抑郁症患者脑组织转录组基因表达谱的整合分析

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摘要 摘要目的分析抑郁症患者较健康人各脑区转录组基因的差异表达情况。方法在基因表达谱数据库(gene expression omnibus,GEO)中搜索抑郁症病例-对照设计并含有原始数据的研究,设定物种为人。以各数据集所有转录组基因为观察变量,利用在线软件Network Analyst进行主成分分析(principal component analysis,PCA),整体评估抑郁症患者各个脑区(包括前额叶、前扣带回、杏仁核、海马)相对正常人各脑区的转录组改变差异的程度。利用limma算法分别筛选倍数变化为1.2倍、1.5倍、2.0倍的差异基因(differentially expressed gene,DEG),P<0.05为差异有统计学意义。对来源于不同数据集不同脑区的差异基因进行维恩分析,以获取该脑区稳定的差异表达基因。利用DAVID在线软件对稳定差异表达的基因进行功能富集分析,探讨抑郁症患者不同脑区的GO功能及KEGG通路的改变情况。结果抑郁症患者各个脑区(前额叶、前扣带回、杏仁核)相对健康对照各个脑区的转录组整体水平改变程度较轻,基于转录组基因表达水平进行的主成分分析无法有效区分健康-疾病状态;几乎不存在倍数变化大于2.0倍的差异表达基因;维恩分析结果提示不同脑区的多个数据集差异基因无交集;倍数变化大于1.2倍相对稳定的差异表达基因功能与抑郁症无直接关联。结论抑郁症疾病状态下,患者脑组织转录组水平改变微乎其微,因多方面限制识别抑郁症易感特定基因仍具有挑战性。
出版日期 2020年10月17日(中国期刊网平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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