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  • 简介:摘 要:为了解决飞机复合材料加筋壁板生产制造过程中自动翻转及精确对接的生产需求,在飞机复合材料加筋壁板生产工艺流程及翻转对接难点分析的基础上,提出一种自动翻转及精确对接装备方案,其主要由大尺寸围框翻转升降装置和柔性对接翻转装置组成,试验验证结果表明:该自动翻转及精确对接装备可将待翻转对接产品自动翻转及与被对接产品进行精确对接,且工作过程平稳、安全、可靠;自动翻转及精确对接效率高,平均每次全流程耗时为20min。

  • 标签: 复合材料 自动翻转 精确对接
  • 简介:【摘要】受饮食结构和不良生活习惯等多方面因素的影响,现如今疾病越来越多样化和年轻化,给人们的身体健康乃至生命安全造成了极大的威胁。这就需要加大生物制药研发力度,保证药物生产能够满足人类发展需求。药物研发是指新药研究和开发,涉及了计算机科学、生命科学、医学、药学、化学。药物研究的对象包括药物、受体,直接针对该对象的理想策略。计算机技术能够模拟受体大分子性质,预测配体与受体结构变化产生的新性质,并通过观察受体大分子与小分子在靶点的互相作用,确定药物与受体结合位点,同事还可修饰配体小分子结构,不断完善药物的动力学性质、药效学。

  • 标签: 分子对接 药物研发 应用 
  • 简介:分子间有间隙”实验,有的采用一只大试管倒人等量的酒精和水,然后观察其体积减小,说明分子间有间隙,这样做的效果很差。有人曾用容量瓶代替大试管做此实验,实验效果虽有改善,但现象还是不明显。笔者在教学实践中曾对此实验进行过较大改进,实验效果非常明显,且取材容易,制作简单,现介绍如下。

  • 标签: 实验效果 间隙 分子 验证 教学实践 试管
  • 简介:摘要目的通过网络药理学方法及分子对接技术,分析蒙药嘎日迪十三味丸中诃子-珍珠干预脑卒中的药效物质基础、作用靶点及作用通路,为理解其"解毒"机制奠定基础。方法利用中医药整合药理学研究平台(TCMIP)、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具(BATMAN-TCM)预测诃子-珍珠成分靶点,利用GeneCards数据库检索脑卒中相关靶点。将2个平台的重叠靶点导入Metascape软件,进行GO生物过程分析、KEGG通路分析。应用LEDOKE进行关键分子及靶点的分子对接。结果共收集诃子-珍珠活性成分22个,预测得到与脑卒中相关靶点217个。其中1-O-没食子酰基-葡萄糖、铜、鞣花酸、诃子鞣酸、科里拉京等为诃子-珍珠发挥"解毒"作用的关键物质,IL6、TNF、热休克蛋白90 AA1 (HSP90AA1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、CASP3、孕烷X受体(NR1I2)、维生素K环氧化物还原酶复合体亚单位1(VKORC1)、Na+/K+ATP酶A1亚基(ATP1A1)等靶点为其"解毒"关键靶点。这些靶点显著富集在有机环状化合物的细胞反应、体液水平调节、止血、对类固醇激素的反应、类固醇代谢过程、凝血等生物过程及氮代谢、IL-17信号通路等通路。分子对接从计算机模拟层面上验证了前期预测结果的准确性。结论诃子-珍珠干预脑卒中的过程与清除有害代谢产物、平息体内的炎症反应密切相关,与现代医学对脑卒中的病理过程的研究结论相符,也与蒙医理论对"邪毒"的阐释相符。

  • 标签: 诃子 珍珠 卒中 解毒 分子对接模拟
  • 简介:摘要 目的 通过网络药理学与分子对接验证,讨论北青龙衣治疗结直肠癌的潜在作用机制。方法 利用Pubchem和SwissTargetPrediction数据库对北青龙衣中的主要活性成分进行靶点预测;结直肠癌的主要靶点利用GeneCards、DisGenet和OMIM数据库获得;通过STRING数据库获得北青龙衣-结肠癌蛋白质相互作用网络图,筛选潜在的蛋白质功能;基于Cytoscape 3.9.1软件对北青龙衣主要活性成分-结直肠癌靶点网络图进行可视化分析;将北青龙衣与结肠癌的交集靶点导入DAVID数据库进行GO分析以及KEGG通路富集分析;最后采用Autoduck软件进行分子对接验证。结果 北青龙衣治疗结直肠癌的主要活性成分是Ellagic acid、Quercetin、Kaempferol等,相关的主要靶点包括AKT1,TNF,GAPDH,等。GO富集分析结果包括181条目细胞成分;1463条目生物学过程;415条目分子功能。KEGG通路富集分析结果表明,共富集到191条信号通路。以结合能≤−5.0 kcal/mol(-1.2 KJ/mol)为筛选标准,对北青龙衣成分与结直肠癌核心靶点蛋白进行分子对接验证,结果表明两者对接的结合能较强,证明北青龙衣是治疗结直肠癌的有效药物。结论 初步研究表明,北青龙衣通过多成分、多靶点、多通路调控结直肠癌,为中药调控结直肠癌提供理论基础。

  • 标签: 北青龙衣 结直肠癌 靶点预测 网络药理学 分子对接验证
  • 简介:计算机技术的发展极大地促进了生命科学研究进程。利用分子对接技术研究受体蛋白和药物相互作用是当前的热点课题。通过分别建立蛋白质和药物分子模型,并对它们的相互作用进行研究,进而为发现并设计出更加理想、安全、有效的药物打下深厚的基础。分子模型建立的问题已经得到很好的解决,但是分子分子间以什么方式对接、怎样对接等问题尚待深入研究。本文就当前分子对接的研究进展作一综述,着重介绍了分子对接的方法和常用工具的研究情况。

  • 标签: 分子对接 蛋白质柔性 模型优化 分子模拟
  • 简介:以种子大小差异显著的黏籽西瓜(Citrulluslanatusssp.mucosospermus)品系PI186490和普通栽培西瓜品系(Citrulluslanatusssp.vulgaris)W1-1为亲本材料,通过杂交及自交获得的F2群体,对西瓜种子大小相关性状进行精细定位,并构建遗传连锁图谱。结果表明:(1)获得与种子长度及宽度相关的QTL位点各一个,贡献率分别为24.57%和24.79%。(2)利用与种子长度及宽度紧密连锁的CAPS标记(CAPS13,CAPS14)对72份不同种子大小的自然群体材料上进行标记与表型的符合度的验证:标记CAPS13在大粒种子中检出率为36.11%,小粒检出率为80.56%;标记CAPS14在大粒中检出率为30.56%,小粒检出率为83.33%。

  • 标签: 西瓜 种子性状 CAPS 遗传连锁图谱
  • 简介:鲍曼不动杆菌已成为最普遍的医院致病菌,且耐药情况严峻.LpxC作为新抗菌药物靶点被大量研究,但鲍曼不动杆菌LpxC晶体尚未解析得到,基于其结构的药物设计等工作无法开展.以铜绿假单胞菌LpxC晶体结构为模板,通过同源模建方法获得鲍曼不动杆菌LpxC结构模型.较好的Ramachandranplot分布和Profile-3D结果验证了模型的合理性.用分子动力学模拟优化鲍曼不动杆菌LpxC模型,修补部分不合理构象.后续分子对接结果显示S构型的苄氧乙酰基羟肟酸类抑制剂比R构型分子能更有效地结合在F191,H237和K238组成的较浅口袋中,这可能是S构型抑制剂活性更高的主要因素,模拟结果与实验数据吻合较好.

  • 标签: 鲍曼不动杆菌 LpxC 同源模建 分子对接 分子动力学模拟
  • 简介:摘要凝集素Tachylectin-2是从鲎属日本马蹄蟹(Tachypleustridentatus)血细胞大颗粒中分离出来的,其具有236个氨基酸的蛋白质。Tachylectin-2具有五个结合位点,它能特异性地结合NAG、NDG等结构相似的配体,其单个多肽链中包含五个结合位点的特性,强烈地表明该结构具有与碳水化合物结合的特性,可以与病原体表面特异性识别。通过DiscoveryStudio和modeler等手段对tachylectin-2的三维结构进行预测,并验证其与具某些包含N-乙酰基的多糖的配体具有严格的特异性。基于此进一步探究其生物学活性与药物分子设计。

  • 标签: Tachylectin-2 结合位点 分子对接 同源建模
  • 简介:【摘要】目的:利用网络药理学方法筛选葛根抗阿尔茨海默病(AD)的成分及靶点,初步探讨葛根多成分、多靶点抗AD的物质基础及机制。方法:采用TCMSP数据库(OB≥30、DL≥0.18)筛选葛根活性成分,TCMSP和SwissTargetPrediction数据库预测并分析葛根的关键靶点,DisGenet、GeneCards和PharmGKB数据库获取AD相关靶点,Uniprot数据库查询靶点对应的基因,String数据库联合Cystoscope(3.9.0)软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络图,DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,AutoDockTools和Pymbol软件进行分子对接验证关键成分与靶点的结合性。结果:从葛根中筛选出4个成分,303个靶点,其中与AD相关靶点257个,显著影响MAPK级联、类固醇代谢、外来刺激等2388条生物过程,涉及钙、MAPK、PI3K-Akt、cAMP等多个信号通路,经分子对接验证PPI网络中葛根抗AD的关键化合物与靶点之间有较好的结合性。结论:利用网络药理学方法初步确定了葛根抗AD的药效成分、作用靶点及其可能调控的信号通路,为进一步研究葛根抗AD的物质基础与机制提供了科学依据。

  • 标签: 葛根 阿尔茨海默病 网络药理学 分子对接
  • 简介:摘要:目的:利用LMSDF数据库探究阻断RBD-ACE2结合或能特异性识别RBD-ACE2结合物的脂质分子。方法:借助Pymol、Autodock、Ligplot等软件及LMSDF 数据库。结果:筛选出可紧密与RBD-ACE2结合物结合的脂质分子

  • 标签: 血管紧张素转化酶2(ACE2) 脂质
  • 简介:摘要目的基于网络药理学方法和分子对接技术,探讨越鞠丸治疗功能性消化不良(functional dyspepsia,FD)的作用机制。方法检索TCMSP筛选出越鞠丸的化学成分及其作用靶点,利用HERB、BATMAN-TCM数据库结合文献对越鞠丸有效成分靶点进行补充。通过GeneCards数据库、OMIM数据库筛选出FD靶点,将二者靶点取交集利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建蛋白相互作用网络。利用Metascape平台进行GO及KEGG通路富集分析,通过Cytoscape 3.7.2软件构建“越鞠丸成分-FD靶点-通路”网络,运用在线作图工具获取越鞠丸与FD及其相关发病机制的交集靶点韦恩图,利用AutoDock软件进行分子对接。结果越鞠丸治疗FD的主要有效成分为槲皮素、汉黄芩素、木犀草素、山柰酚等,主要靶点有AKT1、MAPK1、JUN、RELA、IL6、BCL2、BAX、MAPK8、EGFR、ESR1等,分子对接结果显示靶点与药物活性成分结合能力较好。GO富集分析得到生物学过程2 273个,分子功能152个,细胞组成91个条目。KEGG富集分析结果显示有344条通路与FD相关,主要有PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE通路、IL-17信号通路等。结论越鞠丸可能通过AKT1、MAPK1、JUN、RELA、IL6、BCL2、BAX、MAPK8、EGFR、ESR1等靶点,调控PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路和IL-17信号通路来达到治疗FD的作用。

  • 标签: 越鞠丸 功能性消化不良 网络药理学 分子对接模拟 药理作用分子作用机制(中药)
  • 简介:摘要:定量构效关系(QSAR)和分子对接是药物分析化学领域中两个重要的研究方法,它们可用于预测和评估药物的活性、理解药物与靶标间的相互作用机制,并为药物设计和优化提供指导。定量构效关系和分子对接方法在药物分析化学中的应用,可以加速药物发现和优化的进程。它们能够提供定量的结构-活性信息和有关药物-靶标相互作用的理论解释,为合理设计和选择具有预期活性的药物分子提供依据。

  • 标签: 定量构效关系 分析对接 药物分析 化学 应用策略
  • 简介:摘要目的基于网络药理学及分子对接技术研究当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的分子机制。方法利用TCMSP筛选当归拈痛汤的有效成分与相应靶点,检索GeneCards、OMIM、PharmGKB及DrugBank数据库得到痛风性关节炎相关靶点,映射取交集得到当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的潜在作用靶点。借助Cytoscape软件绘制当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的中药复方调控网络及PPI网络,使用David数据库对当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的靶点进行GO及KEGG通路富集分析,采用Autodock软件进行分子对接。结果当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的有效成分有198个,关键有效成分为槲皮素、山柰酚;关键靶点有46个,其中NFE2L2、HMOX1、PPARA、PTGS2、IL1β、CXCL8为核心靶点;GO功能富集结果显示,关键基因主要介导炎症反应调节、对氧化应激的反应、脂肪酸代谢过程、类固醇代谢过程、对脂多糖的反应、活性氧类代谢过程等生物过程;KEGG通路富集结果显示,当归拈痛汤重点介导IL-17信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、AGE-RAGE信号通路等发挥治疗痛风性关节炎的作用;分子对接结果显示,当归拈痛汤相关中药的有效成分与痛风性关节炎的作用靶点可高效结合,且结构稳定。结论当归拈痛汤具有多成分-多通路-多靶点的治疗特点,通过对免疫炎症反应和对氧化应激反应的调控作用来治疗痛风性关节炎。

  • 标签: 关节炎,痛风性 当归拈痛汤 网络药理学 分子对接模拟 药理作用分子作用机制(中药)
  • 简介:应用ABEEMσπ/MM方法,对乙酰胆碱酯酶抑制剂Tacrine(塔克宁)与组胺转甲基酶进行了分子对接.然后对乙酰胆碱酯酶与4种乙酰胆碱酯酶抑制剂的分子对接进行了研究.在研究中将受体分子固定,配体分子可自由移动,采用半柔性对接方式.通过对4种乙酰胆碱酯酶抑制剂与乙酰胆碱酯酶结合能大小的计算,得到结合能力大小顺序依次为:Donpezil(多奈哌齐)〉Huperzine(石杉碱甲)〉Rivastigmine(利发斯的明)〉Tacrine(塔克宁).这个顺序与实验中得到的乙酰胆碱酯酶(AChE)抑制活性IC50值大小顺序相一致.为使用该方法进行抑制剂设计提供参考.

  • 标签: 阿兹海默病 塔克宁 乙酰胆碱酯酶 分子动力学模拟 氢键
  • 简介:在哥哥十四岁我九岁的那年,是我童年里最快乐的时光。哥哥那时为他自己和我各做了一付滑板车,每天我们脚踩着滑板车在巷子里快速滑行,惹得路人侧目而视。哥哥胆大而技熟,他可以在水泥道路上做一些花样滑冰动作。滑板车运动很快在我们那个街道风靡开来,二十来岁以下的男孩女孩每人都有一付。在某个日子里,巷子里会出现一长队滑板车手,穿着艳丽花衣服的女孩子混杂在一帮赤膊的男孩子里,其中还有两个男孩子剃着光葫芦头,很引人注目。他们打着唿哨,尖叫着,朝路人做着滑稽的鬼脸。我跟在哥哥的后面,虽然每天都要受到其他大孩子的推搡和斥责,骂我什么“小屁孩”,“鼻涕虫”,但我还是快乐的,因为象我

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  • 简介:我服刑八年,走时儿子12岁,回家时儿子已长成20岁的成人。面对高我一头的青年人,身上已找不到孩提时的稚嫩。这8年来,我们在两个不同的社会环境中生活,犹如两颗在不同轨道上运行的飞行器,如今要实现“对接”。面对这个挑战我心中没底,但我知道这是我回归社会的第一步,我必须走好。

  • 标签: “对接” 父子 社会环境 回归社会 青年人 飞行器
  • 简介:摘要目的基于网络药理学及分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死的作用机制。方法利用TCMSP、中医药综合数据库(TCMID)、有机小分子生物活性数据库(PubChem)、Uniprot及Swiss Target Prediction数据库对复元醒脑汤的药物活性成分及作用靶点进行筛选,应用GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank和PharmGKB数据库筛选脑梗死疾病靶点,将复元醒脑汤中药物靶基因与脑梗死疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape 3.8.2软件构建成分-靶点网络,使用STRING数据库及Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络,筛选核心靶点。对复元醒脑汤-脑梗死疾病共同靶点基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析,得出相关信号通路,运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果得到复元醒脑汤治疗脑梗死的有效成分80个,复元醒脑汤-脑梗死共同靶点214个,核心靶点MAPK1、RELA、TP53、JUN、AKT1、HSP90AA1等与脑梗死疾病的关键靶点相互关联,参与调控对药物的反应、对脂多糖的反应、对含氧量的反应等生物过程,细胞组成涉及膜筏、膜微区、神经元胞体等;分子功能主要集中于核受体活性、配体激活转录因子活性、DNA-结合转录因子结合等;并涉及脂质和动脉粥样硬化、化学致癌-受体激活、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路;分子对接显示,槲皮素与HSP90AA1(-9.4 kJ/mol)、山柰酚与HSP90AA1(-9.4 kJ/mol)、异鼠李素与HSP90AA1(-9.1 kJ/mol)、槲皮素与JUN(-8.6 kJ/mol)具有较好的结合活性。结论复元醒脑汤通过调控血管内皮功能、促进血液循环、修复及改善神经功能、保护血脑屏障、减少细胞凋亡及调节免疫和炎症反应等机制防治脑梗死。

  • 标签: 脑梗塞 复元醒脑汤 网络药理学 分子对接模拟 方邦江 药理作用分子作用机制(中药)
  • 简介:分子对接和三维全息原子场作用矢量方法对36个来曲唑类衍生物和34个阿那曲唑类衍生物与芳香化酶的作用模式进行了研究,建立了三维定量构效关系模型,并在分子水平上阐述了其结合机制.运用多元线性回归(MLR)建模,同时采用内部及外部双重验证的办法对所得模型稳定性能进行深入分析和检验.MLR建模的复相关系数(Rcum)、留一法交互校验复相关系数(QCV)和外部样本校验复相关系数(Qext)分别为0.863,0.782,0.796和0.931,0.825和0.641.预测模型具有良好的稳定性和预测能力.采用AutoDock4.2软件对药物与受体之间的结合方式进行了研究.运用这些信息能为进一步设计合成强效芳香化酶抑制剂,或筛选潜在的具有更强抑制活性的天然化合物提供帮助.

  • 标签: 芳香化酶抑制剂 定量构效关系 三维全息原子场作用矢量 多元线性回归 分子对接