌感染所致,但大部分导致甲营养不良损害病因复杂,可以为先天性,也可能为获得性,多与系统性疾病、其他皮肤病或某些药物摄入有关。与此同时,很多甲营养不良损害患者无自觉症状,仅因为美学问题而就诊。甲营养不良病因复杂,表现多样,诊断困难,治疗效果常常不佳。

  • 标签: 甲营养不良 真菌 非真菌性
  • 简介:目的通过回顾性分析艾滋病患者感染马内菲蓝状菌病临床特点提高对HIV患者马内菲蓝状菌病认识。方法分析并总结9例马内菲蓝状菌感染患者临床表现及实验室检查各项指标。结果6例无基础疾病,3例有基础疾病,6例患者接受免疫抑制剂治疗。5例患者有骨损坏,2例有皮疹,淋巴结肿大7例,贫血7例,脾增大7例,肝大5例,体重下降5例,6例患者接受抗结核或结核治疗。最后有6例患者治愈或好转,3例死亡。结论激素或免疫抑制剂使用是非艾滋病患者感染马内菲蓝状菌主要原因。艾滋病患者感染马内菲蓝状菌无特异性临床表现,易误诊,早期诊断困难,尤其需与结核病等疾病相鉴别。抗真菌治疗与患者预后有密切相关性。

  • 标签: 马内菲青霉菌 非艾滋病患者 播散真菌感染 马尔尼菲蓝状菌
  • 简介:目的对北京地区HIV和HIV人群抗耶氏肺孢子菌(Pneumocystisjirovecii,Pj)主要表面糖蛋白(Majorsur-faceglycoprotein,Msg)IgG、IgM抗体滴度水平进行调查,探索其在流行病学调查中价值.方法利用重组Msg融合蛋白作为抗原建立酶联免疫吸附试验(Enzyme-linkedimmunosorbentassay,ELISA),用阴性标准血清等比例稀释样本血清建立相对定量抗体检测方法,对176例HIV感染者和226例HIV人群血清样本进行抗PjMsgIgG和IgM抗体定量水平调查,所有入选患者临床均不诊断肺孢子菌肺炎(Pneumocystispneumonia,PCP).结果抗PjMsgIgG抗体在HIV人群中阳性率为42.5%(113/266),113例阳性标本中1∶100、1∶200、1∶400和1∶800滴度分别为77例(68.1%)、15例(13.3%)、6例(5.3%)和15例(13.3%);抗PjMsgIgG抗体在HIV感染者中阳性率为24.4%(43/176),43例阳性标本中1∶100、1∶200、1∶400和1∶800滴度分别为28例(65.1%)、10例(23.3%)、3例(7.0%)和2例(4.7%),与HIV组相比差异无统计学意义(χ2=4.254,P=0.235).抗PjMsgIgM抗体在HIV人群中阳性率为41.7%(111/266),111例阳性标本中1∶100、1∶200、1∶400和1∶800滴度分别为57例(51.4%)、21例(18.9%)、19例(7.1%)和14例(12.6%);抗PjMsgIgM抗体在HIV感染者中阳性率为12.5%(22/176),22例阳性标本中1∶100、1∶200、1∶400和1∶800滴度分别为10例(45.5%)、2例(9.1%)、4例(18.2%)和6例(27.3%),与HIV组相比差异无统计学意义(χ2=3.788,P=0.285).结论PCP人群中抗PjMsgIgG抗体定量水�

  • 标签: 耶氏肺孢子菌 主要表面糖蛋白 抗体 定量
  • 简介:肺部真菌感染治疗以抗真菌药物治疗为主,在选择性病例可辅以手术治疗,而治疗基础病和调整免疫机能同样十分重要?

  • 标签: 真菌感染 肺部 治疗
  • 简介:以山东省41份小麦种质资源为材料,使用46对引物,通过SSR技术对其进行了DNA指纹数据库构建。结果显示,所采用46对引物在本试验材料中共检测到69个等位基因,有较好的多态性。利用NTSYS进行UPGMA聚类分析后,发现这41种材料在遗传相似系数0.68为阀值处可以分为3个类群。试验证明该方法能够分辨各个种质间亲缘关系,能够较好满足小麦DNA指纹数据库构建要求,对山东省小麦遗传资源收集、保存、分类、评价、核心种质建立等研究工作提供理论依据。

  • 标签: 小麦 SSR DNA指纹数据库
  • 简介:萝卜是我国主要蔬菜之一,其杂种优势十分明显,培育自交不亲和系是萝卜杂种优势育种主要途径之一。本研究根据萝卜自交不亲和基因SLG6序列设计特异引物,以8个自交系为材料,其中自交不亲和系和自交亲和系各4个,扩增SLG6基因第232~711bp之间拷贝片段,8个材料均获得了一条480bp特异片段。用限制性内切酶TaqⅠ对该片段进行酶切,自交不亲和系均产生约125bp和244bp片段,其中,244bp片段为自交不亲和系所特有,可作为SLG6基因CAPS标记用于萝卜自交不亲和基因SLG6检测;而自交亲和系则具有与自交不亲和系相同125bp片段和不同多态性片段。

  • 标签: 萝卜 自交不亲和性 SLG6基因 CAPS标记
  • 简介:目的从新生隐球菌基因组中扩增出STE12α基因,并构建相应表达载体,以进一步研究STE12α基因对隐球菌生长特性及致病性影响。方法采用PCR方法以及基因重组方法扩增并克隆新生隐球菌基因组中STE12α基因,建立具有表达野生型STE12α基因表达载体。结果从新生隐球菌基因组获得STE12α全基因,建立重组子pUCm—STE12α/NovaBlue以及重组表达载体质粒pGAPZ—STE12α,实现了STE12α基因转化并获得表达。结论成功地克隆了新生隐球菌STE12α基因并构建了可表达野生型STE12α基因表达载体,为进一步研究STE12α基因功能打下了良好基础。

  • 标签: 新生隐球菌 STE12α基因 克隆 表达 质粒
  • 简介:实时荧光定量PCR是目前基因表达量差异分析首选方法之一。虽然其操作简单,但如何保证其定量结果可信度一直是个难题,特别是针对只有20多个碱基miRNA定量分析。本研究以水稻miR408在不同组织中表达差异为实例,系统地优化和阐述了有关荧光定量新标准及要求。结果表明,引物浓度对于荧光定量PCR体系优化至关重要。

  • 标签: 基因表达量分析 MIQE标准 MIRNA 荧光定量PCR
  • 简介:荧光定量PCR(qRT-PCR)是研究分子生物学中基因表达一种新型核酸定量技术,具备快速高效、特异性强、重复性好、灵敏度高和自动化程度高等优点,因而根据相应实验材料选择适宜内参基因对于提高qRT-PCR分析准确性显得尤为重要。Actin基因表达范围广且表达稳定,常常作为内参基因应用于qRT-PCR表达分析中。前期利用转录组测序(RNA-seq)技术获得了西葫芦低温弱光转录组数据库,本研究从中筛选到1条长达2543bpcDNA,并对其进行了序列分析。生物信息学分析结果表明,该序列包含1个开放读码框(ORF),大小为2064bp,预测编码氨基酸数为682个,理论分子大小约为79.67kD,蛋白质等电点为6.28。WolfPsort分析发现,CpActin蛋白亚细胞定位于细胞核中。MotifScan分析显示,CpActin蛋白质氨基酸序列207~406位和558~682位分别为Actin中端和C端保守区域。同源性分析表明,基因编码蛋白质与同为南瓜属中国南瓜和印度南瓜同源蛋白相似性达到99%,具有高度保守性。基于所获得基因全长cDNA序列,设计了基因ORF全长引物对CpActin-F、CpActin-R,经PCR扩增得到一条特异、明亮条带,经测序验证,序列与RNAseq数据库cDNA序列一致,基因命名为CpActin,GenBank登录号为MH211008。在此基础上,设计了一对荧光定量PCR引物CpActin-Fq、CpActin-Rq,分析显示,该引物具有较高特异性和扩增效率,且在西葫芦不同组织(根、茎、花和果)和不同胁迫处理[正常(25℃,300μmol/m^2·s)、低温处理(4℃,300μmol/m^2·s)、弱光处理(25℃,80μmol/m^2·s)、低温弱光处理(4℃,80μmol/m^2·s)、强光处理(25℃,2000μmol/m^2·s)和高温处理(38℃,300μmol/m^2·s)]叶片中均能稳定表达,适合在西葫芦基因qRT-PCR表达分析研究中作为候选内参基因。

  • 标签: 西葫芦 内参基因 CpActin 表达分析
  • 简介:目的评价肝移植术后曲霉气道定植及其发生侵袭性感染风险。方法回顾2003—2004年南京八一医院和上海长征医院56例肝移植患者进行连续组织学检查和曲霉培养结果。结果24例患者被分离出曲霉,2例发生侵袭性烟曲霉感染。这2例患者在移植后6个月内都有烟曲霉定植,并且都死亡,占所有移植后死亡29%。无曲霉定植者都未发生侵袭性曲霉感染。结论肝移植术后侵袭性曲霉感染较为少见,但常致死,曲霉定植常见但为一过性,由于气管侵袭性曲霉感染只发生在有烟曲霉定植移植后6个月内患者,所以在此期间进行预防性治疗能否有效降低侵袭性曲霉感染值得研究。

  • 标签: 肝移植 曲霉定植 真菌培养
  • 简介:以11个转外源基因(Cry1Ac+API-B)系为材料,受体亲本陆地棉品种鄂抗9号为对照,研究其在抗棉铃虫性、产量和纤维品质性状上差异。结果表明:11个转基因系抗棉铃虫效果明显,达到中抗和高抗水平;转基因系及其受体、转基因系之间在铃重等10个性状上均存在极显著性差异;和受体亲本相比,各个转基因系变异方向比较一致性状有:衣指、衣分降低;而株高、单株结铃数、铃重、子指、皮棉产量、纤维长度、断裂比强度、马克隆值、伸长率等性状变化方向不定。

  • 标签: 棉花 抗虫性 遗传变异 CrylAc+API-B