简介:[目的]生态位模型在生物地理学、入侵生物学和保护生物学中具有广泛的应用,被越来越多地用于预测物种潜在分布和现实分布的研究中。本文以美国白蛾为例介绍pROC方案在生态位模型评价中的应用及其注意事项,以期对物种潜在分布预测进行合理的评价,促进生态位模型在我国的合理运用和发展。[方法]介绍ROC曲线和AUC值基本原理,总结其在生态位模型评价中的应用,从物种存在分布点和不存在分布点的可信度出发,分析AUC值用于模型评价的优点和不足,最后介绍局部受试者工作特征曲线的线下面积方案(pROC方案)来弥补传统AUC值的不足。[结果]AUC值虽独立于阈值,但因其综合灵敏度和特异度,而屏蔽这2个指标各自的特征,不能分别评估预测结果的灵敏度和特异度,同时对遗漏率和记账错率不能进行权衡,会误导使用者对模型的评价。与AUC值相比,ROC曲线的形状更具有价值,蕴含丰富的模型评价信息。[结论]模型评价需要将灵敏度和特异度区别对待,ROC曲线形状比AUC值在生态位模型评价中更为重要,pROC方案相对于传统AUC值具有优势,但容易对过度模拟做出不当判断。模型评价与作者研究目的密切相关:当以预测物种潜在分布为目的时(如入侵物种潜在分布、气候变化对物种分布的影响和谱系生物地理学),模型评价应当给予灵敏度(或者遗漏率)更多的权重;当以预测物种现实分布为目的时(如保护区界定和濒危物种引入),模型评价应当给予灵敏度和特异度同等的权重。
简介:【目的】生态位模型被广泛应用于入侵生物学和保护生物学研究,现有建模工具中,MaxEnt是最流行和运用最广泛的生态位模型。然而最近研究表明,基于MaxEnt模型的默认参数构建模型时,模型倾向于过度拟合,并非一定为最佳模型,尤其是在处理一些分布点较少的物种。【方法】以茶翅蝽为例,通过设置不同的特征参数、调控倍频以及背景拟不存在点数分别构建茶翅蝽的本土模型,然后将其转入入侵地来验证和比较模型,通过检测模型预测的物种对环境因子的响应曲线、潜在分布在生态空间中的生态位映射以及潜在分布的空间差异性,探讨3种参数设置对MaxEnt模型模拟物种分布和生态位的影响。【结果】在茶翅蝽的案例分析中,特征参数的设置对MaxEnt模型所模拟的潜在分布和生态位的影响最大,调控倍频的影响次之,背景拟不存在点数的影响最小。与其他特征相比,基于特征H和T的模型其响应曲线较为曲折;随着调控倍频的增加,响应曲线变得圆滑。【结论】在构建MaxEnt模型时,需要从生态空间中考虑物种的生态需求,分析模型参数对预测物种分布和生态位可能造成的影响。
简介:目的以分子生物学方法为“金标准”对两种商品化酵母样真菌鉴定产品RapidIDYeastPlus(简称RapIDYST)及API20CAUX(简称API20C)的鉴定效能进行评估.方法从2010年中国医院侵袭性真菌感染监测网菌株库中筛选酵母样真菌25种,共计194株.其中,包含临床最常见的5种酵母样真菌(白念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌、新生隐球菌)共130株,占研究总菌株数的67.0%.所有菌株已经过分子生物学方法准确鉴定至种水平.菌株复苏分纯后,严格按照产品操作指南,平行进行RapIDYST和API20C鉴定.结果所研究菌株中,有181株(18种)在RapIDYST鉴定菌种数据库中,所有在库菌株种及复合体鉴定正确率为87.8%(159/181).相比,API鉴定菌种库包含菌株174株(18种),在库菌株种及复合体鉴定正确率为92.0%(160/174).RapIDYST与API20C对于5种临床常见的酵母样真菌的种鉴定正确率分别为93.1%和97.1%.对于库外菌株,RapIDYST的鉴定错误率分别为23.1%(3/13),相比API20C的鉴定错误率为60.0%(12/20).综合此次评估结果,二者对酵母样真菌的鉴定效能无显著差异(McNemar检验,P>0.05).结论两种商品化产品对酵母样真菌的鉴定效能基本一致;相较而言,RapIDYST在操作便捷性、检测时间方面具有较大优势.